Showing Revision 15 created 10/26/2016 by Jim.

1. Cím:
   Octotales • Fred Hutch
2. Leírás:

   Fred Hutchinson Cancer Research Center arbetar för att ta bort konkurrens inom cancerforskning genom sin data med öppen källkod. Hjälp dom att bygga Oncoscape på github.com/fredhutch/oncoscape.

   Som alltid, lämna gärna en kommentar nedan och glöm inte att subscriba: http://bit.ly/subgithub

   Tack!

   Anslut med oss.
   Facebook: http://fb.com/github
   Twitter: http://twitter.com/github
   Google+: http://google.com/+github
   Linkedin : http://linkedin.com/company/github

   Om GitHub
   GitHub är det bästa stället att dela kod med vänner, arbetskamrater, klasskamrater, och kompletta främlingar. Miljontals människor använder GitHub för att bygga fantastiska saker tillsammans. För mer information, gå till http://github.com

3. 939 0:01 - 0:03
   Jag tror att dom
   som kommer att bota cancer
4. 3376 0:03 - 0:07
   kommer att vara folk
   som har datalogisk kunskap.
5. 6506 0:07 - 0:11
   Om folk kan programmera,
   så kan dom vara en del av det här.
6. 11256 0:11 - 0:14
   Och det är vad vi vill,
   vi vill att alla ska vara med
7. 14303 0:14 - 0:18
   Vi tror verkligen att lösningen
   på cancergåtan
8. 17813 0:18 - 0:20
   kommer att komma från oss alla.
9. 19533 0:20 - 0:21
   ♪ (musik) ♪
10. 36246 0:36 - 0:41
    (Eric Holland) Fred Hutchinsons
    forskningscenter för cancer
11. 40971 0:41 - 0:47
    är ett forskningcenter i Seattle
    som specialiserar på att förstå cancer
12. 47113 0:47 - 0:50
    och ta fram nya botemedel,
13. 49503 0:50 - 0:53
    som vi kan ge till patienter
    med sjukdommar som är obotliga.
14. 53986 0:54 - 0:58
    (Lisa McFerrin) vårt mål är att både
    forska cancerbiologi,
15. 57586 0:58 - 0:59
    men även att behandla patienter,
16. 59096 0:59 - 1:01
    vi är en del av ett konsortium
    som inkluderar sjukhus,
17. 61386 1:01 - 1:04
    men det inkluderar även
    ett stort antal forskare.
18. 65027 1:05 - 1:07
    (Eric) Historiskt sett när folk
    försökte fastställa
19. 67287 1:07 - 1:09
    vilken cancertyp det var,
20. 69077 1:09 - 1:11
    så kollade dom under ett mikroskop,
21. 70857 1:11 - 1:14
    och beroende på hur det såg ut,
    så fick det ett namn.
22. 74017 1:14 - 1:19
    Men nyligen har vi haft möjligheten
    att sekvensera stora mängder DNA,
23. 78697 1:19 - 1:20
    och så, helt plötsligt
24. 79946 1:20 - 1:22
    finns det en hel del mer
    digital data
25. 82496 1:22 - 1:26
    som fullständigt beskriver ett tumör
    på ett mycket bättre sätt
26. 85546 1:26 - 1:27
    än vad ett mikroskop kan,
27. 87426 1:27 - 1:29
    men det här är både en bra
    och dåligt.
28. 89436 1:29 - 1:33
    Det blir ett problem
    i det att mängden av data
29. 92756 1:33 - 1:35
    för varje person är enorm.
30. 96489 1:36 - 1:39
    Och all den informationen
    måste sammanställas
31. 99388 1:39 - 1:41
    i någon stor databas,
32. 101468 1:41 - 1:43
    och sedan manipulerad och visualiserad,
33. 103338 1:43 - 1:46
    och så vi kunde
    få ett team tillsammans
34. 106048 1:46 - 1:47
    att attackera problemet,
35. 107278 1:47 - 1:50
    och vi har byggt några av dessa verktyg,
36. 110308 1:50 - 1:52
    som vi är rätt så glada med.
37. 113585 1:54 - 1:57
    (Desert Horse-Grant) Oncoscape
    är webbapplikation med en öppen källkod
38. 117025 1:57 - 2:00
    Där vi tar en cancer patients information
39. 119855 2:00 - 2:01
    och vi visualiserar den
40. 121455 2:01 - 2:04
    så att läkare och forskare
    kan lättare förstå
41. 123555 2:04 - 2:06
    vad som händer
    i patientens sjukdom.
42. 125805 2:06 - 2:09
    Just nu så finns det cancerbiologer,
43. 128866 2:09 - 2:11
    dom som studerar cancer,
44. 130816 2:11 - 2:13
    och sen är det datalogiska människorna,
45. 132976 2:13 - 2:16
    så vi ville ha ett verktyg
    som talar till båda grupperna,
46. 135776 2:16 - 2:17
    och sen samtidigt
47. 137286 2:17 - 2:20
    hur kan vi få dom att arbeta tillsammans.
48. 139566 2:20 - 2:22
    (Jenny Zhang) Mitt arbete inkluderar
    torrlab,
49. 142046 2:22 - 2:25
    datalogiska sidan plus våtlab,
50. 145056 2:25 - 2:28
    vilket innebär bearbetning
    av mänskliga vävnader
51. 147746 2:28 - 2:30
    så jag arbetat på båda sidorna
52. 149676 2:30 - 2:35
    Vävnaden är fryst,
    jag lägger den bara på torr is,
53. 154996 2:35 - 2:38
    och sen byter jag till min termiska handske.
54. 157532 2:38 - 2:41
    Många gånger ser vi bara på datan
    som datorforskare,
55. 160772 2:41 - 2:44
    men man vet inte
    hur datan genererades.
56. 163742 2:44 - 2:47
    Och jag har möjligheten
    att inspektera vävnaden,
57. 167112 2:47 - 2:49
    och när datan inte stämmer,
58. 169302 2:49 - 2:51
    så går man tillbaka till provet.
59. 172155 2:52 - 2:56
    Varje aspekt spelar roll
    för att få fram data med bra kvalitet.
60. 175865 2:56 - 3:00
    Det finns många fördelar
    med att kunna arbeta på båda sidorna.
61. 180221 3:00 - 3:03
    (Eric) Jag har jobbat med
    det här i 20 år.
62. 182811 3:03 - 3:06
    Jag har lärt mig mer om sjukdomen
    som jag är intresserad av,
63. 185691 3:06 - 3:07
    vilket är hjärncancer,
64. 187672 3:08 - 3:10
    med det här visualiseringsverktyget
65. 189806 3:10 - 3:13
    har jag har lärt mig mycket
    under dom senaste åren,
66. 193292 3:13 - 3:15
    eftersom jag inte bara tittar
67. 195040 3:15 - 3:19
    på vad gatubelysningen,
    du vet, lyser upp
68. 199345 3:19 - 3:22
    Om man tittar på alla DNA,
69. 201875 3:22 - 3:24
    det är som att tända
    lamporna i hela rummet,
70. 204225 3:24 - 3:26
    man ser allt,
    och man ser allt samtidigt,
71. 206475 3:26 - 3:29
    och man kan se det
    man vet finns,
72. 208715 3:29 - 3:32
    men sen finns allt det andra,
    som du inte ens visste fanns
73. 211605 3:32 - 3:34
    men det finns rakt framför dig
74. 216892 3:37 - 3:39
    (Desert) Så, vi ville att Oncoscape
    skulle ha öppen källkod,
75. 219292 3:39 - 3:41
    eftersom vårt mål,
76. 220552 3:41 - 3:43
    och vårt mål från början
    har verkligen varit om samarbete.
77. 223382 3:43 - 3:47
    I år fick vi den här idén
    när någon kontaktade oss
78. 226652 3:47 - 3:49
    vars far hade lungcancer.
79. 228952 3:49 - 3:52
    men han hade inte riktigt ett sätt att hjälpa
    med undantag för programmering,
80. 232052 3:52 - 3:54
    och det gav oss en idea
81. 234152 3:54 - 3:57
    att programmerare där ute
    kan verkligen hjälpa oss.
82. 237192 3:57 - 4:00
    Vi tänkte att det här kunde vara
    en bra sak att lägga in på GitHub
83. 240282 4:00 - 4:03
    vi kände att vi fortfarande kunde
    ge folk credit
84. 242722 4:03 - 4:05
    och använda deras namn
    och verkligen prisa dom
85. 244952 4:05 - 4:08
    för hjälpen i kampen mot cancer.
86. 249354 4:09 - 4:15
    (Lisa) Du behöver inte vara en expert
    i biologi eller beräkningsbiologi.
87. 254654 4:15 - 4:18
    Vi vill att människor ska kunna
    vara en expert på sitt eget område,
88. 257990 4:18 - 4:21
    så vi har skapat
    alla dessa "hjälp behövs" uppgifter
89. 260750 4:21 - 4:25
    för sånt som vi inte är experter på,
    men som du kan vara en expert på,
90. 265256 4:25 - 4:28
    och vi vill att vår GitHub repository
91. 267996 4:28 - 4:30
    ska vara ett ställe där folk kan komma
92. 270172 4:30 - 4:32
    och bidra med deras egen kunskap,
93. 272116 4:32 - 4:34
    sin egen programvara
    och sina egna insatser
94. 274006 4:34 - 4:38
    (Jenny) Jag vet hur mycket
    jag har fått lära mig
95. 277576 4:38 - 4:39
    från GitHub community.
96. 279396 4:39 - 4:42
    Jag har kollat
    en hel del på respositories
97. 282456 4:42 - 4:44
    tittar på hur dom programmerar.
98. 284036 4:44 - 4:48
    Vi kan inte arbeta som konkurrenter
    längre i cancerforskningen,
99. 288486 4:48 - 4:50
    eftersom människor dör,
100. 290718 4:51 - 4:55
     så vi måste verkligen jobba tillsammans
     med olika cancer center,
101. 295180 4:55 - 4:57
     med olika områden,
102. 296868 4:57 - 4:59
     med folk som har olika kunskaper.
103. 299538 5:00 - 5:03
     Det är en mycket spännande tid
     om dessa verktyg kan komma
104. 303299 5:03 - 5:08
     till den nivå att vem som helst
     kan göra detta, och du vet,
105. 308756 5:09 - 5:12
     det öppnar verkligen upp vetenskap
     och cancerforskning till alla,
106. 311912 5:12 - 5:14
     vilket faktiskt är riktigt spännande.
107. 314013 5:14 - 5:18
     (Desert) Jag vet inte, jag menar,
     cancer kommer att lösas på en dator.
108. 318253 5:18 - 5:21
     Vi vill att folk ska gå med oss
     för att skapa verktyget
109. 321281 5:21 - 5:23
     som vi alla kan dra nytta av.
110. 323531 5:24 - 5:26
     ♪ (music) ♪