Return to Video

Octotales • Fred Hutch

  • Nem szinkronizált
    I think the people
    who are going to cure cancer
  • Nem szinkronizált
    are going to be the people
    who have competitional skills.
  • Nem szinkronizált
    If people have programming skills,
    they can jump on and be a part of this.
  • Nem szinkronizált
    And that's what we want,
    we want to get everyone involved.
  • Nem szinkronizált
    We really think that the solution
    to unlocking cancer
  • Nem szinkronizált
    is really going to be from all of us.
  • Nem szinkronizált
    ♪ (music) ♪
  • Nem szinkronizált
    The Fred Hutchinson
    Cancer Research Center
  • Nem szinkronizált
    is a research center in Seattle
    that specializes in understanding cancer,
  • Nem szinkronizált
    and coming up with new cures,
  • Nem szinkronizált
    and that we can use for patients
    with diseases that are incurable.
  • Nem szinkronizált
    Our goal is to both reasearch
    the cancer biology,
  • Nem szinkronizált
    but also treat patients,
  • Nem szinkronizált
    so a part of [...]
    that includes hospitals,
  • Nem szinkronizált
    but also includes
    a large number of researchers.
  • Nem szinkronizált
    Historically, when people
    were trying to decide
  • Nem szinkronizált
    what a cancer type was,
  • Nem szinkronizált
    they would look under a microscope,
  • Nem szinkronizált
    and because the way things look,
    they would give it a name.
  • Nem szinkronizált
    But, recently we've had the ability
    to sequence huge amounts of DNA,
  • Nem szinkronizált
    and so, all of the sudden
  • Nem szinkronizált
    there's a whole lot more
    sort of digital data
  • Nem szinkronizált
    that completely describes a tumor
    in a much better way
  • Nem szinkronizált
    than simply the way of microscope,
  • Nem szinkronizált
    but this is both a good thing
    and a bad thing,
  • Nem szinkronizált
    it poses a problem
    in that the amount of data
  • Nem szinkronizált
    for any given person is enormous.
  • Nem szinkronizált
    And all that information
    has to be compiled together
  • Nem szinkronizált
    in some giant database,
  • Nem szinkronizált
    and then manipulated and visualized,
  • Nem szinkronizált
    and so we were able
    to get a team together
  • Nem szinkronizált
    to attack this problem,
  • Nem szinkronizált
    and we've built some of these tools,
  • Nem szinkronizált
    that we're pretty happy with.
  • Nem szinkronizált
    Oncoscape is an open source
    web application
  • Nem szinkronizált
    where we take
    a cancer patient's information
  • Nem szinkronizált
    and we easily visualize it
  • Nem szinkronizált
    for doctors and scientists
    to understand
  • Nem szinkronizált
    what's going on
    in the patient's disease.
  • Nem szinkronizált
    The fields right now,
    there's cancer biologists,
  • Nem szinkronizált
    so the people who are studying cancer,
  • Nem szinkronizált
    and then there's the computational people,
  • Nem szinkronizált
    and so we wanted a tool
    that really could speak to both groups,
  • Nem szinkronizált
    and then at that same time
  • Nem szinkronizált
    just how can we make the more together.
  • Nem szinkronizált
    My work includes dry lab,
  • Nem szinkronizált
    computational side plus the wet lab,
  • Nem szinkronizált
    which means processing human tissues,
  • Nem szinkronizált
    so I work on both sides.
  • Nem szinkronizált
    So the tissue is freezed,
    I'll just put it on the dry ice,
  • Nem szinkronizált
    and then switch to my termical up.
  • Nem szinkronizált
    A lot of time is we only look at data
    as a computer scientist,
  • Nem szinkronizált
    but you don't know
    how the data were generated.
  • Nem szinkronizált
    And I would have this opportunity
    to look at the tissue,
  • Nem szinkronizált
    and when the data doesn't make sense,
  • Nem szinkronizált
    then you go back to the specimen.
  • Nem szinkronizált
    Every aspect matters
    to generate good quality data.
  • Nem szinkronizált
    There is a lot of advantages
    to be able to work on both sides.
  • Nem szinkronizált
    Well, I've been in this field
    for 20 years.
  • Nem szinkronizált
    I've learned more about the disease
    that I'm particularly interested in,
  • Nem szinkronizált
    which is brain cancer,
  • Nem szinkronizált
    with simply this visualization
    to all I've learned
  • Nem szinkronizált
    over many of the previous years,
  • Nem szinkronizált
    because I'm not necessarily looking
    at only what [...] the street light,
  • Nem szinkronizált
    you know, is iluminating.
  • Nem szinkronizált
    If you look at all of the DNA,
  • Nem szinkronizált
    you actually, it's like turning
    the lights on the entire room,
  • Nem szinkronizált
    you see everything,
    and you see it all at once,
  • Nem szinkronizált
    and you can see the things
    that you know exist,
  • Nem szinkronizált
    but then there's always other stuff
    that you didn't even know to look for
  • Nem szinkronizált
    but it's sitting right in front of you.
  • Nem szinkronizált
    So, we wanted Oncoscape
    to be open source,
  • Nem szinkronizált
    because our goal,
  • Nem szinkronizált
    and our goal from the beginning
    has really been about collaboration.
  • Nem szinkronizált
    This year we got this idea
    because someone contacted us,
  • Nem szinkronizált
    whose father has lung cancer,
  • Nem szinkronizált
    but he really didn't have a way to help
    except for program,
  • Nem szinkronizált
    and it really gave us this idea
  • Nem szinkronizált
    that coders out there
    could really help us.
  • Nem szinkronizált
    And so, we thought this would be
    a great thing to put on GitHub,
  • Nem szinkronizált
    and we felt like we could still
    give credit to people
  • Nem szinkronizált
    and use their name
    and really celebrate them
  • Nem szinkronizált
    for helping us in this fight
    against cancer.
  • Nem szinkronizált
    You don't have to be an expert
    in biology or competitional biology.
  • Nem szinkronizált
    We want to allow people
    to be an expert in their own field,
  • Nem szinkronizált
    and so we've created
    all these "help wanting tasks"
  • Nem szinkronizált
    on things that we're not experts at,
    that you might be an expert at,
  • Nem szinkronizált
    and we want the "our get home repository"
  • Nem szinkronizált
    to be a place where people can come to
  • Nem szinkronizált
    and contribute their own knowledge,
  • Nem szinkronizált
    their own software
    and their own efforts.
  • Nem szinkronizált
    I know just by far
    how much I've been learning
  • Nem szinkronizált
    from the GitHub community.
  • Nem szinkronizált
    I've been checking
    a lot of the repositories
  • Nem szinkronizált
    just looking at how they code.
  • Nem szinkronizált
    We cannot work as competitors,
    and more in the cancer research,
  • Nem szinkronizált
    because people die,
  • Nem szinkronizált
    so we really need to work together
    with different cancer centers,
  • Nem szinkronizált
    with different fields,
  • Nem szinkronizált
    with people all from different expertise.
  • Nem szinkronizált
    It's a very saving time if these tools
    can be really brought to the level
  • Nem szinkronizált
    that just any old person can do this,
  • Nem szinkronizált
    and you know, it really opens up science
    in cancer research to everybody,
  • Nem szinkronizált
    which is actually really exciting.
  • Nem szinkronizált
    I don't know, I mean,
    cancer will be solved on a computer.
  • Nem szinkronizált
    We want people to join us
    in making a tool
  • Nem szinkronizált
    that really all of us can benefit from.
  • Nem szinkronizált
    ♪ (music) ♪
Cím:
Octotales • Fred Hutch
Leírás:

more » « less
Video Language:
English
Team:
GitHub
Projekt:
OctoTales
Duration:
06:03

English subtitles

Felülvizsgálatok Compare revisions