-
בואו נדבר
קצת יותר לעומק
-
על איך DNA בעצם מעתיק את עצמו,
-
איך הוא בעצם משוכפל,
-
ואנחנו נדבר על
-
השחקנים בפועל בתהליך.
-
עכשיו, כמו שאני מדבר על
זה, אני הולך לדבר הרבה
-
על קצוות 3' ו 5'
של מולקולת הדנ"א,
-
ואם לגמרי לא
מוכר לך,
-
אני ממליץ לך לצפות בסרטון
-
על המבנה האנטי-מקביל של ה- DNA.
-
ואני אתן קצת סקירה מהירה כאן,
-
למקרה שראית את אבל
זה היה לפני זמן מה.
-
זוהי התקרבות ל- DNA,
-
זה בעצם-תקריב מהווידאו הזה,
-
וכאשר אנחנו מדברים על קצוות 5' ו 3',
-
אנחנו מתכוונים למה
שקורה על הריבוזים
-
שנוצרו בחלקם על
עמוד השדרה הסוכרי פוספטי.
-
אז יש לנו כאן ריבוז,
-
חמש-סוכר חמצני,
-
ואנחנו יכולים למנות את הפחמנים;
-
זהו פחמן 1' ,
זה פחמן 2' ,
-
זה פחמן 3' ,
זה פחמן 4' ,
-
וזה פחמן 5' .
-
אז הצד הזה של הסולם,
-
אתה יכול לומר,
-
זה הולך ב ...
-
זה הולך, תן לי
למתוח קו קטן כאן,
-
זה קורה בכיוון מ- 3' ל 5' .
-
אז בסופו של דבר זה הוא 3' ואז בסוף זה 5' .
-
זה הולך מ- 3' ל- 5' .
-
שימו לב שלוש, הפוספט הזה
מתחבר ל- 3' ,
-
אז אנחנו הולכים ל 5'
שמתחבר לפוספט,
-
זה מתחבר ל- 3' ,
-
אז זה מתחבר--
-
אז אנחנו הולכים ל 5'
שמתחבר לפוספט.
-
עכשיו בסוף הזה, כפי שאנחנו
אומר זה אנטי-מקביל.
-
זה מקביל, אבל
מכוון לכיוון השני.
-
אז זהו ה 3' , זה הוא ה 5' ,
-
זה ה- 3' , זה ה- 5' .
-
ולכן זה פשוט
מה שאנחנו מדברים עליו
-
כאשר אנו מדברים על
המבנה האנטי-מקביל.
-
שני עמודי השדרה האלו,
-
שני הגדילים האלה
מקבילים זה לזה,
-
אבל הם מכוונים
בכיוונים מנוגדים.
-
אז זה הסוף ה- 3'
וזה הסוף ה- 5' .
-
וזה הולך להיות ממש חשוב
-
להבנה של שכפול,
-
משום שה- DNA פולימרז,
-
הדברים שמוסיפים עוד ועוד
נוקלאוטידים
-
כדי להגדיל את גדיל ה- DNA;
-
זה יכול להוסיף נוקלאוטידים רק בקצה ה- 3' .
-
אז אם דיברנו
על זה כאן,
-
נוכל רק להוסיף ...
-
היינו רק מסוגלים להוסיף הולך בכיוון הזה.
-
אנחנו לא יוכלים להוסיף כשאנחנו הולכים ...
-
אנחנו לא יוכלים להוסיף כשנלך ככה.
-
אז דרך אחת לחשוב על זה
היא שתוכל להוסיף רק נוקלאוטידים
-
על הקצה 3' או שאתה יכול להאריך רק ...
-
אתה יכול להאריך רק DNA
שהולך מ 5' ל 3' .
-
אם אתה רק מוסיף על קצה 3' ,
-
אז אתה הולך בכיוון
מ- 5' ל 3'.
-
אתה לא יכול ללכת מהכיוון
3' ל 5' .
-
אתה לא יכול להמשיך להוסיף
בצד של 5' באמצעות הפולימראז.
-
אז מה שאני מדבר עליו
עם פולימראז.
-
ובכן בואו נסתכל על הדיאגרמה שכאן
-
כי היא באמת נותנת לנו סקירה
-
על כל השחקנים השונים.
-
אז הנה רק שלנו של גדיל ה DNA שלנו,
-
וזה, אתה יכול לדמיין
זה קצת טבעי,
-
בזה שזה בצורה טבעית שלא ניתנת לשכפול,
-
ואתה יכול לראות שסיווגנו
כאןאת הקצוות של 3' ו 5' ,
-
ואתה יכול לעקוב אחרי
אחד מעמודי השדרה הללו.
-
ה 3' הזה, אם אתה עוקב אחרי זה
כל הדרך לכאן,
-
זה הולך, זה מתאים לקווה 5'.
-
אז זה וזה הם אותם הגדילים,
-
וזה אחד, אם אתה עוקב אחרי זה,
-
אם אתה הולך כל הדרך לכאן
, זה אותו הגדיל.
-
אז זה הקצווה 3' ,
-
והקצווה 3' ולאחר מכן
זה הסוף 5' שלו.
-
עכשיו הדבר הראשון,
-
דיברנו על זה בסרטונים קודמים
-
כשאנחנו נותנים סקירה של שכפול,
-
הרעיון הכללי הוא זה
ששני הצדדים של הסליל שלנו,
-
שני ה- DNA, הסליל הכפול
צריך להתפצל,
-
ואז נוכל לבנות עוד,
-
נוכל לבנות את הצד האחר של הסולם
-
על כל אחד משני הקצוות המפוצלים.
-
אתה באמת יכול להסתכל על זה
כרוכסן,
-
אתה פותח אותו ולאחר מכן אתה מכניס
רוכסנים חדשים באחד הקצוות.
-
אבל יש הרבה--
-
במציאות, זה הרבה יותר
מורכב מרק נגיד
-
"אה, בוא נפתח את הרוכסן
ונשים רוכסנים חדשים על זה."
-
זה כרוך בחבורה שלמה של
אנזימים וכל מיני דברים
-
ואפילו בתרשים הזה,
-
אנחנו לא מציגים את כל
השחקנים השונים,
-
אבל אנחנו מציגים בפניך את השחקנים המרכזיים,
-
לפחות אלה שאתה תשמע שמדברים עליהם
-
כשאנשים מדברים על שכפול ה- DNA.
-
אז הדבר הראשון שצריך לקרות,
-
כאן,זה שהכל
מלופף בחוזקה, בחוזקה.
-
אז תנו לי לכתוב את זה,
-
בחוזקה, מלופף בחוזקה.
-
וזה בעצם מתברר,
-
ככל שאנו מורידים את הליפוף בצד אחד,
-
כך יותר בחוזקה הליפוף
נעשה בצד השני.
-
אז על מנת שתוכל לפתוח את הרוכסן,
-
אנחנו צריכים אנזים
-
שיעזור לנו להוריד את הליפוף
החזק של הסליל.
-
והאנזים הזה הוא טופואיזומראז.
-
והדרך שהוא באמת עובד היא
-
הוא שובר חלקים
מעמוד השידרה באופן זמני,
-
כך שהם יכולים לא להתלפף
ואז הם חוזרים להיות ביחד,
-
אבל ברמה הגבוהה הכללית
הרעיון הוא שזה נהיה לא מלופף ,
-
כך שאז האנזים הליקז,
-
וההליקז באמת לא נראה כמו
-
המשולש הקטן הזה שחותך דברים.
-
הדברים האלה הם למעשה
הרבה יותר מרתקים
-
אם היית באמת רואה --
-
את המבנה המולקולרי של הליקאז.
-
אבל מה ההליקאז עושה
-
הוא זה ששובר את
קשרי מימן האלה בין ...
-
בין הבסיסים החנקניים שלנו,
-
במקרה הזה זה אדנין
כאן, ופה מדובר בתימין
-
והוא ישבור את
קשר המימן בין שני אלה.
-
אז קודם את מוריד את הליפוף,
-
אז ההליקאז,
-
הטופואיזומראז מוריד את הליפוף הזה,
-
אז ההליקאז שובר אותם,
-
ואז אנחנו בעצם חושבים על
-
שני הגדילים האחרים האלו,
-
כפי שציינתי,
-
אתה יכול רק להוסיף נוקלאוטידים
-
שהולכים מכיוון 5' ל 3' .
-
אז הגדיל הזה
הימני התחתון כאן
-
שנכנה אותו כגדיל המוביל שלנו,
-
לאחד הזה יש די פשוט,
-
זכור שזוהי קצווה
5' כאן,
-
אז זה יכול להוסיף,
-
זה יכול להוסיף ללכת בכיוון הזה,
-
זה יכול להוסיף ללכת
בכיוון הזה כאן.
-
זה 5' ל 3' ,
-
אז מה שצריך לקרות כאן
כדי להתחיל בתהליך,
-
אתה צריך פריימר RNA
-
ואת התו ששם את הפריימר RNA,
-
שהו DNA פרימס.
-
נדבר קצת יותר על
-
הדמויות הללו כאן
בגדיל האחורי,
-
אבל הם מוסיפים RNA,
-
הרשו לי לעשות את זה בצבע שאתה יכול לראות,
-
פריימר RNA יתווסף כאן,
-
ואז ברגע שיש פריימר,
-
אז DNA פולימרז יכול פשוט
להתחיל להוסיף נוקלאוטידים,
-
הוא יכול להתחיל להוסיף
נוקלאוטידים בקצווה 3' .
-
והסיבה מדוע לגדיל המוביל די קל לו
-
הוא ה DNA פולימראז הוא הזה, כאן,
-
הפולימראז הזה, שוב,
-
הם לא המלבנים המושלמים
האלו כמו בתרשים הזה.
-
הם למעשה הרבה יותר
מרתק מזה.
-
אתה רואה את הפולימראז שם,
-
אתה גם רואה שאתה אחד
כאן, פולימראז.
-
הפולימראז הזה יכול רק,
-
אתה יכול לחשוב על זה סוג של
כמו לעקוב על רוכסן נפתח
-
ואז פשוט להמשיך להוסיף,
-
להמשיך להוסיף נוקלאוטידים בקצווה 3'.
-
ולכן זה נראה די ישיר.
-
עכשיו, אפשר לומר שלא יהיה קל
-
אם רק היינו מוסיפים
נוקלאוטידים בקצווה 5' ,
-
כי אז נוכל לומר
-
גם זה קורה מ 3' ל 5' ,
-
טוב אולי הפולימראז הזה
או פולימראז שונה
-
רק יכולו להמשיך ולהוסיף
נוקלאוטידים ככה,
-
ואז הכל יהיה קל.
-
ובכן, מתברר
שזה לא המקרה.
-
אתה לא יכול להוסיף נוקלאוטידים בסוף 5' ,
-
ותן לי להיות ברור,
ה 3' הזה, כאן,
-
זה, אני מדבר על הגדיל הזה.
-
הגדיל הזה כאן,
-
זה, הרשו לי לעשות זאת בצבע אחר,
-
הגדיל הזה כאן,
-
הקצווה ה 3' הזו, זוהי הקצווה 5',
-
ולכן אתה לא יכול,
-
אתה לא יכול רק להמשיך להוסיף
נוקלאוטידים סתם ככה,
-
ובכן איך הביולוגיה מתמודדת עם זה?
-
ובכן היא מטפלת בזה על ידי הוספת פריימרים
-
כמו איך שהפתיחה
קורת, זה יוסיף פריימרים,
-
והתרשים הזה מראה את
פריימר כאילו הוא רק נוקלאוטיד אחד
-
אבל פריימר הוא בדרך כלל
מספר נוקלאוטידים,
-
בערך 10 נוקלאוטידים.
-
אז זה יוסיף בערך 10 RNA
נוקלאוטידים כאן,
-
וזה נעשה על ידי פרימאז DNA.
-
אז ה DNA פרימאז
הולך לאורך האחרון,
-
הוא הולך לצד הזה,
אני יכול לומר הגדיל העליון,
-
וזה מוסיף,
-
מדובר בהוספת פריימר RNA,
-
שלא יהיה רק נוקלאוטיד אחד,
-
הוא נוטה להיות כמה מהם,
-
ואז ברגע שיש לך כי את הפריימר RNA,
-
אז הפולימראז יכול להוסיף
בכיוון 5' ל 3' ,
-
הוא יכול להוסיף על הקצה 3'.
-
אז זה יכול רק להתחיל להוסיף,
-
זה יכול רק להתחיל להוסיף DNA ככה.
-
וככה אתה יכול לדמיין את התהליך הזה,
-
זה סוג של, אתה מוסיף את
הפרימאז, שם כמה פריימרים כאן,
-
ואז אתה מתחיל לבנות
מ 5' לכיוון 3'.
-
אתה תתחיל לבנות פשוט ככה,
-
ואז אתה מדלג קצת
ואז זה קורה שוב.
-
אז בסופו של דבר אתה נשאר עם כל
מקטעי ה DNA האלו
-
והם נקראים מקטעי אוקאזאקי.
-
אז,אלו נקראים מקטעי אוקאזאקי,
-
אז מה שיש לך קורה
כאן על הגדיל האחרון,
-
אתה יכול לחשוב על זה כעל,
-
למה זה נקרא הגדיל אחרון?
-
ובכן מה שאתה צריך לעשות זה סוג כזה של ...
-
זה מרגיש כמו הדרך התת-אופטימלית
-
שבה אתה צריך להמשיך ליצור
את אותם מקטעי אוקזאקי
-
כמו שעשית כשהתחלת בזה,
-
וכך הוא האחרון, זה הולך
להיות תהליך איטי,
-
אבל אז כל הגדילים האלה
ניתנים להרכבה
-
באמצעות DNA ליגאז.
-
ה DNA ליגאז; לא רק ירכיב את הגלים יחד
-
אבל אז גם יהיה לך
RNA שהוחלף בפועל
-
עם DNA ולאחר מכן כאשר כל מה שאמרנו נעשה,
-
הולך להיות לך גדיל
DNA ששוכפל,
-
או שנוצר כאן למעלה.
-
לכן, כאשר הכל נעשה, אתה
הולך לקבל שני גדילים כפולים,
-
אחד כאן עבור הגדיל האחרון,
-
ואחד כאן למטה, על הגדיל המוביל.