Şu çizime bir bakın.
Ne olduğunu söyleyebilir misiniz?
Moleküler biyoloji eğitimi aldım
ve bunun gibi birçok çizim gördüm.
Bunlar genellikle örnek çizim diye tabir edilir,
bir hücresel ya da moleküler işlemin
nasıl olduğunu düşündüğümüzü gösteren bir çizim.
Bu çizim Klatrin bağımlı endositoz
denilen bir işlemi ayrıntılı olarak gösteriyor.
Bu daha sonra hücre tarafından özümsenen
bir kese ya da kabarcık vasıtasıyla bir molekülün
hücre dışından hücre içine
alınabildiği bir işlemdir.
Yine de, bu çizimde bir hata var,
ve esas olarak neyi göstermediği ile ilgili.
Çok sayıda deneyden,
çok sayıda farklı bilim adamından,
bu moleküllerin nasıl göründüğü ile ilgili bir çok şey biliyoruz.
Hücre içerisinde hareket edişlerini
ve tüm bunların
inanılmaz hareketli bir ortamda meydana geldiğini.
Klathrin uzmanı Tomas Kirchhausen'in işbirliği ile,
olayın tamamını gösteren yeni bir örnek çizim çeşidi
yaratmaya karar verdik.
Böylece, hücre dışından başladık.
Şimdi içine bakıyoruz.
Klathrin şu üç bacaklı moleküldür
ki kendi kendini futbol topuna benzer şekilde monte edebilir.
Bir zar ile birleşmesi sayesinde,
klathrin zarın şeklini bozabilir
ve bir balon ya da kabarcık şeklini alarak
fincana benzer bir form oluşturur,
bu oluşum hücrenin dışındaki bazı
proteinleri hapsetmeye başlar.
Proteinler şimdi içeriden kabarcığa çimdik atar
ve onu zarın kalanından ayırır.
Şimdi klathrin görevini yerine getirmiş oldu
ve proteinler içeri gelmeye başladı.
Onları sarı ve turuncu ile belirttik.
Bunlar klathrin kafesini ayrıştırmakla yükümlü.
Neticede bütün bu proteinler geri dönüşmüş
ve yeniden kullanılmış oldu.
Bu işlemler en iyi mikroskoplarla bile direkt
olarak görülemeyecek kadar küçükler,
yani bu gibi animasyonlar bir hipotezi
görselleştirmeyi güçlü bir şekilde sağlıyor.
İşte başka bir çizim
ve bu da bir araştırmacının HIV virüsünün hücreye
nasıl girip çıktığını düşündüğünün çizimi.
Ve yine, bu çok büyük bir basitleştirme
ve bu işlemler hakkında gerçekten
bildiklerimizi göstermeye başlamyor.
Bu çizimlerin çoğu biyoloğun moleküler
hipotezlerini görselleştirmek için kullandığı
tek yol olduğuna şaşırıyor olabilirsiniz.
Niçin?
Çünkü işlemlerin oluş şekillerini düşündüğümüze
en yakın haliyle gösteren filmler yaratmak gerçekten çok zor.
Hollywood'da 3D animasyon yazılımı öğrenmek için aylar geçirdim
ve her bir animasyon için de aylar harcadım
ve bu çoğu araştırmacının karşılayamayacağı bir zaman.
Gerçi bedeli muazzam olabiliyor.
Moleküler animasyonlar geniş kitlelere
üstün kesinlikte bilgiyi yayma
becerileriyle benzersizdir.
Şu anda "HIV'nin Bilimi" adlı
bir proje üzerine çalışıyorum.
Burada HIV virüsünün tüm yaşam döngüsünü
olabilecek en kati şekilde ve tüm
moleküler detaylarıyla canlandıracağım.
Bu animasyon binlerce araştırmacının
yüzyıllar boyunca biriktirdiği verileri içerecek.
Bunlar virüsün neye benzediğini,
vücudumuzdaki hücrelere nasıl bulaşabildiğini
ve iyileştiricilerin enfeksiyonla nasıl mücadele ettiğini gösteren veriler.
Yıllar boyunca, gördüm ki animasyonlar
sadece bir fikri anlatmakta değil
aynı zamanda bir hipotezi
keşfetmek için de gerçekten faydalı.
Biyologlar hâlâ araştırdıkları işlemleri görselleştirmek için
çoğunlukla kalem ve kağıt kullanıyorlar
ve şu anda sahip olduğumuz verilerle bu artık yeterince iyi değil.
Bir animasyon yaratma işlemi,
araştırmacılara kendi fikirlerini açığa çıkartmaları
ve ayıklamaları için bir katalizör gibi davranabilir.
Çalıştığım araştırmacılardan birisi
sinir dokusu bozulumunun moleküler
mekanizmaları üzerine çalışıyordu,
birlikte çalıştığımız animasyonla direkt olarak
alakalı olan deneylerle çıkageldi ve böylece
animasyon araştırma sürecine geri besleme yapabildi.
İnanıyorum ki animasyon biyolojiyi değiştirebilir.
Bu bizim birbirimizle iletişim şeklimizi,
verileri nasıl incelediğimizi ve öğrencilerimizi
nasıl eğittiğimizi değiştirebilir.
Ama bu değişim için
animasyon yapan daha fazla araştırmacıya ihtiyacımız var
ve bu doğrultuda yeni, ücretsiz,
açık kaynaklı bir yazılım yaratmak için
animatör ve programcılardan oluşan bir ekip topladım.
Buna "Moleküler Kitap" dedik
ve bu yalnızca biyologların moleküler
animasyonlar yaratmaları için yapıldı.
Testlerimizde daha önce animasyon deneyimi
olmayan bir biyoloğun hipotezi için yapacağı
ilk moleküler animasyonunu sadece
15 dakikada bitirdiğini gördük.
Ayrıca herkesin kendi animasyonunu
görüntüleyebileceği, indirebileceği ve katkıda bulunabileceği
bir veritabanı yapıyoruz.
Bu yazılımın beta versiyonun bugünden
itibaren indirilmeye hazır olduğunu
duyurmaktan büyük mutluluk duyuyoruz.
Biyologların onunla neler yaratabileceklerini,
kendi animasyonlarını yaratırken
elde edecekleri yeni içgörüleri
görebileceğimiz için heyecanlıyız.
Teşekkürler.
(Alkışlar)