I think the people who are going to cure cancer
are going to be the people who have computational skills.
If people have programming skills, they can jump on and be a part of this.
And that's what we want, we want to get everyone involved.
We really think that the solution to unlocking cancer
is really going to be from all of us.
♪ (music) ♪
(Eric Holland) The Fred Hutchinson Cancer Research Center
is a research center in Seattle that specializes in understanding cancer,
and coming up with new cures,
and that we can use for patients with diseases that are incurable.
(Lisa McFerrin) Our goal is to both research the cancer biology,
but also treat patients,
so we're part of a consortium that includes hospitals,
but it also includes a large number of researchers.
(Eric) Historically, when people were trying to decide
what a cancer type was,
they would look under a microscope,
and because of the way things look, they would give it a name.
But recently, we've had the ability to sequence huge amounts of DNA,
and so, all of the sudden
there's a whole lot more sort of digital data
that completely describes a tumor in a much better way
than simply the way of a microscope,
but this is both a good thing and a bad thing.
It poses a problem in that the amount of data
for any given person is enormous.
And all that information has to be compiled together
in some giant database,
and then manipulated and visualized,
and so we were able to get a team together
to attack this problem,
and we've built some of these tools,
that we're pretty happy with.
(Desert Horse-Grant) Oncoscape is an open source web application
where we take a cancer patient's information
and we easily visualize it
for doctors and scientists to understand
what's going on in the patient's disease.
The fields right now, there's cancer biologists,
so the people who are studying cancer,
and then there's the computational people,
and so we wanted a tool that really could speak to both groups,
and then at that same time
just how can we make them work together.
(Jenny Zhang) My work includes dry lab,
computational side plus the wet lab,
which means processing human tissues,
so I work on both sides.
So the tissue is freezed, I'll just put it on the dry ice,
and then switch to my thermal glove.
A lot of times we only look at data as a computer scientist,
but you don't know how the data were generated.
And I have this opportunity to look at the tissue,
and when the data doesn't make sense,
then you go back to the specimen.
Every aspect matters to generate good quality data.
There is a lot of advantages to be able to work on both sides.
(Eric) Well, I've been in this field for 20 years.
I've learned more about the disease that I'm particularly interested in,
which is brain cancer,
with simply this visualization tool
to all I've learned over many of the previous years,
because I'm not necessarily looking
at only what the street light, you know, is illuminating.
If you look at all of the DNA,
you actually, it's like turning the lights on the entire room,
you see everything, and you see it all at once,
and you can see the things that you know exist,
but then there's all this other stuff that you didn't even know to look for
but it's sitting right in front of you.
(Desert) So, we wanted Oncoscape to be open source,
because our goal,
and our goal from the beginning has really been about collaboration.
This year we got this idea because someone contacted us
whose father had lung cancer,
but he really didn't have a way to help except for programming,
and it really gave us this idea
that coders out there could really help us.
And so, we thought this would be a great thing to put on GitHub,
and we felt like we could still give credit to people
and use their name and really celebrate them
for helping us in this fight against cancer.
(Lisa) You don't have to be an expert in biology or computational biology.
We want to allow people to be an expert in their own field,
and so, we've created all these "help wanted" tasks
on things that we're not experts at, that you might be an expert at,
and we want our GitHub repository
to be a place where people can come to
and contribute their own knowledge,
their own software and their own efforts.
(Jenny) I know just by far how much I've been learning
from the GitHub community.
I've been checking a lot of the repositories
just looking at how they code.
We cannot work as competitors anymore in cancer research,
because people die,
so we really need to work together with different cancer centers,
with different fields,
with people all from different expertise.
(Eric) It's a very exciting time if these tools can be really brought
to the level that just any old person can do this, and you know,
it really opens up science and cancer research to everybody,
which is actually really exciting.
(Desert) I don't know, I mean, cancer will be solved on a computer.
We want people to join us in making a tool
that really all of us can benefit from.
♪ (music) ♪
أعتقد أن الناس المقدمون على معالجة السرطان
سيكونون هؤلاء الذين لديهم مهارات حسابية.ة
إذا امتلك الناس مهارات البرمجة فباستطاعتهم أن يكونوا جزء من هذا.
وهذا ما نريده؛ أن يصبح الجميع مشاركا.
نحن نوقن حقا أن الحل للقضاء على السرطان
سيكون بمشاركتنا جميعاً.
♪ (موسيقى) ♪
يعد مركز أبحاث السرطان "فريد هاتشينسون"
في مدينة سياتل مركز أبحاث متخصص في دراسة السرطان
واكتشاف علاجات جديدة
وهذا مايمكن استخدامه للمرضى الذين من الصعب شفائهم.
هدفنا هو فحص بيولوجيا السرطان
ولكن أيضا معالجة المرضى.
لذا فنحن جزء من مجموعة تشمل المستشفيات
وعدد كبير من الباحثين.
عبر التاريخ, عندما كان يحاول الناس تحديد
أي نوع من السرطان يكون
كانوا يفحصونه بالميكروسكوب
وبحسب الطريقة التي تبدوا بها الأشياء كانو يعطونها اسما
لكن في الآونة الأخير أصبح لدينا القدرة على ترتيب كميات كبيرة من الحمض النووي بالتسلسل.
وهكذا ,لم يكن كل هذا متوقع
هناك نوع كبير من البيانات الرقمية
التي تصف الورم بكل ماتحمله الكلمة من معنى
بطريقة أفضل من المجهر"الميكروسكوب"
وكلاهما أمر جيد وسيء في نفس الوقت.
هذا يطرح مشكلة ,بسبب كمية البيانات الكبيرة
المعطاه للشخص الواحد
وجميع هذه المعلومات لا بد من تجميعها معا
في بعض قواعد البيانات العملاقة
ومن ثم تعالج وتصور
وهكذا تمكنا من جمع فريق
للقضاء على المشكلة
وقد بنينا بعض هذه الأدوات
التي نسعد بها.
يعد "أونكوسكيب" تطبيق ويب مفتوح المصدر
حيث نحصل على معلومات مريض السرطان
ومن ثم نصورها بسهولة
للأطباء والعلماء ليدرسوا
ما يجري في المريض
المجالات المتوافرة في الوقت الراهن علماء أحياء السرطان
الذين يدرسون السرطان
ومن ثم أصحاب المهارات الحسابية
لذلك أردنا أداة يمكنها حقا أن تخاطب كلا الفريقين
وفي الوقت نفسه
كيف يمكن أن يعملوا سويا
يشتمل عملي على معمل جاف
وجانب حاسوبي بالإضافة إلى مختبر رطب
وهو مايعني معالجة الأنسجة البشرية
لذا ,أنا أعمل في كلا الجانبين
حيث تجمد الأنسجة ثم أضعها في ثلج مجفف
ثم أنتقل إلى قفازاتي الحرارية
وننظر إلى البيانات معظم الوقت كعلماء الكمبيوتر
ولكنك لا تعرف ,كيف استحدثت البيانات
ولدي الفرصة لفحص النسيج
وعندما تكون البيانات غير منطقية
حينها ترجع إلى العينة
جميع جوانب الأمور ذات أهميه لتوليد بيانات ذات نوعية جيدة
هناك الكثير من المزايا لتكون قادرا على العمل في كلا الجانبين
حسنا ,أنا أعمل في هذا المجال منذ عشرين عاما.
لقد تعلمت المزيد عن المرض لذلك ,أنا مهتم بشكل خاص بهذا
ألا وهو سرطان الدماغ
مع بساطة أداة التصور هذه
مع كل ما تعلمته خلال السنوات السابقة
لأنني لا أنظر بالضرورة
إلى ما يضيء الشارع فقط , فكما تعلم إنه الضوء
لو نظرتم إلى الحمض النووي "DNA"
أنت في الحقيقة تحول الأضواء على الغرفة بأكملها
وترى كل شيء دفعة واحدة
ويمكنك أن ترى الأشياء التي تعلم بوجودها
بعد ذلك كل هذه الامور المختلف لا تستطيع البحث عنها
ولاكن هي توجد امامك
لذا فنحن نريد أنوسكيب مصدرا مفتوحا
لأن هدفنا
و هدفنا من البداية هو التعاون
هذا العام حصلنا على هذه الفكرة لأن شخصا تحدث الينا
والده كان مصاب بسرطان الرئة
لكنه لم يملك طريقة للمساعدة سوى البرمجة
و هذا الهمنا هذه الفكرة
ان المبرمجين قد يساعدونا
و ظننا ان هذا شئ عظيم يستحق نشره على GitHub
و شعرنا انه يمكننا اعطاء الناس اموال
و استخدام اسمهم و الاحتفاء بهم
على مساعدتهم لنا في محاربة السرطان
ليس من الضروري ان تكون خبيرا في الاحياء computational biology.
نحن نريد ان نجعل الناس خبراء في مجالاتهم
و لهذا جعلنا "مساعدة مطلوبة" مهام
في اشياء نحن لسنا خبراء بها من الممكن ان تكون انت خبيرا بها منا
و نحن نريد مخزن GitHub
ليكون مكانا يأتي الناس اليه
و يساهمون بمعرفتهم
برامجهم و مجهوداتهم
أنا أعرف حتى الآن, كم قد تعلمت الكثير
من مجموعة "جيت هب"
قد تفحصت الكثير من المستودعات
لنظر في كيفية تنظيمها
لا يمكننا أن نعمل بعد الآن كمنافسين في مجال أبحاث السرطان
لأن الناس يموتون
لذا ,فنحن حقا بحاجة إلى العمل سويا مع مراكز السرطان المختلفة
مع مجالات مختلفة
ومع جميع الخبرات المتنوعة
سيكون وقتا مثيرا جدا , إذا أتيحت هذه الأدوات
لأي شخص كبير يمكن أن يقوم بهذا
وهذا يفتح أبحاث السرطان والعلوم للجميع
وذلك حقا شيء مثير جداً
أنا حقا لا أعرف! سيقضى على السرطان من خلال الكمبيوتر
نحن نريد من الجميع أن يشارك في صنع أداة
التي يستطيع جميعنا أن يستفيد منها
♪ (موسيقى) ♪
(Desert Horse-Grant)
Ich glaube, wer am Ende Krebs heilen wird,
sind Leute mit guten Computerkenntnissen.
Leute mit Programmierkenntnissen,
können kommen und Teil dieser Sache sein.
Und das ist es, was wir wollen, wir wollen alle miteinbeziehen.
Wir glauben wirklich, dass die Lösung gegen Krebs,
von uns allen kommen muss.
♪ (Musik) ♪
(Eric Holland)
Das Fred Hutchinson Krebsforschungszentrum
ist ein Forschungszentrum in Seattle spezialisiert darauf,
Krebs zu verstehen und neue Heilmethoden zu entwickeln,
für Patienten mit unheilbaren Krankheiten.
(Lisa McFerrin) Unser Ziel ist es, sowohl Krebs zu erforschen,
als auch Patienten zu behandeln,
deshalb hat die Gemeinschaft viele Krankenhäuser,
aber auch zahlreichen Forscher.
(Eric) Um auf traditionelle Art herauszufinden,
mit welchen Krebstyp man es zu tun hat,
schaute man durch das Mikroskop
und benannte den Krebs nach seinem Aussehen.
Aber nun können wir große Mengen an DNS entschlüsseln,
und haben jetzt plötzlich
große Mengen an digitalen Daten,
die einen Tumor auf viel bessere Weise beschreiben,
als auf Grundlage des Mikroskops.
Aber das hat Vor- und Nachteile.
Es führt dazu, dass die Datenmenge,
für jede einzelne Person rießig ist.
Und alle Informationen müssen zusammengetragen werden,
in einer rießigen Datenbank,
und dann verarbeitet und visualisiert werden.
Und deswegen haben wir ein Team zusammengebracht,
um dieses Problem anzugehen,
und wir haben einige Werkzeuge entwickelt,
mit denen wir ziemlich zufrieden sind.
(Desert) Oncoscape ist eine frei zugänglichen Webanwendung,
mit der wir die Informationen von Krebspatienten nehmen,
und sie auf einfache Weise visualisieren,
sodass Ärzte und Forscher verstehen,
was es mit der Krankheit des Patienten auf sich hat.
Bezüglich der Disziplinen, wir haben Krebsbiologen,
also die Leute, die den Krebs erforschen,
und dann haben wir die Computerexperten,
und wir wollten ein Werkzeug, das sie beide anspricht,
und Wege findet,
dass sie zusammen arbeiten können.
(Jenny Zhang) Meine Arbeit beinhaltet das "Trockenlabor",
also die Rechnerseite und das "Nasslabor",
wo wir menschliches Gewebe analysieren,
also arbeite ich auf beiden Seite.
Also, das Gewebe ist gefroren, jetzt lege ich es auf's Trockeneis,
und ziehe temperaturresistenten Handschuhe an.
Computerwissenschaftler schauen oft nur auf die Daten,
aber sie wissen gar nicht, wo sie herkommen.
Ich habe die Möglichkeit, mir das Gewebe anzuschauen,
und wenn die Daten keinen Sinn ergeben,
kann ich zurück zu den Proben gehen.
Jedes Detail ist wichtig, um Daten guter Qualität zu erzeugen.
Es hat viele Vorteile, auf beiden Seiten zu arbeiten.
(Eric) Ich arbeite seit 20 Jahren in dieser Disziplin.
Ich habe mit diesem Visualisierungswerkzeug
mehr über mein Spezialgebiet, Hirntumore, gelernt,
als in den ganzen vorhergehenden Jahren,
denn mit ihm schaut man nicht nur,
auf einen bestimmten Punkt, der gerade beleuchtet wird.
Wenn man die gesamte DNS anschaut,
ist es so, als würde man, den gesamten Raum beleuchten,
man sieht alles, und alles auf einmal,
Und dann sieht man Dinge, die man schon kennt,
und dann noch ganz viel anderes, nach dem man nie gesucht hätte,
aber jetzt hat man es direkt vor der Nase.
(Desert) Deshalb wollten wir, dass Oncoscape frei zugänglich ist,
denn unser Ziel ist es,
und war es immer, mit anderen zusammenzuarbeiten.
Die Idee kam uns dieses Jahr, nachdem uns jemand kontaktierte,
dessen Vater Lungenkrebs hatte,
und er konnte nur mit seinen Programmierfähigkeiten helfen,
und das brachte uns auf die Idee,
dass Programmierer da draußen, uns wirklich helfen könnten.
Und daher dachten wäre, das wäre ein tolles Project für GitHub,
so können wir, die Arbeit der Leute anerkennen
und ihre Namen verwenden und sie wirklich feiern,
feiern, dass sie uns beim Kampf gegen den Krebs helfen.
(Lisa) Man muss kein Experte in Biologie
oder analytischer Biologie sein.
Wir wollen Leute, die Experten, in ihren Disziplinen sind,
und daher haben wir "Hilfe gesucht" Aufgaben erstellt,
für Gebiete, wo wir keine Experten sind, aber andere vielleicht,
und wir wollen, dass unser GitHub Repository
ein Ort ist, wo alle Leute
mit ihrem eigenen Wissen, ihrer eigenen Software,
ihren eigenen Leistungen beitragen können.
(Jenny) Ich weiß, ich habe so viel
von der GitHub Gemeinschaft gelernt.
Ich habe in viele Repositories hineingeschaut,
mir angeschaut, wie sie coden.
Wir können in der Krebsforschung keine Konkurrenten mehr sein,
denn Menschen sterben,
also müssen wirklich zusammenarbeiten,
mit verschiedenen Krebszentren,
mit verschiedenen Disziplinen,
mit Leuten aus allen möglichen Bereichen.
(Eric) Es ist eine wirklich spannende Zeit,
wenn diese Werkzeuge wirklich
an einen Punkt kommen, wo jeder sie verwenden kann,
und es öffnet die Wissenschaft und Krebsforschung für alle.
Und das ist richtig spannend.
(Desert) Ich weiß nicht, Krebs wird am Computer geheilt werden.
Wir wollen, dass Menschen mit uns zusammen,
ein Werkzeug entwickeln,
von dem wir wirklich alle profitieren.
♪ (Musik) ♪
Πιστεύω πως οι άνθρωποι που θα θεραπεύσουν τον καρκίνο
θα είναι αυτοί που θα έχουν υπολογιστικές δεξιότητες.
Αν οι άνθρωποι έχουν προγραμματιστικές δεξιότητες, μπορούν να έρθουν να γίνουν μέρος αυτού.
Και αυτό είναι που θέλουμε, θέλουμε να τους εμπλέξουμε όλους.
Πιστεύουμε πραγματικά πως η λύση να ξεκλειδώσουμε τον καρκίνο
θα είναι από όλους εμάς.
♪ (μουσική)♪
(Έρικ Χόλαντ) Το Κέντρο Έρευνας για τον Καρκίνο Fred Hutchinson
έιναι ένα κέντρο έρευνας στο Σιάτλ το οποίο ειδικεύεται στην κατανόηση του καρκίνου,
και να βρίσκει νέες θεραπείες,
και να μπορούμε να τις χρησιμοποιήσουμε σε ασθενείς με ανίατες ασθένειες
(Λίσα ΜακΦέριν) Ο στόχος μας είναι και να ερευνήσουμε την βιολογία του καρκίνου,
αλλά και να θεραπεύσουμε τους ασθενείς,
έτσι είμαστε μέρος μιας κοινοπραξίας που περιλαμβάνει νοσοκομεία,
αλλά περιλαμβάνει επίσης έναν μεγάλο αριθμό ερευνητών.
(Έρικ) Ιστορικά , όταν οι άνθρωποι προσπαθούσαν να αποφασίσουν
τι ήταν ένας τύπος καρκίνου,
θα κοίταζαν κάτω από ένα μικρσκόπιο,
και λόγω της εμφάνισης των πραγμάτων, θα έδιναν και ένα όνομα.
Άλλα πρόσφατα, είχαμε την δυνατότητα να ταξινομήσουμε τεράστιες ποσότητες DNA,
και έτσι, ξαφνικά,
υπάρχουν πολλά περισσότερα είδη ψηφιακών δεδομένων
που περιγράφουν πλήρως έναν όγκο με έναν πολύ καλύτερο τρόπο
από τον απλό τρόπο του μικροσκοπίου,
αλλά αυτό είναι ταυτόχρονα καλό και κακό.
Θέτει το πρόβλημα στο οποίο η ποσότητα των δεδομένων
για κάθε δεδομένο άτομο είναι τεράστια.
Και όλη αυτή η πληροφορία πρέπει να συγκεντρωθεί
σε μία τεράστια βάση δεδομένων,
και στη συνέχεια να χειριστεί και να οπτικοποιηθεί,
και έτσι καταφέραμε να συγκεντρώσουμε μία ομάδα
να επιτεθεί σε αυτό το πρόβλημα,
και κατασκευάσαμε κάποια από αυτά τα εργαλεία
για τα οποία είμαστε αρκετά ικανοποιημένοι.
(Ντέζερτ Χορς-Γκραντ) Η Ocnoscape είναι μια διαδικτυακή εφαρμογή ανοικτόυ κώδικα
όπου παίρνουμε την πληροφορία του ασθενή με καρκίνο
και με ευκολία την οπτικοποιούμε
ώστε να κατανοήσουν οι γιατροί και οι επιστήμονες
τι συμβαίνει στη νόσο του ασθενούς.
Στα πεδία αυτή τη στιγμή, υπάρχουν οι βιολόγοι καρκίνου,
οι ανθρωποι που μελετούν υον καρκίνο,
και υπάρχουν και οι υπολογιστικοί άνθρωποι,
και έτσι θέλαμε ένα εργαλείο που θα μπορόυσε να μιλήσει και στις δύο ομάδες
και ταυτόχρονα
πως θα μπορούσαμε να τους κάνουμε να δουλέψουν μαζί.
(Τζένι Ζανγκ) Η δουλειά μου περιλαμβάνει το ξηρό εργαστήριο,
το υπολογιστικό κομμάτι συν το υγρό εργαστήριο,
που σημαίνει επεξεργασία ανθρώπινων ιστών,
και έτσι δουλεύω και στα δύο κομμάτια.
Ο ιστός παγώνεται, απλά θα τον βάλω στον ξηρό πάγο,
και στη συνέχεια θα βάλω το θερμικό μου γάντι.
Πολλές φορές ως επιστήμονες υπολογιστών, κοιτάμε μόνο δεδομένα,
αλλά δεν γνωρίζουμε πως δημιουργήθηκαν αυτά τα δεδομένα.
Και έχω αυτή την ευκαιρία να κοιτάζω τον ιστό,
και όταν τα δεδομένα δεν βγάζουν νόημα,
τότε επιστρέφουμε στο δείγμα.
Όλες οι πτυχές έχου σημασία για να δημιουργηθούν καλής ποιότητας δεδομένα.
Υπάρχουν πολλά πλεονεκτήματα να μπορείς να δουλεύεις και στις δύο μεριές.
(Έρικ) Λοιπόν, είμαι σε αυτό το πεδίο 20 χρόνια.
Έχω μάθει περισσότερα για την ασθένεια που με ενδιαφέρει,
η οποία είναι ο καρκίνος toy εγκεφάλου,
απλά με αυτό το εργαλείο οπτικοποίησης
σε σχέση με αυτά που έιχα μάθει σε πολλά από τα προηγούμενα χρόνια,
επειδή δεν κοιτάω απαραίτητα
μόνο σε αυτό που φωτίζει το φως του δρόμου.
Άμα κοιτάξεις σε όλο το DNA,
είναι στην πραγματικότητα σαν να άναψες τα φώτα σε όλο το δωμάτιο,
βλέπεις τα πάντα, και τα βλέπεις όλα ταυτόχρονα,
και βλέπεις και τα πράγματα που γνωρίζεις ότι υπάρχουν,
αλλά υπάρχουν και όλα τα υπόλοιπα πράγματα που δεν γνώριζες καν για να ψάξεις
αλλά στέκονται ακριβώς μπροστά σου.
(Ντέζερτ) Θέλαμε η Ocnoscope να είναι ανοικτού κώδικα,
επειδή ο στόχος μας,
και ο στόχος μας από την αρχή ήταν η συνεργασία.
Φέτος είχαμε την ιδέα επείδή κάποιος επικοινώνησε μαζί μας
ο πατέρας του οποίου είχε καρκίνο στους πνεύμονες,
αλλά δεν είχε κάποιο τρόπο να τον βοηθήσει πέρα από τον προγραμματισμό,
και αυτό μας έδωσε την ιδέα
ότι οι προγραμματιστές μπορούν πραγματικά να μας βοηθήσουν.
Και έτσι, σκεφτήκαμε ότι θα ήταν καλό να το βάλουμε στο GitHub,
και
Pienso que quienes van a curar el cáncer
serán quienes tengan habilidades computacionales.
Quienes tengan habilidades de programación pueden ser parte de esto,
Y eso es lo que queremos, queremos involucrar a todos.
Creemos que la solución para descifrar el cáncer
realmente vendrá de todos nosotros
♪ (music) ♪
Eric Holland: El Centro de Investigación Fred Hutchinson
es un centro de investigación en Seattle especializado en entender el cáncer,
y en desarrollar nuevas curas,
que podremos usar para pacientes con enfermedades incurables.
Lisa McFerrin: Nuesta meta es investigar la biología del cáncer,
pero también cómo tratar a los pacientes,
somos parte de un consorcio que incluye hospitales,
pero también incluye un gran número de investigadores
Eric: Históricamente, cuando la gente trataba de decidir
de qué tipo era un cáncer,
miraban bajo el microscopio,
y por cómo se veían las cosas, le daban un nombre.
Actualmente, hemos tenido la capacidad de secuenciar grandes cantidades de ADN
y de repente
hay muchos más tipos de datos digitales
que describen completamente un tumor de una mejor manera
que a través del microscopio,
Sin embargo, esto es bueno y malo.
El problema es que la cantidad de datos
para una persona cualquiera es enorme.
Y toda esa información tiene que ser compilada
en alguna base de datos gigante,
y luego manipulada y visualizada,
y así conseguimos juntar un equipo
para atacar este problema,
y hemos construido algunas de estas herramientas,
con las que estamos muy contentos.
Dessert Horse-Grant: Oncoscape es una aplicación web de código abierto
donde tomamos información de un paciente con cáncer
y fácilmente la visualizamos
para que los doctores y científicos entiendan
qué está pasando en la enfermedad del paciente.
Sobre los campos, en este momento, hay biólogos del cáncer
es decir, las personas que están estudiando el cáncer,
y está la gente de computación.
Por eso queríamos una herramienta que pudiera servir a ambos grupos,
y al mismo tiempo pensamos:
¿Cómo podemos hacerlos trabajar juntos?
Jenny Zhang: Mi trabajo incluye tanto trabajos de simulación como computacionales
y también la parte experimental, lo que significa
procesar tejidos humanos, y por tanto
trabajo en ambas partes.
El tejido está congelado, lo pondré en el hielo seco,
y me cambio los guantes por unos térmicos.
Muchas veces sólo vemos los datos como un científico computacional,
pero no sabes cómo se generaron los datos.
Y tengo la oportunidad de ver al tejido,
y cuando la información no tiene sentido,
entonces regresas a tu espécimen.
Todo aspecto cuenta para generar información de calidad.
Poder trabajar en ambos lados tiene muchas ventajas .
Eric: Bueno, he estado en este campo por 20 años.
He aprendido más sobre la enfermedad de la que estoy interesado,
que es cáncer cerebral,
simplemente con esta herramienta de visualización
Y he aprendido a través de los años pasados,
porque no estoy necesariamente viendo
solamente lo que está directamente bajo la luz.
Si miras todo el ADN,
realmente, es como prender las luces del cuarto entero,
ves todo, y lo ves todo al tiempo,
y puedes ver las cosas que sabes que existen,
pero están todas estas otras cosas que ni siquiera conocías
pero están justo frente a ti.
Dessert: Queríamos que Oncoscape fuera código abierto,
porque nuestra meta,
desde el principio ha sido la colaboración.
Este año tuvimos esta idea porque alguien nos contactó
cuyo padre tuvo cáncer de pulmón,
Pero no tenía forma de ayudar excepto por la programación
Y eso realmente nos dio una idea
que los programadores realmente podrían ayudarnos.
Entonces creímos que sería una gran idea para poner en GitHub,
y sentimos que aún podiamos dar crédito a la gente
y usar sus nombres y realmente felicitarlos
por ayudarnos en esta pelea contra el cáncer.
Lisa: No tienes que ser un experto en biología o biología computacional.
Queremos permitir a las personas ser expertos en su propio campo,
entonces, hemos creado todas estas tareas buscando ayuda
en cosas en las que no somos expertos, y en las que tú podrías ser un experto,
y queremos que nuestro repositorio de GitHub
sea un lugar donde la gente pueda venir
y contribuir con su propio conocimiento,
su propio software y sus propios esfuerzos.
Jenny: Sé de sobra lo mucho que he estado aprendiendo
de la comunidad de GitHub.
He estado revisando muchos repositorios
Solo viendo como programan.
Ya no podemos trabajar como competidores en la investigación del cáncer,
porque las personas mueren,
por eso lo que realmente necesitamos es trabajar juntos con diferentes centros de cáncer,
en diferentes campos,
y personas con experiencia diferente.
Eric: Es un momento muy emocionante si estas herramientas pueden ser llevadas
al nivel donde cualquier persona pueda hacer esto, y bueno,
realmente hace que la ciencia y la investigación del cáncer
sean disponibles para todos, lo cual es realmente emocionante.
Dessert: No sé, digo, el cáncer será resuelto en una computadora.
Queremos que las personas se nos unan para hacer una herramienta
de la cual todos podamos beneficiarnos.
Contribuya en github.com/FredHutch/Oncoscape
Creo que las personas que curarán el cáncer
serán las personas que tengan habilidades computacionales.
Si tienen habilidad para programar, pueden participar y ser parte de esto.
Y es lo que queremos, queremos hacer que todos se involucren.
Creemos realmente que la solución para resolver el cáncer
provendrá de todos nosotros.
♪ (música) ♪
(Eric Holland) El centro de investigación del cáncer Fred Hutchinson
es un centro de investigación en Seattle que se especializa en entender el cáncer,
y desarrollar nuevas curas,
que se puedan utilizar en pacientes con enfermedades incurables.
(Lisa McFerrin) Nuestra meta es investigar la biología del cancer,
y también tratar pacientes,
somos parte de un grupo que incluye hospitales,
pero que también incluye un gran número de investigadores.
(Eric) Historicamente, cuando intentaban decidir
de que tipo de cáncer se trataba,
observaban con un microscopio,
y de acuerdo a como se veía asignaban el tipo.
Pero recientemente, ha sido posible, secuenciar grandes cantidades de DNA
y por tanto, de repente
contamos con mucho más información digital
que describe completamente un tumor de una mejor manera
que usando solamente un microscopio,
pero esto es bueno y malo a la vez.
Resulta problemático por que la cantidad de datos
para una sola persona es enorme.
Y toda esa información debe ser recopilada
en una base de datos gigante,
y luego manipulada y visualizada,
asi que fuimos capaces de armar un equipo juntos
para atacar el problema,
y hemos desarrollado algunas herramientas,
con las que estamos muy contentos.
(Desert Horse Grant) Oncoscope es una aplicación web de código abierto
donde tomamos la información sobre el cáncer de un paciente
y la visualizamos fácilmente
para que doctores y científicos entiendan
que ocurre con la enfermedad del paciente.
El campo actualmente incluye biólogos del cáncer,
son las personas que estudian el cáncer,
y también está la gente de computación,
queríamos una herramienta que abarcara ambos grupos,
y también al mismo tiempo
¿Cómo podemos hacerlos trabajar juntos?
(Jenny Zhang) Mi trabajo incluye simulaciones,
el aspecto computacional mas el trabajo experimental
que significa procesar tejidos humanos,
así que trabajo en ambas partes.
El tejido está congelado, lo colocaré en hielo seco,
y después me cambio los guantes por térmicos.
Muchas veces solo vemos los datos como un científico computacional,
Pero no sabemos como se generaron los datos.
Yo si tengo la oportunidad de ver el tejido,
y cuando los datos no tienen sentido,
regreso a la muestra de tejido.
Cada aspecto importa para generar datos de buena calidad.
Hay muchas ventajas en poder trabajar en ambas partes.
(Eric) Bueno, he estado en este campo por 20 años.
He aprendido mas acerca de la enfermedad que me interesa,
que es el cáncer cerebral,
usando esta herramienta de visualización
que con lo que había aprendido en años anteriores,
porque ahora no solo estoy viendo
lo que el faro ilumina.
Si puedes ver todo el DNA,
es como prender la luz de la habitación entera,
lo vez todo, y lo vez al mismo tiempo,
y puedes ver cosas que sabes que existen,
pero luego hay otras cosas que no conocías
y todo se despliega frente a tí.
(Desert) Queríamos que Oncoscape fuera abierto
porque nuestro objetivo,
desde un inicio ha sido la colaboración.
Este año tuvimos esta idea porque alguien nos contacto
su padre tenía cáncer de pulmón,
pero el no tenía manera de ayudar excepto programando,
y realmente nos dio esta idea
de que programadores allá afuera podrían ayudarnos
Y por tanto, pensamos que sería muy bueno subirlo a Github,
sentimos que aun podíamos dar crédito a las personas
usar su nombre y realmente festejarlas
por ayudarnos en esta lucha contra el cáncer.
(Lisa) No tienes que ser un experto en biología o biología computacional.
Queremos dejar que las personas sean expertas en su respectivo campo.
y por ello, hemos creado estas tareas de "ayuda requerida"
para cosas en las que no somos expertos, pero que tu si podrías serlo,
y queremos que nuestro repositorio de Github
sea un lugar donde la gente puede venir a
contribuir con su propio conocimiento,
su propio software y su esfuerzo.
(Jenny) Se de sobra lo mucho que he aprendido
de la comunidad de Github.
He estado revisando muchos de los repositorios
solo mirando como programan.
Ya no podemos trabajar como competidores en la investigación del cáncer,
porque la gente fallece,
así que necesitamos trabajar juntos con varios centros de cáncer,
con campos distintos,
con personas de distintas especialidades.
(Eric) es una etapa emocionante si podemos llevar estas herramientas
al nivel donde cualquier persona pueda hacer esto, y sabes,
realmente abre la ciencia y la investigación del cáncer a todos.
lo cual es muy emocionante.
(Desert) No se, quiero decir, el cáncer va a ser resuelto en una computadora.
Queremos que la gente se nos una para hacer una herramienta
de la cual todos nos podremos beneficiar.
♪ (música) ♪
Contribuye en github.com/FredHutch/Oncoscape
Creo que las personas que curarán el cáncer
son aquellas con habilidades computacionales.
Si conocen de programación, pueden fácilmente ser parte del proyecto.
Y eso es lo que queremos, que todos se involucren en el proceso.
En verdad creemos que la solución para erradicar el cáncer
provendrá de todos nosotros.
♪ (música) ♪
(Eric Holland) El Centro de Investigación del Cáncer "Fred Hutchinson"
es un centro de investigación en Seattle dedicado al estudio del cáncer,
y desarrollar nuevos tratamientos
que podemos emplear en pacientes con enfermedades incurables.
(Lisa McFerrin) Nuestro objetivo es investigar la naturaleza del cáncer,
y también tratar a los pacientes
así que somos un consorcio que incluye hospitales,
pero también incluye a un gran número de investigadores.
(Eric) Tradicionalmente, si se quería clasificar
algún tipo de cáncer,
se observaba en el microscopio,
y al ver sus características, se le daba una clasificación.
Pero adquirimos la capacidad de secuenciar grandes cantidades de ADN,
y de pronto
hay una mayor cantidad de información digitalizada
que describe un tumor a detalle y de forma más eficiente
que si tan sólo miramos el microscopio.
Pero esto es tanto bueno, como malo.
Ahora surge el problema de que la cantidad de información
para una sola persona es inmensa.
Y toda esa información debe recopilarse
en una enorme base de datos,
manipularse y poder ser visualizada.
Así que tuvimos que formar un equipo
para atacar el problema
y construimos estas herramientas
que nos dejaron muy satisfechos.
(Desert Horse Grant) "Oncoscape" es una aplicación de código abierto
en la que podemos ingresar los datos del paciente de cancer
para que doctores y científicos
puedan visualizarlos fácilmente y entiendan
lo que sucede con la enfermedad del paciente.
En nuestro equipo están los biólogos del cáncer,
que son aquellos que estudian el cáncer;
y también están los expertos en computación,
así que necesitábamos algo con que ambos pudieran trabajar
pero que al mismo tiempo
les permitiera trabajar conjuntamente.
(Jenny Zhang) Mi trabajo incluye una parte simulada
en la computadora; y una parte experimental,
donde trabajamos con tejidos humanos,
es decir, trabajo en ambos lados.
Saco el tejido congelado y lo coloco en el hielo seco,
y ahora me pongo mi guante térmico.
Por lo regular, sólo analizamos datos en la computadora,
pero no sabemos como se creó dicha información.
Pero aquí tengo la oportunidad de observar el tejido,
y cuando los datos no concuerdan,
puedes volver a analizar la muestra.
Cada aspecto es importante para generar datos de buena calidad.
Hay muchas ventajas al trabajar desde ambos lados.
(Eric) He trabajado en esto por veinte años.
Y he aprendido mucho más sobre la enfermedad que me interesa,
que es el cáncer cerebral,
con tan sólo usar esta herramienta,
de lo que aprendí en los años anteriores
porque no sólo visualizo
las áreas más obvias y superficiales.
Si visualizas todo el ADN,
es como si prendieras las luces de una habitación:
puedes ver todo al mismo tiempo,
y claro, puedes ver aquello que sabes que existe,
pero también está aquello que no sabías que debías buscar
y que está justo frente a tus ojos.
(Desert) Oncoscape es de código abierto
porque nuestro objetivo,
desde un inicio, siempre ha sido la colaboración.
Y este año tuvimos la idea porque nos contactó una persona
cuyo padre sufría cáncer pulmonar,
pero no tenía forma de ayudar mas que ayudar con la programación
y eso nos dio la idea
de que los programadores podían ser muy útiles para el proyecto.
Pensamos que sería buena idea publicarlo en GitHub,
y aún así podríamos darle crédito a todos,
poner su nombre y homenajearlos
por ayudarnos en la lucha contra el cáncer.
(Lisa) no necesitas ser experto en biología o en biología computacional.
Queremos dejar que todos sean expertos en su propia área,
así que creamos estas tareas llamadas "Se busca"
para lo que no somos expertos, pero que puede que tú sí lo seas,
y queremos que nuestro repositorio en GitHub
sea un espacio donde las personas puedan
contribuir con su conocimiento,
su propio software y su propio esfuerzo.
(Jenny) No puedo creer todo lo que he aprendido
de la comunidad en GitHub.
He revisado muchos repositorios
sólo para ver cómo programan.
No podemos seguir compitiendo en la investigación sobre el cáncer,
porque la gente sigue muriendo.
Debemos trabajar en conjunto con otros centros de investigación,
con diferentes especialidades,
y personas expertas en diferentes áreas.
(Eric) Será muy emocionante si estas herramientas llegan
al punto en que cualquier persona mayor pueda analizarlas.
Abririamos la ciencia y la investigación del cáncer para todos
lo que sería muy emocionante.
(Desert) Podría ser que la cura del cáncer saliera de una computadora.
Queremos que se unan en la creación de una herramienta
que nos podría beneficiar a todos.
♪ (musica) ♪
Je pense que ceux qui vont éradiquer le cancer
seront ceux qui ont des compétences informatiques. Si des
gens connaissent l'informatique,
ils peuvent nous rejoindre et faire partie de notre cause.
Et c'est ce qu'on veut, que tout le monde soit impliqué. On
pense vraiment que la solution pour trouver un remédier contre
le cancer sera le fruit de la
collaboration de tous (musique)
(Eric H.) Le centre de recherche sur le cancer de Fred Hutchinson
est un centre de recherche à Seattle qui se spécialise dans les études du cancer,
et trouver de nouveaux traitements,
et qu'on peut utiliser sur des patients avec des maladies incurables.
(Lisa McF.) Notre but est pour rechercher sur la biologie du cancer,
et aussi pour traiter des patients,
donc on est un consortium qui inclus des
hôpitaux, mais aussi un grand nombre de chercheurs.
(Eric) Au passé,
quand'on tentaient
décider quel type de
cancer il s'agissait,
ils regardaient dans un microscope,
et ils donnaient un nom à ce qu'ils observaient.
Mais on a récemment été capables de faire des séquençages de grand nombre
d'ADN, et tout d'un coup,
il y'a beaucoup plus de types de données numériques
qui décrivent tout à fait une tumeur d'une meilleure façon
que le méthode simple des microscopes,
mais c'est une bonne
et une mauvaise chose
Le problème est que la quantité de données
pour n'importe quelle personne est énorme.
Et toutes ces informations doivent être compilées ensembles
dans une sorte de base de données géante,
puis manipulées et visualisées,
et donc assembler une équipe
pour attaquer le problème
et on a créée quelques outils
dont nous sommes satisfaits
(Desert Horse-Grant) Oncoscape est une outil "open source" en ligne
où on prend les informations d'un patient atteint de cancer
et où on les visualize pour
que les médecins et les scientistes sachent
ce qui se passe dans la maladie du patient
Parmi des spécialités aujourd'hui, il y a des biologistes,
des persones qui étudient le cancer,
et aussi les spécialistes en informatique,
ainsi, nous voulûme l'outil compatible à tous les groupes,
d'une façon qu'on serait
possible à travailler paralèlement et ensemble.
(JZ) Mon boulot est lié au laboratoire sec,
aux activités de l'ordinateur et au laboratoire humide,
donc je travaille sur les biomatériaux humaines,
ainsi, je travaille dans les deux côtés.
Quand les biomatériaux sont glacés, je met la glace sec dedans,
puis je m'habille des gants thermiques.
Plusieurs fois on a vu les données autant que scientistes,
mais on ne sait pas comment les données étaient générés.
Et j'ai l'opportunité d'observer les biomatériaux et
quand les données ne sont pas logiques,
on en remettre au spécimen original.
Tout est important pour générer les données de qualité.
Il y a des divers avantages en travaillant dans les deux côtés.
(Eric) Je bosse dans cette spécialité ça fait 20 ans.
J'ai appris beaucoup sur le malade que m'interesse,
que c'est le cancer du cerveau,
simplement en utilisant cet outil
dans tout que j'ai appris quelques temps avant,
parce que je ne vois pas en fait
seulement qu'est-ce que c'est que la lumière d'une rue illumine.
Si tu regardes tout l'ADN, actuellement
c'est le même que illuminer tout l'environement,
tout est visible au même temps, et tu peux voir
tout les choses que tu sais qu'existent,
mais il y tout les autres choses que tu en as jamais pensé en
regarder et qui sont en face de toi.
(Desert) On voulait l'Oncoscape un open source
à cause de notre objectif,
et tel était du début sur la collaboration précisement.
Nous prennons l'idée cette année, à cause d'un appel de quelqu'un
dont le père avait cancer du poumon,
mais il ne pouvait pas aider sauf en programmant les données,
et cela nous avons donné une idée
que l'informatique pouvait nous aider en fait.
Pourtant, nous avons pensé que ça serait utile dans le GitHub et
on sentait que nous pouvions créditer les gens encor
prendre leur noms et leur féliciter vraiement
pour nous aider à combattre le cancer.
(Lisa) Ce n'est pas nécessaire être spécialiste en biologie ou informatique.
Nous désirons que les gens soient experts dans ses propre spécialités,
pourtant, on a créé touts les affaires de "aider-désirer"
pour les choses qu'on ne sait pas mais les autres les connaissent
et on désire que notre page GitHub
soit une place où les gens peuvent venir et
contribuer avec ses propre conaissance,
ses propres softwares et efforts.
(Jenny) Je sais bien sûr combien j'apprends
avec le réseau GitHub.
Je prouve plusieurs dépôts pour seulement
vérifier sa nature structurelle.
On ne peut être plus rivaux dans la recherche du cancer,
parce que les gens meurent,
donc on doit travailler ensemble dans les divers centre de cancer,
avec les différentes spécialités
et avec tous les gens des différents expertises.
(Eric) C'est magnifique si ces outils peuvent être employés
dans un étage tant simple que les personnes âgées peuvent l'utiliser,
cet ouvre la science et la recherche du cancer à tout le monde,
c'est une chose réellement stimulante.
(Desert) Je ne sais pas, parfois le cancer sera résolu par un PC.
On désire que les gens nous aident à
faire un outil que bénéficie à tout nous.
(musique)
मुझे ऐसा लगता है जो लोग कैंसर ठीक कर सकते हैं
वह लोग भरपूर खूबियों से भरे होंगे
अगर लोगों के पास प्रोग्रामिंग स्पीड है तो वह उसमें जंप कर सकते हैं
और हम यही चाहते हैं कि सारे लोग एक साथ काम करें
और हमें यह लगता है कि कैंसर को ठीक करने का एक तरीका जरूर है
और सच में यह सब हम ही लोग होंगे
संगीत
दो फ्रेंड पोजीशन कैंसर रिसर्च सेंटर
यह रिसर्च सेंटर सिएटल में कैंसर पर शोध करता है
और हर बार नए समाधान के साथ आता है
और यह हम अपने मरीजों पर इस्तेमाल करते हैं जो बीमारी इंक्यूरेबल है
और हमारा एक ही लक्ष्य है कैंसर बायोलॉजी पर शोध करना
और हां हमारे मरीजों का इलाज करना......
और हम संघ का भी एक हिस्सा है जिसमें अस्पताल भी आता है.
और यहां बहुत सारे शोधकर्ता भी हैं.
अगर हम इतिहास में देखे तो लोग यह जानना चाहते हैं कि
यह कैसे किस प्रकार के होते हैं,
जो हम माइक्रोस्कोप के अंदर देख सकते हैं,
और वह जिस प्रकार दिखता है उसी प्रकार उसका नाम रख दिया जाता है.
और हाल ही में हमारे पास ऐसी काबिलियत है जिससे हम डीएनए,
और एकदम अचानक
और वहां और भी डिजिटल डाटा मौजूद है
जो ट्यूमर को और अच्छी तरीके से डिस्क्राइब करता है
और यह माइक्रोस्कोप की मदद से पता लगा सकते हैं,
पर इसमें अच्छी चीजें भी हैं और बुरी चीज भी.
अगर वह चीज हमें दिक्कत देता है तो
तो वह दूसरों को दिक्कत दे सकती है,
और जब हम सारी जानकारियों को इकट्ठा कर लेते हैं
और उसको हम जॉइंट डेटाबेस में रखते हैं
और हम उसको विजुलाइज करते हैं,
और इससे हम अपनी टीम को एक कर सकते हैं
कि हम समाधान प्राप्त कर सके,
और इसके लिए हमने कुछ उपकरण तैयार किए हैं,
जिससे हम काफी हद तक खुश हैं.
डेजर्ट हॉर्स ग्रैंड ऑन को उसको एक ओपन सोर्स एप्लीकेशन है
जहां हम कैंसर पेशेंट की जानकारियां लेते हैं
और इस जानकारी को हम आराम से देख सकते हैं
एक डॉक्टर और एक साइंटिस्ट को यह समझने के लिए
की पेशेंट की बीमारी में क्या चल रहा है.
यह एक ऐसी जगह जहां कैंसर बायोलॉजिस्ट,
और वह लोग जो कैंसर के ऊपर पढ़ाई कर रहे हैं,
और वही आते हैं शुमार लोग,
र हमें ऐसे टूल की जरूरत है जो दोनों ग्रुप के लिए बोल सके,
और एकदम उसी ही समय
हमें यह सोचना है कि हम उनके साथ मिलकर काम करें.
(जैन जैन) मेरा काम एक प्रयोगशाला से शुरू होता है,
कंप्यूटेशनल के साथ एक गीली प्रयोगशाला ,
जिसका मतलब है इंसानि यीशु को प्रोसेस करना,
इसलिए मैं दोनों तरफ काम करता हूं.
जब टिशु जम जाते हैं तो मैं उनको उठाकर ड्राई आइस में रख देता हूं,
और मैं थर्मल से अपने हाथ को ढक लेता हूं.
और हम बहुत बार डाटा को कंप्यूटर सेंटर्स के तौर पर देखते थे,
पर आपको यह नहीं पता चलता कि डाटा कहां से एक कट्ठा हुआ .
और मेरे पास यह एक मौका है जिससे मैं टिशु देख सकता हूं,
जब हमारे डाटा का कोई मतलब नहीं बनता था,
फिर हम वापस प्रयोग करते थे .
हमारी यही कोशिश रहती है कि हम अच्छी क्वालिटी का डाटा निकालें,
और इसके बहुत फायदे हैं जिससे हम दोनों तरफ काम कर सकते हैं.
(एरिक) मैं इस काम में 20 साल से हूं
मैंने इस बीमारी के बारे में बहुत सारी चीजें सीखी है पर मेरा मकसद शोध है,
दिमागी कैंसर,
जो इस विजुलाइजेशन यंत्र से हो सकता है
मैंने अपनी पिछले सालों के अनुभवों से बहुत कुछ सीखा है,
क्योंकि मैं सिर्फ एक चीज पर ध्यान नहीं दे रहा
की जो जानकारी मैं लेना चाहता हूं वह अधूरी ना हो वह पूरी हो.
अगर आप इन सारे डीएनए को देखें,
तो फिर चलती हुई लाइट को देख रहे हैं जो पूरे रूम में प्रकाशित है,
आप यह सारी चीजें एक बार में देख सकते हैं,
और आप उस चीजों को भी देख सकते हैं जो रिक्वेस्ट कर रही हैं,
पर वहां बहुत सारी ऐसी चीज होती है जो आपको पता नहीं चलेगा
मगर वह आपके सामने ही होगा.
(डेजर्ट) हम चाहते हैं उन्हों स्केप एक खुला शोध
और हमारा मकसद
यह है कि हम सब मिलकर काम करें.
इस साल हमें इस चीज का अनुभव हुआ क्योंकि हमें किसी ने इस बारे में बताया
जिनके पिताजी कोलन कैंसर था,
उनके पास और कोई चारा नहीं था केवल प्रोग्रामिंग के,
और उससे हमें काफी आइडिया मिला
वहां कोडर जो है वह हमारी मदद कर सकते हैं .
और यह बहुत अच्छी चीज होगी github में
और हमें लगा कि हम इससे लोगों को क्रेडिट दे सकते हैं
और हम उनका नाम दिखा कर उत्साह मनाना चाहते हैं
कि उन्होंने हमारे साथ कैंसर से लड़ने की मदद की.
(लीसा) आपको कोई एक्सपर्ट होने की जरूरत नहीं है बायोलॉजी में
हम चाहते हैं लोग अपने ही क्षेत्र में एक्सपोर्ट बने
इसलिए हमने हेल्प वांटेड टास्क बनाया
हम किसी चीज में एक्सपर्ट नहीं हो सकते मगर उसने दूसरे लोग एक्सपर्ट जरूर हो सकते हैं
और यह हम अपनी github में चाहते हैं
वह जगह जहां सब लोग आ सके
और अपना ज्ञान अर्जित कर सके
सारी चीजों का अपना ही काम होता है.
(जनी) हमें पता है कि हमने कितना सीख लिया है
गीत हब कम्युनिटी से.
मैं बहुत सारी रेप उस प्लीज चेक कर रहे थे
और देख रहे थे कि उसको कोड कैसे करें
हम दूसरों से कंपटीशन नहीं कर सकते कैंसर रिसर्च में
क्योंकि इससे लोगों की जान जाती है
इसलिए हमें मिलकर काम करना पड़ेगा दूसरे कैंसर केंद्रों पर
और डिफरेंट फील वालों के साथ
और उन लोगों के साथ भी लोग अपने अपने क्षेत्रों में एक्सपर्ट है.
(एरिक) बहुत उत्साहित समय है कि हमारे पास ऐसा भी यंत्र है
और उस स्तर तक जहां बूढ़ा व्यक्ति भी जान सके इस काम को,
यह सारे दरवाज़े खोल देगा कैसा रिसर्च के लिए,
और यह बहुत अच्छी चीज है.
(डेसर्ट) मुझे नहीं पता कि कंप्यूटर पर कैंसर जैसी बीमारियों का इलाज है
फिर भी लोग हमारे साथ जुड़ रहे हैं इस यंत्र को बनाने में
जो हम सब को फायदा पहुंचा सकता है
संगीत
Menurutku orang yang akan menyembuhkan kanker,
adalah orang yang memiliki kemampuan komputasi.
Jika seseorang memiliki kemampuan pemrograman, dia bisa bergabung dan menjadi bagian dari ini.
Itulah yang kami inginkan, kami ingin semua orang untuk terlibat.
Kami berpendapat bahwa solusi untuk mengatasi kanker
datang dari kita semua.
♪ (musik) ♪
(Eric Holland) Pusat Penelitian Kanker Fred Hutchinson
adalah pusat penelitian di Seattle khusus untuk kanker
dan memunculkan obat baru,
yang dapat kami berikan kepada pasien dengan penyakit yang tak bisa disembuhkan.
(Lisa McFerrin) Tujuan kami adalah untuk menemukan biologis dari kanker,
dan juga menyembuhkan pasien,
jadi kami adalah suatu bagian yang melibatkan rumah sakit,
yang juga melibatkan sejumlah besar peneliti.
(Eric) Secara historis, saat seseorang mencoba memutuskan
suatu jenis kanker
mereka menelitinya dibawah mikroskop
dan apa yang terlihat, mereka akan menamakannya dengan itu.
Tapi baru-baru ini, kami mengurutkan DNA dalam jumlah yang besar
dan kemudian, secara tiba-tiba
ada lebih banyak lagi jenis data digital
yang bisa menggambarkan kanker dengan lebih baik lagi
dibandingkan menggunakan mikroskop,
tapi hal ini bisa menjadi hal baik dan hal buruk.
Masalah timbul karena banyaknya data
untuk setiap orang jumlahnya sangatlah besar.
Dan semua informasi tersebut harus dikumpukan menjadi satu
dalam sebuah basis data raksasa,
lalu dimanipulasi dan divisualisasikan,
agar kami dapat membentuk tim
untuk menyelesaikan masalah
dan kami telah membentuk beberapa sarana/alat,
yang cukup memuaskan.
(Desert Horse-Grant) Oncoscape adalah sebuah aplikasi web terbuka
dimana kami mengambil data seorang penderita kanker
dan dengan mudah memvisualisasikannya
untuk para dokter dan ilmuwan dalam memahami
penyakit yang ada pada pasien dengan baik.
Sekarang ada ahli biologi kanker,
sekelompok orang yang mempelajari kanker,
dan juga ada sekelompok ahli komputasi,
kami membutuhkan sarana untuk melibatkan kedua kelompok
di saat yang bersamaan
agar mereka bisa bekerja sama.
(Jenny Zhang) Pekerjaanku berkaitan dengan simulasi komputer,
bidang komputasi ditambah dengan eksperimen,
yang mana memproses jaringan manusia.
jadi pekerjaan saya berkaitan dengan keduanya.
Jaringan dibekukan, dan tempatkan pada es kering
dan kemudian saya gunakan sarung tangan termal.
Seringkali kami hanya membaca data seperti seorang ilmuwan komputer,
tapi anda tidak tahu bagaimana data itu diperoleh
Dan sekarang saya dapat kesempatan untuk melihat jaringan tersebut,
dan ketika datanya tidak masuk akal,
maka kamu harus lihat lagi spesimennya.
Setiap aspek itu penting untuk menghasilkan kualitas data yang bagus.
Ada begitu banyak keuntungan bisa bekerja pada kedua bidang itu.
(Eric) Saya bekerja di bidang ini selama 20 tahun.
Saya banyak belajar tentang penyakit yang sangat saya minati,
yaitu kanker otak,
hanya dengan menggunakan alat visualisasi ini
untuk semua yang telah saya pelajari selama bertahun-tahun,
karena saya tidak hanya harus melihat
hanya pada bagian yang disinari.
Jika kamu melihat pada seluruh DNA,
sebenarnya kamu seperti menerangi semua bagian ruang.
kamu melihat semuanya, dan kamu melihatnya sekaligus
dan kamu melihat sesuatu yang kamu tau ada,
tetapi kemudian ada juga hal lain yang kamu tidak tau kemudian kamu temukan
tetapi hal tersebut ada tepat di depan matamu
(Desert) Jadi, kami ingin Oncoscape menjadi sumber terbuka,
adalah tujuan kita,
dan tujuan kita sejak awal adalah tentang kolaborasi
Tahun ini kami mendapatkan ide karena seseorang menghubungi kami
yang ayahnya menderita kanker paru-paru,
dia hampir tidak punya jalan untuk membantu, kecuali dengan pemograman.
dan itu memberikan kami ide
bahwa kode komputer dapat membantu kami.
Sehingga, kami merasa bahwa ini dapat menjadi luar biasa untuk ditampilkan di GitHub.
dan kami merasa masih dapat memberi penghargaan kepada orang-orang
dan menggunakan nama mereka dan merayakan bersama mereka
untuk menolong kami dalam melawan kanker
(Lisa) Kamu tidak harus seorang ahli dalam biologi atau biologi komputasi.
Kami ingin semua orang dapat menjadi ahli di bidangnya,
dan kami telah menciptakan semua daftar pertolongan
untuk hal-hal yang tidak kami kuasai, tetapi mungkin kamu kuasai,
dan kami ingin reositori kami
menjadi wadah banyak orang untuk dapat datang
dan berkontribusi menggunakan ilmunya,
perangkat lunak, dan semangat mereka.
(Jenny) Seberapa jauh yang saya pelajari sampai saat ini
dari komunitas GitHub,
Saya telah memeriksa banyak repositori
hanya melihat bagaimana mereka membuat kode.
Kita tidak dapat bekerja sebagai saingan dalam meneliti kanker,
karena sudah banyak orang yang meninggal
jadi kami sangat ingin bekerja sama dengan berbagai instansi pusat kanker,
dengan bidang yang berbeda,
dengan semua orang dari keahlian yang berbeda
(Eric) Ini menjadi waktu yang menyenangkan jika sarana tersebut dapat dibawa
ke tingkatan orang yang berpengalaman dalam bidang ini, dan kamu tahu
ini sangat membukakan sains dan ilmuwan kanker ke semua orang.
benar-benar sangat menarik.
(Desert) Saya tidak tahu, maksudku, kanker dapat diatasi dengan komputer.
Kami ingin orang-orang bergabung dengan kami membuat alat
yang benar-benar dapat dimanfaatkan oleh kita semua.
♪ (musik) ♪
Credo che a sconfiggere il cancro
saranno i tecnici e gli informatici.
Se sei un bravo programmatore, puoi entrare a far parte della squadra.
È quello che vogliamo, vogliamo coinvolgere tutti.
Pensiamo davvero che l'unico modo di sconfiggere il cancro
sia la collaborazione di tutti noi.
(musica)
(Eric Holland) L'Istituto di ricerca Fred Hutchinson
si trova a Seattle ed è specializzato nello studio del cancro,
oltre che nell'elaborazione di nuove cure
dedicate ai pazienti che sono vittime di malattie incurabili.
(Lisa McFerrin) Il nostro scopo è studiare la biologia del cancro,
ma anche curare i pazienti.
Facciamo parte di un consorzio che comprende gli ospedali,
ma anche un gran numero di ricercatori.
(Eric) In passato, quando i medici cercavano di stabilire
con che tipo di cancro avessero a che fare,
erano soliti utilizzare un microscopio e,
in base a quello che riscontravano, gli davano un nome.
Di recente invece, siamo riusciti a sequenziare moltissimi frammenti di DNA
e così ci siamo ritrovati
con un enorme ammasso di dati digitali da analizzare
che descrivono il tumore in maniera molto più precisa
di un semplice microscopio.
Questa è una notizia sia bella che brutta
poiché la quantità di dati che una singola persona dovrebbe analizzare
è a dir poco enorme.
Tutte le informazioni vengono raccolte
in un database gigantesco,
per poi essere analizzate con cura.
Siamo quindi riusciti a mettere insieme una squadra
per risolvere il problema
e abbiamo creato alcuni strumenti
di cui andiamo molto fieri.
(Desert Horse-Grant) Oncoscape è un'applicazione web
che usiamo per raccogliere dati sui pazienti malati di cancro,
Questa semplice interfaccia permette
a dottori e scienziati di capire
come si evolve la malattia.
Al momento nel settore operano sia esperti biologi,
ovvero le persone che fanno ricerca sul cancro,
sia tecnici informatici,
quindi abbiamo bisogno di uno strumento che sia comprensibile
per entrambi, in modo che
possano lavorare insieme con facilità.
(Jenny Zhang) Mi occupo di analisi tecniche a secco,
ma lavoro anche nel laboratorio umido,
in cui tratto i tessuti umani,
quindi lavoro su entrambi i fronti.
Il tessuto è congelato, lo metto sul ghiaccio secco
e poi indosso il guanto termico.
Il più delle volte analizziamo i dati da un punto di vista informatico,
ma non sappiamo davvero come sono stati generati.
Ora ho l'opportunità di vedere e toccare il tessuto,
e quando i dati sembrano non avere senso,
posso dare un'altra occhiata ai campioni.
Ogni elemento contribuisce alla raccolta dati.
Poter lavorare in entrambi i fronti ha molti vantaggi.
(Eric) Beh, lavoro in questo campo da 20 anni.
Ho imparato molto più sui tumori al cervello,
malattia che mi interessava particolarmente,
con questo strumento di visualizzazione
di quanto non avessi imparato precedentemente
perchè non osservo solo
ciò che è ovvio.
Osservare tutto il DNA
è come accendere le luci in una stanza,
vedi tutto e lo vedi insieme
e puoi vedere sia le cose di cui conoscevi l´esistenza
sia tutto il resto che non ti aspettavi di vedere
che è lì davanti ai tuoi occhi.
(Desert) Volevamo che Oncosape fosse una fonte a disposizione di tutti,
perche il nostro intento
sin dall´inizio era di poter collaborare.
Quest´anno un´idea è nata quando qualcuno ci ha contattati
dicendo che suo padre aveva il cancro ai polmoni,
ma non sapeva come contribuire avendo solo esperienza di programmatore
e ciò ci ha fatto pensare
che i programmatori potrebbero davvero contribuire al nostro lavoro.
Cosí abbiamo pensato che questa sarebbe stata un´ottima aggiunta per GitHub,
siamo felici di dare credito a chi ci aiuta,
usando i loro nomi e celebrandone il lavoro
fatto insieme a noi nella lotta contro il cancro.
(Lisa) Non si tratta solo di essere esperti in biologia o biologia computazionale
Si tratta di permettere a tutti di eccellere nel proprio campo,
cosi abbiamo creato lo spazio "aiutaci"
in materie sulle quali noi non siamo preparati
col desiderio di trasformare GitHub
in una piattaforma a cui la gente può accedere
mettendo a disposizion la propria conoscenza,
i propri software e i propri sforzi.
(Jenny) Ho imparato tantissimo dalla community di GitHub.
Accedendo ai contributi
e semplicemente osservando come altri codificano.
Nella ricerca sul cancro non c'è più posto per la competizione,
perché la gente sta morendo.
Quindi i vari centri devono cooperare
con i vari settori,
e con i professionisti dei vari campi.
(Eric) Sarebbe fantastico se questi strumenti
fossero accessibili a chiunque
mettendo la scienza e la ricerca sul cancro alla portata di tutti,
sarebbe davvero fantastico!
(Desert) Il cancro verrà sconfitto al computer.
Vogliamo invitare tutti ad aiutarci a creare uno strumento
di cui tutti potremo beneficiare.
♪ (musica) ♪
がんを治療できる人は―
コンピュータの知識がある人になるでしょう
プログラミングの技能があったら 協力してもらうことができます
皆さんに参加してほしいと 私たちは思っています
がんの治療法を解明するには
すべての人の力が必要になります
Fred Hutchinson がん研究センターは
シアトルにあり がんの研究に特化しています
新たな治療薬を開発し
不治の病と思われていた病気を患った 人のために使います
私たちの目的はがん生物学を 研究することと―
患者の治療です
病院を含む企業体の一部ですが
多くの研究者たちも抱えています
従来ではがんの種類を 特定しようとした場合
顕微鏡をのぞきました
その見え方によって 名前を付けていたのです
最近では大量の DNA を順番に並べる 技術ができたので
それに伴って突然に
デジタルデータの情報が増えました
それにより 顕微鏡より分かりやすく 腫瘍を完全に記述できるようになりました
これには良い面と悪い面が
１人から得るデータが 膨大なものになるという―
問題を引きおこします
そしてその情報は 巨大なデータベースにまとめて―
操作して視覚化する必要があります
この問題に立ち向かうため チームを立ち上げました
そして満足のいくツールを 作り出すことができました
Oncoscape はオープンソースの ウェブアプリケーションで
がん患者の情報から 簡単に視覚化することで
医者や科学者が 病気の進行を 理解するために役立ちます
現在はがん生物学という分野があります
がんを研究する人たちです
そしてコンピュータ分野がありますので
両分野の人たちと対話できる ツールが必要です
それと同時に
どの様に協力しあえるか
仕事にはドライラボがあります
コンピュータの使用に加えて ウェットラボもあり
人体細胞を扱いますので
両側面の仕事があります
細胞は凍結しているので ドライアイスに入れます
耐熱グローブに変えます
大抵はコンピュータ科学者の様に データだけを見ていますが
データがどの様に作られたかは 知りません
私は細胞を観察する機会があるので
データが意味をなさなければ
試料を見直すことができます
質の良いデータを作るには すべての要素が関連します
両側面から働けることは 多くの利点があると思います
この分野に 20 年関わっています
この視覚ツールのおかげで 特に興味のある脳腫瘍について
今まで時間をかけて理解してきたことに比べて
より多くを学ぶことができました
なぜかというと
照らされた１つの道筋だけを 見ているわけではないからです
すべての DNA を見てみると
まるで部屋の明かりをつけたように
すべてが見えるのです 一目で見られます
存在すると知っていたことも
探すべきことすら知らなかったものが
目の前に現れるのです
Oncoscape はオープンソースに したいと思っていました
私たちの当初からの目的は
協力することにあったからです
今年 肺がんを患った父親がいるという 人から連絡がありました
何か協力したいが プログラミングしか知らないと
そこでアイディアがひらめきました
プログラマーの力を借りるべきだと
GitHub に載せるのが一番だと
協力者を賞賛することもできますし
名前も公表して 感謝もできます
がんとの戦いに協力してくれたことを
生物学や計算生物学の 専門家である必要はありません
個々の分野の専門家に なってもらいたいのです
私たちの専門ではなく どこかの誰かが専門にしていることの―
求人の依頼を掲載しました
私たちの GitHub リポジトリを―
知識やソフトウェア 努力の成果を 提供できる場所にしたかったのです
GitHub のコミュニティーから 学んだことはとても大きいです
たくさんのリポジトリを 欠かさず見ています
どのようにコードを作るのか
がん研究において 競争している場合ではないのです
患者は亡くなっています
他のがんセンターとも協力して 働く必要があります
異なる分野も
他の専門を持った人たちとも
年をとった人でも使えるレベルまで このツールが開発されたら
とても興味深い経験になります
科学とがん研究が すべての人に開かれるわけで
実に面白くなりますよ
コンピュータが がんを解明するかもしれません
すべての人の役に立つツールを作るため みなさんに参加してほしいと思います
저는 암을 치유할 사람들은
컴퓨터를 잘 다루는 사람들이 될 거라고 생각해요.
프로그래밍을 할 줄 아는 사람이 있다면, 이 프로젝트에 뛰어들어 일원이 될 수 있어요.
그리고 그게 우리가 원하는 겁니다. 우리는 모두가 관여하길 바랍니다.
우리는 정말로 암의 비밀을 여는 열쇠가
우리 모두로부터 올 것이라 생각합니다.
♪ (음악) ♪
(에릭 홀란드) 프레드 허친슨 암 연구 센터는
시애틀에 있는 연구센터로서, 암을 전문적으로 연구하고
불치병환자들에게 적용할 수 있는
새로운 치료법들을 개발하는 곳입니다.
(리사 맥퍼린) 우리의 목표는 암생물학을 연구하는 것뿐만 아니라
환자들을 치료하는 것 두 가지 다입니다.
그렇기 때문에 우리는 컨소시엄의 일부로서 병원뿐만 아니라
또한 많은 연구진들과 함께합니다.
(에릭) 역사적으로, 사람들은 어떤 종류의 암인지
진단하려고 할 때,
그들은 현미경 아래를 들여다봤습니다.
그리고 그들이 보는 것들에 기반해서, 그것들을 명명하곤 했죠.
그러나 최근들어, 우리는 엄청난 양의 DNA를 배열할 수 있는 능력을 갖게 되었습니다.
그래서 갑자기 그저 현미경으로 바라보는 방식보다
훨씬 더 나은 방법으로
종양을 완전히 분석하는
더 많은 디지털 데이타가 생겼습니다.
그러나 이것에는 좋은 측면과 나쁜 측면이 둘 다 있습니다.
어떤 사람에게라도 그 정도의 데이터는
막대한 양이라는 게 문제입니다.
그리고 그 모든 정보들을
어떤 거대한 데이터베이스에 모은 후
조작하고 시각화할 수 있어야 합니다.
우리는 이 문제를 함께 해결할
팀을 구성할 할 수 있었고
꽤 만족스러운
여러 도구들을 만들어 냈습니다.
(데저트 호스-그랜트) 온코스케이프는 오픈소스 웹 어플리케이션입니다.
환자의 정보를 뽑아
쉽게 시각화 할 수 있죠.
의사와 과학자들이 그 환자의 병이
어떤지를 이해할 수 있게요.
이 분야들에는 지금, 암 생물학자들이 있는데
그들은 암을 연구합니다.
또 컴퓨터를 다루는 사람들이 있어요.
우리는 정말 양쪽 사람들과 의사소통할 수 있는
동시에 그들이 협동할 수 있게 해주는
도구를 원했습니다.
(제니 장) 제 일은 드라이 랩, 컴퓨터 일과
더불어 웻 랩,
즉 인간 세포를 다루는 일을 포함합니다.
저는 두 가지 일을 하는 셈이죠.
세포가 얼면, 드라이 아이스에 넣습니다.
그리고 나서 보온장갑을 껴요.
대부분의 사람들은 데이터를 컴퓨터 과학자들의 일로 치부합니다.
그렇지만 어떻게 데이터가 생성됬는지 모릅니다.
제겐 세포들을 관찰할 수 있는 기회가 있습니다.
데이터가 말이 안될 때에는
샘플을 확인합니다.
좋은 데이터를 생성하기 위해서는 모든 측면이 중요합니다.
양쪽에서 일할 수 있는게 큰 장점이 되죠.
(에릭) 보자, 저는 이 분야에 20년간 있었습니다.
제가 특히 관심을 갖는 질병에 대해서 더 많이 알게 되었는데,
바로 뇌종양입니다.
시각화 도구만 가지고
이전의 여러 해에 걸친 연구에서보다도 더 많은 것들을 배웠습니다.
왜냐하면 신호등만 볼 필요가 없으니까요.
그것만 빛나죠.
모든 DNA를 보면,
이건 마치 방 전체를 환히 밝히는 것 과 같습니다.
모든 것을 보죠. 전부를 한 번에 봅니다.
존재한다는 걸 알고 있는 것들을 볼 수 있습니다.
그러나 심지어 어떻게 봐야 할지 몰랐던 다른 것들도 있죠.
그러나 그것들이 바로 눈앞에 있습니다.
(데저트) 그래서, 우리는 온스케이프가 오픈소스가 되길 바랐어요.
왜냐면 우리의 목표가,
처음부터 우리의 목표는 정말 협업에 관한 것이었으니까요.
올해 이 아이디어를 생각해냈는데, 아버지가 폐암에 걸린 사람이
우리에게 연락을 한 덕분이었습니다.
그에게는 우리를 도울 방법이 프로그래밍밖에 없었어요.
그게 우리에게 정말 이 아이디어를 떠올리게 해줬죠.
우리를 도울 수 있는 프로그래머들이 저 밖에 있다는 생각이요.
그래서 깃헙에 올리는 게 좋겠다 생각했습니다.
이렇게 함으로써 사람들에게 신뢰를 주고
그들의 이름을 사용하고 암을 정복하는 싸움에
우리를 도와준 공로를 인정할 수 있을거라 느꼈습니다.
(리사) 당신이 생물학이나 컴퓨터 생명학 분야의 전문가일 필요는 없습니다.
우리는 여러분이 각자의 영역에서 전문가가 될 수 있기를 바랍니다.
그래서 이 여러 "도움이 필요한" 업무들을 만들었어요.
우리가 잘 모르는, 아마 여러분이
전문가일 수 있는 것들에 대해서요.
우리 깃헙 저장소가 사람들이 와서
자신들의 지식으로, 소프트웨어와 노력으로
기여할 수 있는 곳이길 바랍니다.
(제니) 저는 이때까지 얼마나 많은 것들을
깃헙 커뮤니티로부터 배웠는지 압니다.
많은 저장소들을 확인해 왔어요.
어떻게 코딩하는지를 보기만 하면서요.
암연구 분야에서는 더이상 경쟁자로서 일할 수 없습니다.
사람들은 죽으니까요.
우리는 정말 다른 암 센터들과,
다른 영역에서, 다양한 전문기술을 가진
사람들과 일해야 합니다.
(에릭) 정말 흥미진진한 시대입니다. 이 도구들이 정말 어떤 나이든 사람도
다룰 수 있는 수준이 된다면,
과학이나 암연구를 모두에게 활짝 열어주는 격이 되는 겁니다.
이건 정말로 신나는 일이죠.
(데저트) 어떻게 말할까요, 제 말은, 암은 컴퓨터에 의해 해결될 겁니다.
사람들이 와서 모두에게 혜택이 되는 도구를
만드는 데 함께 하길 바랍니다.
♪ (music) ♪
Хавдарыг анагаах гэж байгаа хүмүүс
компьютэр мэдлэгтэй байх учиртай гэж боддог.
Хэрвээ хүмүүс програмчлалын мэдлэгтэй бол тэд ирээд оролцож болно
Бид бүх хүмүүсийг хамруулахыг хүсдэг.
Хавдарыг оношлох шийдэл бол
бид бүгдээс л шалтгаална гэж боддог.
хѳгжим
(Эрик Холанд) Д Фрэд Хатчинсон Хавдар Судлалын
Тѳв, Сиатл хотод байдаг хавдарыг танихад мэргэшсэн судлалын тѳв.
хавдар анагаах шинэ эмчилгээ гарган
эмчлэгдэхгүй ѳвчтэй, ѳвчтѳнд хэрэглэж болно.
(Лиза МкФэрин) Бидний зорилго бол хавдрын биологийг судлах,
мѳн ѳвчтѳнг эмчлэх,
бид эмнэлгүүдийн консэрциумын нэг хэсэг
бас олон тооны судлаачдыг хамруулдаг.
Эрик, Түүхээр бол хүмүүс хавдрыг ямар тѳрѳлтэй
гэдгийг шийдэхдээ
микроскопоор харж
ямар харагдаж байгаагаар нь нэр ѳгдѳг байсан.
Харин бид одоо их хэмжээний ДНАг хэсэгчлэх чадвартай болсон
харин гэнэт
маш их дижитал дата
илүү сайн аргаар хавдрыг илчлэн
микроскопоос илүү
харин энэ нь сайн ч бас муу ч талтай.
Аль ч ѳвчтѳнд зориулагдсан ѳгѳгдѳл их хэмжээний
дата маш их тул асуудал гарч болно.
Энэ их хэмжээний мэдээлэл нэг том мэдээллийн санд нэг
газар овоорох ёстой,
дараа нь үүнийг ашиглан ажиглан харах
тиймээс баг бүрдүүлэн
энэ асуудлыг цэгцлэн
биднийг баярлуулсан
хэрэгсэл бүтээсэн.
дэсэрт хорс грант Онкоскэйп бол нээлттэй вэб аппликэшн
бид тэнд хавдартай ѳвчтѳний мэдээлэл хадгалан
эмч, судлаачдад ойлгомжтой
болгохын тулд ѳвчтѳний ѳвчлѳлд юу болж
байгааг амархан ажиглан харах аппликэшн.
Салбарт одоогоор, хавдрын биологич нар байдаг,
тиймээс хавдар судалж байгаа хүмүүс
мѳн компьютэрийн мэдлэгтэй хүмүүс
мѳн энэ хүмүүст зориулсан
нэг ижил цагт, ажиллах
хамт ажиллах хэрэгсэл бидэнд хэрэгтэй байна.
Жэнни Жан Миний ажил бол хуурай лаборатор
компьютэрийн хэсэг, бас хүний эд эстэй ажиллах
чийгтэй лаборатор гэх
мэт тиймээс би хоёуланд нь ажилладаг.
Эд эс хѳргѳн, би үүнийг нь хуурай мѳсѳн дээр тавина,
тэгээд халууны бээлийгээ солин ѳмсдѳг.
Маш олон удаа бид зѳвхѳн дата хардаг, компьютэрийн мэргэжилтэн шиг
харин дата хэрхэн боловсруулагддагийг мэдэхгүй.
Гэвч эд эсийг харах боломж надад байна
харин дата ямар нэгэн утгагүй байвал
буцаад туршилт руугаа ордог.
Бүх зүйл сайн дата боловсруулахад хамаатай
Хоёуланд нь ажиллаж сурахад их давуу талтай.
Эрик, Би энэ салбарт 20 жил болж байна.
Би сонирхож байсан ѳвчний талаар илүү судалсан
энэ бол тархины хавдар
ѳмнѳх олон жилүүдэд
ажиглалтын хэрэгслийг ашиглан судалсан.
Eu penso que as pessoas que vão curar o cancro
vão ser as pessoas que tem conhecimentos computacionais.
Se as pessoas tiverem conhecimentos de programação, eles podem juntar-se e fazer parte disto.
E é isso que nós queremos, ter toda a gente a participar.
Nós pensamos que realmente é a solução para desvendar o cancro,
vai ser realmente de todos nós.
♪ ♪
(Eric Holland) O Centro de Pesquisa de Cancro The Fred Hutchinson
é um centro de investigação em Seatle, que se especializa na compreensão do cancro
e apresentar novas curas,
e que nós podemos utilizar em doentes com doenças que são incuráveis.
(Lisa McFerrin) O nosso objetivo é que ambas investiguem a biologia do cancro,
mas também tratar doentes,
e assim, nós somos parte de um consórcio que inclui hospitais,
mas também inclui um grande número de investigações.
(Eric) Historicamente, quando as pessoas estavam a tentar decidir
que tipo de cancro era,
eles observariam ao microscópio,
e devido ao modo que as coisas pareciam, eles davam-lhe um nome.
Mas recentemente, nós temos tido a capacidade para sequenciar um grande número de DNA,
e assim, subitamente
existe um conjunto de muitos mais dados digitais
que descrevem completamente um tumor num modo muito melhor
do que simplesmente o modo de um microscópio,
mas isto é uma coisa boa e uma coisa má.
Isto coloca um problema em que a quantidade de dados
para qualquer pessoa, é enorme.
E toda essa informação tem de ser compilada
em algumas bases de dados gigantes,
e depois manipulada e visualizada,
e assim, nós conseguimos reunir uma equipa
para atacar este problema,
e nós criamos algumas dessas ferramentas,
e que nós estamos bastante satisfeitos com elas.
(Desert Horse-Grant) Oncoscape é uma aplicação da Web de código aberto
onde nós registamos a informação do doente
e nós facilmente a visualizamos
para os doutores e cientistas compreenderem
o que se passa com a doença do paciente.
De momento, na área, existem biologistas de cancro,
e assim, as pessoas que estudam o cancro,
e depois existem as pessoas computacionais,
e por isso nós queríamos uma ferramenta que realmente pudesse exprimir ambos os grupos,
e depois ao mesmo tempo
apenas como nós podemos fazer com que eles trabalhem em conjunto.
(Jenny Zhang) O meu trabalho inclui o laboratório "dry",
lado computacional, mais o laboratório "wet"
o que significa, o processamento de tecidos humano,
deste modo, eu trabalho em ambos os lados.
De modo que o tecido é congelado, eu irei apenas colocá-la em gelo seco,
e depois mudo para a minha luva termal.
Muitas das vezes, nós só olhamos para os dados como um cientista de computador,
mas tu não sabes como é que os dados foram gerados.
E eu tenho a oportunidade de observar o tecido,
e quando os dados não fazem sentido,
então, tu voltas ao espécime.
Cada aspeto é importante para gerar uma boa qualidade de dados.
Há muitas vantagens em poder trabalhar em ambos os lados.
(Eric) Bem, eu tenho estado neste campo há 20 anos.
Eu aprendi muito sobre a doença que eu estou particularmente interessado,
que é o cancro cerebral,
com simplesmente esta ferramenta de visualização
para tudo o que eu aprendi, sobre muito dos anos anteriores,
porque eu não estou necessariamente a olhar
apenas, para o que a luz da rua, você sabe, é iluminar.
Se olhar para todo o DNA,
está atualmente, é como ligar as luzes em toda a sala,
vê tudo, e vê tudo de uma vez só,
e pode ver as coisas que sabe que existem,
mas depois existem todas estas coisas que não sabe sequer o que procurar
mas que estão lá, à sua frente.
(Desert) Assim, nós quisemos que Oncoscape fosse em código aberto,
porque o nosso objetivo,
e o nosso objetivo desde o início, tem sido realmente sobre a colaboração.
Este ano nós tivemos esta ideia porque alguém nos contactou
cujo pai tinha cancro de pulmão,
mas ele realmente não tinha uma maneira de como ajudar, exceto, programação,
e realmente deu-nos esta ideia
que os codificadores que por aí andam, poderiam nos ajudar.
E por isso, nós pensamos que isto seria uma grande coisa, em colocar no GitHib,
e nós pensamos em como é que poderíamos dar crédito às pessoas
e utilizar os nomes deles e realmente agradecer aos mesmos
por nos ajudarem nesta luta contra o cancro.
(Lisa) Você não tem de ser um especialista em biologia ou em biologia computacional.
Nós queremos que as pessoas sejam um especialista no seu próprio campo,
e por isso, nós criamos todas estas tarefas de "precisa-se de ajuda"
nas coisas em que nós não somos especialistas, que você poderia ser um especialista,
e nós queremos que o nosso repositório no GitHub
seja o local onde as pessoas podem vir
e contribuir com o seu próprio conhecimento,
o seu próprio software, e o seu próprio esforço.
(Jenny) Eu sei apenas de longe, o quanto eu tenho aprendido
a partir da comunidade do GitHub.
Eu tenho estado a consultar muitos repositórios
olhando apenas para como eles escrevem o código.
Nós já não podemos trabalhar com os competidores na pesquisa do cancro,
porque as pessoas morrem,
por isso, nós realmente precisamos de trabalhar juntos com diferentes centros de cancro,
com diferentes campos,
com pessoas de todas as diferentes especialidades.
(Eric) É uma momento muito emocionante, se estas ferramentas pudessem ser realmente trazidas
para o nível em que apenas uma pessoa idosa pudesse fazer isto, e você sabe,
isto realmente abre a ciência e a investigação do cancro para toda a gente,
o que é atualmente muito emocionante.
(Desert) Eu não sei, eu quero dizer, o cancro irá ser resolvido em um computador.
Nós queremos que as pessoas se juntem a nós na criação de uma ferramenta
que realmente todos nós pudéssemos beneficiar.
Acho que as pessoas quem vão curar o câncer
vão ser as pessoas quem tem conhecimentos computacionais.
Se eles tem conhecimentos de programação, podem juntar-se e fazer parte disto.
E é isso que nós queremos, ter toda a gente a participar.
Nós pensamos que a solução para destravar o câncer
realmente vai ser de todos nós.
♪ (música) ♪
(Eric Holland) O Fred Hutchinson Centro de Pesquisa de Câncer
é um centro de investigação em Seattle,
que especializa-se na presquisa do câncer,
e descobrindo novas curas,
e que podemos utilizar em pacientes com doenças que são incuráveis.
(Lisa McFerrin) Nosso objetivo é que ambas pesquisar a biologia do câncer,
mas também, tratar os doentes,
então, somos parte de um consórcio que inclui hospitais,
mas que também inclui um grande número de pesquisadores.
(Eric) Historicamente, quando as pessoas estavam tentando decidir
um tipo de câncer,
olharem sob um microscópio,
e devido à forma da aparência, dariam um nome.
Mas recentemente, tivemos a capacidade de sequenciar grandes quantidades de DNA,
então, de repente há muito mais tipos de dados digitais
que descrevem completamente um tumor de uma forma muito melhor
do que simplesmente a usando um microscópio,
mas isso é uma coisa boa e também ruim.
Representa um problema em que a quantidade de dados
para qualquer pessoa é enorme.
E todas essas informações tem que ser compilado juntos
em um banco de dados gigante,
e depois manipulada e visualizada,
e então conseguimos juntar um grupo
para atacar este problema,
e nós construímos algumas dessas ferramentas,
com qual estamos muito felizes.
(Desert Horse-Grant) Oncoscape é um aplicativo da Web de código aberto
onde tomamos informações de um paciente com câncer
e podemos facilmente visualizá-lo
para os médicos e cientistas compreender
o que está acontecendo na doença do paciente.
Agora, nos campos há biólogos de câncer,
então as pessoas que estão estudando o câncer,
e também há as pessoas computacionais,
e então queríamos uma ferramenta que poderia falar com ambos os grupos,
e então, naquela mesmo tempo
como é que podemos fazê-los trabalhar juntos.
(Jenny Zhang) Meu trabalho inclui laboratório seco,
lado computacional mais o laboratório molhado,
o que significa processamento de tecidos humanos,
então eu trabalho em ambos os lados.
Então o tecido é congelado, eu só vou colocá-lo no gelo seco,
e depois mudar para minha luva térmica.
Muitas vezes como cientista da computação olhamos somente a dados
Mas você não sabe como os dados foram gerados.
E eu tenho esta oportunidade para olhar ao tecido,
e quando os dados não fazem sentido,
então você voltar ao modelo.
Todos os aspectos são importante para gerar dados de boa qualidade.
Há muitas vantagens para trabalhar em ambos os lados.
(Eric) Bem, eu estive neste campo há 20 anos.
Eu aprendi mais sobre a doença em que estou particularmente interessado,
que é o câncer de cérebro,
simplesmente com esta ferramenta de visualização
comparado com tudo o que aprendi durante muitos dos anos anteriores,
porque não estou necessariamente vendo
apenas tudo que a luz de rua, é esclarecedor.
Se você olhar para todo o DNA,
na verdade, é como ligar as luzes do quarto inteiro,
dá para ver tudo, e você vê isso tudo de uma vez,
e você pode ver as coisas que você sabe que existe,
mas depois há todas essas outras coisas que nem sabia que deve procurar
mas está bem na sua frente.
(Desert) Então, queríamos Oncoscape para ser aberto ao público,
porque nosso objetivo desde o início
foi muito sobre colaboração.
Este ano tivemos esta ideia porque alguém nos contatou
cujo pai tinha câncer de pulmão,
mas ele não tinha uma maneira de ajudar com exceção de programação,
e realmente nos deu esta ideia
que codificadores lá fora poderia nos ajudar.
E então, achamos que isto seria uma grande coisa para colocar no GitHub,
e sentimos que poderíamos ainda dar crédito a pessoas
e usar seus nomes e realmente celebrá-los
nos ajudar nesta luta contra o câncer.
(Lisa) Não precisa ser um especialista em biologia ou biologia computacional.
Queremos permitir que as pessoas ser especialistas em seus próprios campos,
e então, nós criamos todas estas tarefas "ajuda"
sobre coisas em que nós não somos especialistas
mas em que você seja um especialista,
e nós queremos nosso repositório GitHub
para ser um lugar onde as pessoas podem vir
e contribuir com seus próprios conhecimentos,
seu próprio software e seus próprios esforços.
(Jenny) Eu só sei de longe quanto eu aprendi
da Comunidade GitHub.
Estive verificando um monte dos repositórios
só olhando como é que eles codificam.
Não mais podemos trabalhar como concorrentes na pesquisa do câncer,
porque as pessoas morrem,
então precisamos trabalhar juntos com centros de câncer diferentes,
com diferentes campos,
com pessoas de diferentes conhecimentos.
(Eric) É um momento muito emocionante se essas ferramentas podem ser trazidos
ao nível que qualquer pessoa velha pode fazer isso, e você sabe,
realmente abre-se a ciência e pesquisa do câncer para toda a gente,
do qual é muito emocionante.
(Desert) Não sei, quero dizer que câncer será resolvido em um computador.
Queremos que as pessoas se juntar a nós em fazer uma ferramenta
que todos nós podem beneficiar.
♪(música) ♪
Я считаю, что люди, которые собираются лечить рак,
должны быть с вычислительными навыками
Они могут быть частью этого,если имеют навыки программирования.
И это то, что мы хотим: вовлечь каждого
Мы действительно думаем, решение проблемы излечить рак
будет зависеть от всех нас
♪ (музыка) ♪
(Эрик Холланд)Фред Хатчинсон Исследовательский центр рака
это исследовательский центр в Сиэтле, специализирующийся на изучении рака
создавая новые методы лечения
которые мы применяем на пациентах с неизлечимыми болезнями
(Лиза Макферрин)Наша цель: исследование биологии рака
но также лечение пациентов
мы часть консорциума, который включает больницы,
но и также включает болшое количесство исследователей
(Эрик) Исторически, когда народ пытался решить
какой был тип рака,
они смотрели под микроскопом
так как выглядело, и давали этому имя.
В последнее время, мы имели способность упорядочить огромное количество ДНК
и так, все внезапно
теперь намного больше видов цифровых данных,
которые полностью описывают опухоль намного лучше,
чем просто под микроскопом
но оба имеют хорошую сторону и плохую.
Это создает проблему в том, что объем данных
для любого данного человека огромен.
Вся эта информация должна быть собрана вместе
в какую-то огромную базу данных,
манипулировали и визуализировали,
и так мы были способны собрать команду
атаковать эту проблему
мы создали некоторые из этих инструментов
и мы очень довольны.
(Desert Horse-Grant) Oncoscape- это веб приложение с исходным кодом
где мы брали информацию пациента, имеющим рак
и легко визуализировали
для понимания врачей и ученых
что происходит с болезнью пациента.
Сейчас есть биологи рака,
люди, которые изучают рак,
и есть вычислительные люди,
мы хотим инструмент, который будет говорить с обеими группами,
и в то же время
как мы заставим работать их вместе.
(Дженни Чжан) Моя работа: сухая лаборатория,
вычислительная сторона плюс влажная лаборатория,
что означает обработку тканей человека,
поэтому я работаю с обеих сторон.
Ткани заморожены, Я положу их на сухой лед,
затем переключусь на мою тепловую перчатку.
Мы наблюдаем данные, как специалист в области информатики
но вы не знаете как данные были созданы.
И я имею возможность наблюдать за тканью,
и когда данные не имеют смысла,
возвращаешься к образцу.
Каждый аспект имеет значение, чтобы создать данные хорошего качества.
Есть много преимуществ работать на обеих сторонах.
(Эрик) Я в этой области 20 лет.
Я узнал многое о болезни, что меня особенно интересует,
это рак мозга,
с помощью этого средства визуализации
все, чему я обучился за многие предыдущие годы,
это то,что я не только смотрю
на то,что уличный свет освещает.
Если вы посмотрите на все ДНК,
это как поворот огней на всю комнату,
вы видите все, и вы видите все сразу,
и вы можете видеть вещи, которые вы знаете
но тогда есть все это прочее что вы даже не знали, что искать
и он сидит прямо перед вами.
(Desert) Мы хотели Oncoscape с открытым исходным кодом,
это наша цель,
и наша цель с самого начала сотрудничество.
В этом году появилась идея, так как человек связался с нами
у отца, которого был рак легких,
он мог помочь только программированием
и это действительно дало нам эту идею
что кодеры там могут действительно помочь нам.
И так, мы подумали, что это отличная идея выставить на GidHub
и мы чувствовали, что можем отдать должное людям
и использовать их имя и праздновать
за то, что помогли нам в этой борьбе против рака.
(Лиза)Вы не должны быть экспертом биологии или вычислительной биологии.
Мы хотим позволить людям быть экспертом в их собственной области,
и так, мы создали все эти "помогающие задачи"
на вещи, в которых мы не эксперты, но могли быть
и мы хотим, чтобы наш репозиторий GitHub
был местом, где люди могут прийти
и внести свои собственные знания,
программным обеспечением и их усилиями.
(Дженни) Я точно знаю, сколькому я учусь
от сообщества GitHub.
Я проверял много репозиториев
просто глядя, как они кодируются.
Мы не можем более работать, как конкуренты в исследованиях рака
потому что люди умирают,
необходимо работать вместе с различными раковыми центрами,
в различных областях,
с людьми различных профессий
(Эрик) Это очень захватывающее время, если эти инструменты действительно будут
на уровне,который освоит любой пожилой человек
это действительно открывает науку и исследования рака всем,
что действительно захватывающе.
(Desert) Проблема рака будет решена с помощью компьютера
Мы хотим, чтобы люди присоединились к нам в создании инструмента
мы все можем извлечь выгоду.
♪ (музыка) ♪
Jag tror att dom som kommer att bota cancer
kommer att vara folk som har datalogisk kunskap.
Om folk kan programmera, så kan dom vara en del av det här.
Och det är vad vi vill, vi vill att alla ska vara med
Vi tror verkligen att lösningen på cancergåtan
kommer att komma från oss alla.
♪ (musik) ♪
(Eric Holland) Fred Hutchinsons forskningscenter för cancer
är ett forskningcenter i Seattle som specialiserar på att förstå cancer
och ta fram nya botemedel,
som vi kan ge till patienter med sjukdommar som är obotliga.
(Lisa McFerrin) vårt mål är att både forska cancerbiologi,
men även att behandla patienter,
vi är en del av ett konsortium som inkluderar sjukhus,
men det inkluderar även ett stort antal forskare.
(Eric) Historiskt sett när folk försökte fastställa
vilken cancertyp det var,
så kollade dom under ett mikroskop,
och beroende på hur det såg ut, så fick det ett namn.
Men nyligen har vi haft möjligheten att sekvensera stora mängder DNA,
och så, helt plötsligt
finns det en hel del mer digital data
som fullständigt beskriver ett tumör på ett mycket bättre sätt
än vad ett mikroskop kan,
men det här är både en bra och dåligt.
Det blir ett problem i det att mängden av data
för varje person är enorm.
Och all den informationen måste sammanställas
i någon stor databas,
och sedan manipulerad och visualiserad,
och så vi kunde få ett team tillsammans
att attackera problemet,
och vi har byggt några av dessa verktyg,
som vi är rätt så glada med.
(Desert Horse-Grant) Oncoscape är webbapplikation med en öppen källkod
Där vi tar en cancer patients information
och vi visualiserar den
så att läkare och forskare kan lättare förstå
vad som händer i patientens sjukdom.
Just nu så finns det cancerbiologer,
dom som studerar cancer,
och sen är det datalogiska människorna,
så vi ville ha ett verktyg som talar till båda grupperna,
och sen samtidigt
hur kan vi få dom att arbeta tillsammans.
(Jenny Zhang) Mitt arbete inkluderar torrlab,
datalogiska sidan plus våtlab,
vilket innebär bearbetning av mänskliga vävnader
så jag arbetat på båda sidorna
Vävnaden är fryst, jag lägger den bara på torr is,
och sen byter jag till min termiska handske.
Många gånger ser vi bara på datan som datorforskare,
men man vet inte hur datan genererades.
Och jag har möjligheten att inspektera vävnaden,
och när datan inte stämmer,
så går man tillbaka till provet.
Varje aspekt spelar roll för att få fram data med bra kvalitet.
Det finns många fördelar med att kunna arbeta på båda sidorna.
(Eric) Jag har jobbat med det här i 20 år.
Jag har lärt mig mer om sjukdomen som jag är intresserad av,
vilket är hjärncancer,
med det här visualiseringsverktyget
har jag har lärt mig mycket under dom senaste åren,
eftersom jag inte bara tittar
på vad gatubelysningen, du vet, lyser upp
Om man tittar på alla DNA,
det är som att tända lamporna i hela rummet,
man ser allt, och man ser allt samtidigt,
och man kan se det man vet finns,
men sen finns allt det andra, som du inte ens visste fanns
men det finns rakt framför dig
(Desert) Så, vi ville att Oncoscape skulle ha öppen källkod,
eftersom vårt mål,
och vårt mål från början har verkligen varit om samarbete.
I år fick vi den här idén när någon kontaktade oss
vars far hade lungcancer.
men han hade inte riktigt ett sätt att hjälpa med undantag för programmering,
och det gav oss en idea
att programmerare där ute kan verkligen hjälpa oss.
Vi tänkte att det här kunde vara en bra sak att lägga in på GitHub
vi kände att vi fortfarande kunde ge folk credit
och använda deras namn och verkligen prisa dom
för hjälpen i kampen mot cancer.
(Lisa) Du behöver inte vara en expert i biologi eller beräkningsbiologi.
Vi vill att människor ska kunna vara en expert på sitt eget område,
så vi har skapat alla dessa "hjälp behövs" uppgifter
för sånt som vi inte är experter på, men som du kan vara en expert på,
och vi vill att vår GitHub repository
ska vara ett ställe där folk kan komma
och bidra med deras egen kunskap,
sin egen programvara och sina egna insatser
(Jenny) Jag vet hur mycket jag har fått lära mig
från GitHub community.
Jag har kollat en hel del på respositories
tittar på hur dom programmerar.
Vi kan inte arbeta som konkurrenter längre i cancerforskningen,
eftersom människor dör,
så vi måste verkligen jobba tillsammans med olika cancer center,
med olika områden,
med folk som har olika kunskaper.
Det är en mycket spännande tid om dessa verktyg kan komma
till den nivå att vem som helst kan göra detta, och du vet,
det öppnar verkligen upp vetenskap och cancerforskning till alla,
vilket faktiskt är riktigt spännande.
(Desert) Jag vet inte, jag menar, cancer kommer att lösas på en dator.
Vi vill att folk ska gå med oss för att skapa verktyget
som vi alla kan dra nytta av.
♪ (music) ♪
ฉันคิดว่าคนที่จะสามารถ รักษาโรคมะเร็งได้
คือคนที่มีความาสามารถ ด้านคอมพิวเตอร์
ถ้าพวกเขาสามารถเขียนโปรแกรมได้ พวกเขาก็สามารถเป็นส่วนหนึ่งของการรักษาได้
และนั่นเป็นอะไรที่พวกเราต้องการ เราต้องการให้ทุกคนมีส่วนร่วม
จริงๆแล้ว เราคิดว่า ทางออกของโรคมะเร็ง
จะมาจากพวกเราทุกคน
(เพลง)
[เอริค ฮอลแลนด์] สถาบันวิจัยโรคมะเร็ง เฟร็ด ฮัทชินสัน
เป็นสถาบันวิจัยในเมืองซีแอตเติล ที่เชี่ยวชาญในเรื่องของโรคมะเร็ง
และได้ค้นพบวิธีการรักษาใหม่ๆ
นั่นทำให้สามารถใช้ในการรักษาผู้ป่วย ที่เป็นโรคที่ยังรักษาไม่หายได้
[ลิซ่า แมคเฟอร์ริน] จุดมุ่งหมายของพวกเรา คือทั้งวิจัยโรคมะเร็ง
และรักษาผู้ป่วย
ดังนั้นเราจึงเป็นส่วนหนึ่ง ภายในโรงพยาบาล
แต่มันก็รวมไปถึง นักวิจัยอีกจำนวนมาก
[เอริค] ในอดีต เมื่อคนต้องการจะ เลือกว่า
มะเร็งมีชนิดอะไรบ้าง
พวกเขาจะดูจากกล้องจุลทรรศน์
และพวกเขาจะตั้งชื่อ โดยเลือกจาก สิ่งที่พวกเขาเห็น
แต่เมื่อไม่นานมานี้ เราสามารถที่จะ คัดกรอง ดีเอ็นเอจำนวนมาก
และในดีเอ็นเอทั้งหมดนั้น
มันได้มีข้อมูลทางดิจิตอลอีกจำนวนมาก
ที่สามารถอธิบายเนื้องอกได้
ดีกว่าจากการส่องกล้องจุลทรรศ
แต่มันไม่ได้ดีเสมอไป มันมีทั้งข้อดี และข้อเสีย
มันทำให้เกิดปัญหาที่ว่า จำนวนของข้อมูล
สำหรับคนแต่ละคน มีจำนวนมหาศาล
และข้อมูลทั้งหมดนั้นต้องถูก นำมาประมวลทั้งหมด
ในฐานข้อมูลที่มีขนาดใหญ่
จากนั้นก็นำมาจัดการ และ แสดงผลออกมา
ดังนั้นเราจึงต้องการทีมงาน
เพื่อจะจัดการปัญหานี้
และเราได้สร้างเครื่องมือ บางอย่าง
ที่เราค่อนข้างชอบมัน
[เดซเซิร์ท ฮอร์สแกรนท์] "ออนโคสเคป" เป็นเว็บแอพพลิเคชั่นระบบเปิด
ที่เราสามารถเข้าถึง ข้อมูลของผู้ป่วยโรคมะเร็ง
และนำมาแสดงผลอย่างง่ายดาย
สำหรับหมอและนักจัย เพื่อเรียนรู้
ว่าโรคที่เกิดขึ้นเป็นอย่างไร
ณ ตอนนี้เรามี นักชีววิทยาโรคมะเร็ง
หรือ คนที่กำลังศึกษาด้านมะเร็ง
และคนที่มีความสามารถ ด้านคอมพิวเตอร์
และเราต้องการเครื่องมีอ ที่สามารถเข้าถึงได้จากทั้งสองกลุ่ม
ในเวลาเดียวกันด้วย
นั่นคือวิธีการที่เรา ให้พวกเขาทำงานร่วมกัน
[เจนนี่ จาง] งานของฉันมีทั้งแล็บแห้ง
(งานด้านคอมพิวเตอร์) และแล็บเปียก
หรือการวิจัยเนื้อเยื่อของมนุษย์
ดังนั้นฉันจึงทำงานทั้งสองอย่าง
เมื่อเนื้อเยื่อถูกแช่แข็ง ฉันก็นำไปวางบนนำแข็งแห้ง
และเปลี่ยนมาใช้ถุงมือกันความร้อน
ด้วยความเป็นนักวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์ , ส่วนใหญ่เราสนใจที่ข้อมูล
แต่คุณไม่มีทางรู้ว่าข้อมูลพวกนั้น ได้มาได้อย่างไร
แต่ฉันได้รับโอกาสที่จะ ค้นหาจากเนื้อเยื่อนั้น
และเมื่อข้อมูลมันไม่สอดคล้อง
คุณก็ต้องกลับไปดูที่ตัวอย่าง
ทุกๆขั้นตอนมีส่วนในการ ประมวลผลข้อมูลที่มีคุณภาพ
มันมีข้อดีมากมายจากการ ที่ได้ทำงานทั้งสองด้าน
[เอริค] ฉันทำงานด้านนี้มา 20 ปี
ฉันได้เรียนรู้เกี่ยวกับโรค ที่ฉันสนใจ
ซึ่งก็คือโรคมะเร็งสมอง
ด้วยการใช้งานเครื่องมือแสดงผลเหล่านี้
ในการเรียนรู้ตลอดหลายปีที่ผ่านมา
เพราะว่าฉันไม่ได้แค่มอง
ไปที่ไฟส่องถนนที่กำลัง ให้แสงสว่าง
ถ้าคุณมองที่ DNA ทุกสาย
มันเหมือนคุณกำลังเปิดไฟ ทั้งห้องให้สว่าง
คุณเห็นทุกอย่าง , ทุกอย่างในคราวเดียว
และคุณสามารถเห็นในสิ่งที่ คุณรู้ว่ามันมีอยู่จริง
แต่แล้วมันก็มีสิ่งอื่นๆที่คุณ ก็ไม่รู้ว่าคุณกำลังมองหาอยู่
แต่มันอยู่ตรงหน้าคุณ
[เดซเซิร์ท]เราจึงต้องการให้ ออนโคสเคป ให้เป็นระบบเปิด
เพราะว่าจุดมุ่งหมายของเรา
ตั้งแต่เริ่มต้น คือการร่วมมือกัน
ปีนี้เราได้ไอเดียเพราะ เราได้รับการติดต่อ
จากลูกของคนที่เป็นมะเร็งปอด
แต่เขาไม่มีทางช่วยพ่อของเขา ยกเว้นการเขียนโปรแกรม
และมันทำให้เราได้ความคิดนี้
ว่าโปรแกรมเมอร์สามารถช่วยเราได้
เราจึงคิดว่านี่เป็นโอกาสดี ที่เราจะนำสิ่งที่ดีนี้มาใส่ Github
และเรารู้สึกว่าเราสามารถ ให้เครดิตกกับคนเหล่านั้น
ใช้ชื่อของพวกเขา และ ยินดีกับพวกเขา
ในความช่วยเหลือที่จะ ต่อสู้กับโรคมะเร็งในครั้งนี้
[ลิซ่า] คุณไม่จำเป็นต้องเก่งด้าน ชีววิทยา หรือคอมพิวเตอร์
เราต้องการให้คน เชี่ยวชาญเฉพาะด้าน
ดังนั้นเราจึงสร้าง "สิ่งที่ต้องการให้ช่วย" เหล่านี้
ในบางสิ่งที่เราไม่มีความชำนาญ แต่คุณอาจจะชำนาญ
และเราต้องการให้งานใน Github ของเรา
อยู่ในที่ที่คนทั่วไปสามารเข้าถึง
และมีส่วนช่วยโดยใช้ ความรู้ของแต่ละคน
รวมถึง โปรแกรม และ ความสามารถของแต่ละคน
[เจนนี่] ฉันรู้ว่าฉันได้เรียนรู้ เยอะขนาดไหน
จากสังคม GitHub
ฉันได้เช็คไฟล์หลายไฟล์
และดูว่าพวกเขาเขียนโปรแกรม กันอย่างไร
เราไม่สามารถแข่งขันกันได้อีกต่อไป ในการวิจัยโรคมะเร็ง
เพราะผู้คนจะล้มตาย
เราจึงต้องทำงานร่วมกัน กับศูนย์โรคมะเร็งอีกหลายเเห่ง
กับหลากหลายสาขาอาชีพ
กับผู้คนที่มาจากสาขาต่างๆ
[เอริค] มันเป็นเวลาที่ตื่นเต้นมาก ถ้าเครื่องมือเหล่านี้สามารถนำ
ไปสู่ระดับที่คนสูงอายุทุกคน สามารถทำได้ และคุณรู้ว่า
มันเป็นการเปิดโลกของวิทยาศาสตร์ และการวิจัยโรคมะเร็งแก่ทุกคน
ที่น่าประทับใจมาก
[เดซเซิร์ท] มันน่าคิด ว่าโรคมะเร็ง สามารถรักษาได้ด้วยคอมพิวเตอร์
เราต้องการให้ผู้คนมาเป็นส่วนหนึ่ง ในการสร้างเครื่องมือเหล่านี้
ที่เราทุกคนล้วนได้ประโยชน์จากมัน
(เพลง)
Bence kanser hastalığına çözüm bulacak olan insanlar
bilişimsel beceriye sahip olan insanlar olacak.
Programlama becerisine sahip olan herkes bu çözümün bir parçası olabilir.
Biz de zaten bunu istiyoruz; herkesi dahil etmek.
Çünkü kanseri yenmek için gereken çözüme
hepimizin ortak çabasıyla ulaşabileceğimize inanıyoruz.
♪ (müzik) ♪
(Eric Holland) Fred Hutchinson Kanser Araştırma Merkezi
Seattle'da bir araştırma merkezi ve uzmanlık alanları arasında kanseri anlamak,
ve amansız hastalıklarla mücadele eden hastalara
uygulanabilecek yeni tedaviler geliştirmek var.
(Lisa McFerrin) Hedefimiz hem kanser biyolojisini araştırmak,
hem de hastaları tedavi etmek.
Bu sebeple hastaneleri ve çok sayıda araştırmacıyı
bünyesinde bulunan bir birliğin parçasıyız.
(Eric) Geçmiş zamanlarda, bir kanser türünü
tespit etmek için,
mikroskopla inceleme yapılırdı.
Ve orada görülenlerden yola çıkılarak bir isim verilirdi.
Ancak günümüzde, büyük miktarda DNA'yı sıralama kabiliyetine sahibiz.
Bu sayede de,
eskisine kıyasla çok daha fazla dijital veri sahibiyiz
ve bir tümörü mikroskopla yapabildiğimizden
çok daha detaylı bir şekilde tarif edebiliyoruz.
Ancak bu hem iyi hem de kötü bir şey.
Çünkü şöyle bir problem var:
Tek bir kişiden alınan veri sayısı oldukça fazla.
Ve tüm bu bilgilerin devasa bir veritabanında
birlikte muhafaza edilmesi,
işlenmesi ve görselleştirilmesi gerekiyor.
Sonrasında ise bir ekip kurup ,
bu problemi ortadan kaldırmaya çalışıyoruz.
Bunu yapabilmemizi sağlayan ve
oldukça memnun olduğumuz bir kaç araç geliştirdik.
(Desert Horse-Grant) Oncoscape bir açık kaynak web uygulaması.
Bu uygulama sayesinde
Я вважаю, що люди, які здатні лікувати рак,
повинні мати комп'ютерні навички.
Якщо люди мають навички програмування, вони можуть швидко приєднатись.
І це саме те, чого ми прагнемо, ми прагнемо, щоб усі долучились.
Ви насправді вважаємо, що розв'язання проблеми раку
буде знайдене спільними зусиллями.
Дослідницький центр раку Фреда Хатчінсона
Це дослідницький центр у Сіетлі, який спеціалізується на вивченні раку,
та пропонує нові методи лікування
які ми можемо застосувати для пацієнтів з невиліковними захворюваннями.
Наша мета - як зрозуміти біологічні аспекти раку,
так і лікувати хворих,
Так що ми частина консормціуму, який включає як лікарні,
так і велику кільксть дослідників.
Історично склалось, що коли люди намагаються визначити,
який саме вид раку мав місце,
вони заглядають у мікроскоп,
і, залежно від того, що вони там бачать, вони дають йому ім'я.
Проте останнім часом, у нас з'явилась можливість розпізнавати велику кількість ДНК,
и раптово
з'явилась велика кількість різних цифрових даних,
які повністю описують пухлину набагато краще,
ніж розглядання її під мікроскопом,
проте цеодночасно і добра новина, і погана.
Постає проблема того, що об'єм даних
для кожної певної особи надзвичайно великий.
І вся ця інформація має бути об'єднана
в певній величезній базі даних,
і потім оброблена та візуалізована,
і так ми зможемо зібрати команду,
щоб атакувати проблему,
і ми побудували деякі інструменти,
які виявились дуже корисними.
Онкоскейп - це веб-додаток з відкритим кодом,
де ми знаходимо інформацію щодо хворого на рак,
та можемо її легко візуалізувати,
щоб лікарі та науковці зрозуміли,
який перебіг хвороби йього пацієнта.
Зараз проводяться дослідження, є ракові біологі,
люди, які вивчають рак,
і люди, які знаються на комп'ютерах,
і ми хочемо створити інстумент, яким зможуть користуватись обидві групи,
причому одночасно,
так щоб вони могли працювати разом.
Я працюю в аналітичній лабораторії,
займаюсь комп'ютерною обробкобю та проводжу дослідження,
тобто досліджую людські тканини,
так що з виконую ці обидві ролі.
Тканини заморожені, я лише поміщу їх до сухого льоду,
а потім вдягну свої термоізолюючі рукавички.
Довгий час ми розглядалаи дані лише з точки зору комп'ютерних наук,
проте ви не знаєте, як ці дані були створені.
І я має можливість роздивитись тканини,
і коли дані виглядають безглуздими,
ви повертаєтесь до зразка тканини.
Кожна деталь важлива при створенні якісних даних.
Є багато переваг в тому, щоб виконувати обидві ролі.
Ну, я працюю в цій галузі 20 років.
Я дізналась про хворобу, яку я вивчаю,
йдеться про рак мозку,
за допомогою інструментів візуалізації
більше, ніж усе, що я дізналась за багато попередніх років,
тому що я вже могла дивитись
не тільки на те, що, так би мовити, освітлює денне світло.
Якщо ви розглядаєте все з точки зору ДНК,
це ніби ввімкнути світло в усі кімнаті,
і ви побачите усе, і ви побичите все одночасно,
і ви побачите речі, про існування яких ви знали,
але також ви побачите інші речі, які ви навіть не збирались шукати,
хоча вони знаходились прямо перед вами.
Так що ми хочемо, щоб Онкоскейп був відкритим,
оскільки наша мета,
і наша мета від самого початку полягала у співробітництві.
Цього року ми отримали цю ідею тому, що дехто звернувся до нас,
його батько хворів на рак легенів,
а він нічим не міг допомогти, окрім програмування,
і він дав нам цю ідею,
що програмні засобі дійсно могли б допомогти нам.
І тепер ми подумали, що було б чудово розмістити це на GitHub,
і ми відчуваємо, що могли б визнавати внесок людей,
оприлюднювати їх імена та відзначати їх
за допомогу нам в цій боротьбі проти раку.
Вам не обов'язково бути фахівцем з біології або комп'ютерної біології.
Ми хочемо, щоб люди залишались фахівцями своїх галузей,
і так ми створюємо усі ці "потрібна допомога" завдання
для речей, у яких ми не є фахівцями, а ви, можливо, фахівець,
і ми хочемо створити власний банк даних на GitHub,
щоб зберігати інформацію про людей, які можуть долучитись
та внести свої знання,
своє програмне забезпечення та свої зусилля.
Я знаю, як багато я навчилась
у спільноти GitHub.
Я переглядала багато банків даних,
просто вивчала, як вони створюють код.
Ми більше не можемо працювати як конкуренти у дослідження раку,
оскільки вмирають люди,
нам необхідно працювати разом з різними центрами дослідження раку,
у різних галузях,
з людьми різних фахів.
Було б чудово, якщо б усі ці інструменти дійсно довести до
рівня, коли б кожна літня людина могла ними користуватись,
це насправді відкриває для усіх науку та дослідження раку,
що насправді дуже заплююча перспектива.
Я не знаю, тобто, методи лікування раку будуть знайдені за допомогою комп'ютера.
Ми хочемо, щоб люди приєднались до нас у створенні інструменту,
який принесе користь абсолютно усім.
مجھے لگتا ہے کہ لوگ جو کینسر کا علاج کرنے جا رہے ہیں
وہ وہی لوگ ھوں گے جن کے پاس تکنیکی صلاحیتیں ہوں گی
اگر لوگوں میں پروگرامنگ کی مہارت ہے، وہ آگے بڑھ کراس کا حصہ بن سکتے ہیں۔
اور ہم یہی چاہتے ہیں، کہ سب اس میں شامل ہوں۔
ہم واقعی سوچتے ہیں کہ کینسرکاعلاج
ہم سب میں سے ہونے والا ہے۔
♪ ( ایسی موسیقی جو اپکے اندر کی امید جگائے) ♪
(ایرک ہالینڈ) فریڈ ہچنسن کینسر ریسرچ سینٹر
سیئٹل میں ایک تحقیقی مرکز ہے۔ جو کینسر کو سمجھنے میں مہارت رکھتا ہے،
اور نئے علاج دریافت کر رہا ہٰے،
اور یہ ہم ان مریضوں کے لیے استعمال کر سکتے ہیں جن کی بیماریاں لاعلاج ہیں۔
(لیزا میک فیرن) ہمارا مقصد صرف کینسر کی حیاتیات کی تحقیق کرنا نہیں،
بلکہ مریضوں کا علاج بھی ہے،
لہذا ہم ایک انجمن کا حصہ ہیں جس میں صرف ہسپتال ہی نہیں,
بلکہ محققین کی بھی ایک بڑی تعداد شامل ہے۔
(ایرک) ماضی میں، جب لوگ فیصلہ کرتےتھے ک
کینسر کی کونسی قسم تھی،
وہ ایک خوردبین کے نیچے دیکھتے تھے،
اور جو چیز جس طرح کی نظر آتی تھی، وہ اس کا اس حساب سے نام دیتے تھے.
لیکن حال ہی میں، ہم نے ڈی این اے کی بڑی مقدار کو ترتیب دینے کی صلاحیت حاصل کرلی ہے،
اور اس طرح، اچانک
اس قسم کا بہت دجٹل دیٹا موجود ہے،
جو بہت بہتر طریقے سے ایک ٹیومر کی مکمل طور پر وضاحت کرتا ہے
محض ایک خوردبین کے طریقے سے،
لیکن یہ ایک اچھی چیزاور بری چیز دونوں ھے.
یہ ایک مسئلہ پیدا کرتا ہے کہ ہر شخص کے لئے بہت زیادہ دیٹا موجود ہے۔
اور وہ تمام معلومات ایک ساتھ مرتب ہوتی ہے۔
کسی بڑے ڈیٹا بیس میں،
اور پھر جوڑ توڑ اور تصور ہوتا ہے،
اور اس طرح ہم ایک ٹیم کو اکٹھا کرنے میں کامیاب ھوۓ،
اس مسئلے کو حل کرنے کے لیے،
اور ہم نے ان میں سے کچھ ٹولز بنائے ہیں،
جس سے ہم کافی خوش ہیں۔
(ڈیزرٹ ہارس گرانٹ) اونکوسکیپ ایک اوپن سورس ویب ایپلیکیشن ہے
جہاں ہم کینسر کے مریض کی معلومات لیتے ھیں
اور ہم اسے آسانی سے تصور کرتے ہیں
تاکہ ڈاکٹراورسائنسدان سمجھ سکیں
کہ مریض کی بیماری کے ساتھ کیا ماجرا ہے۔
ابھی یہ شعبہ موجود ہیں، کینسر کے ماہر حیاتیات ہیں،
تو وہ لوگ جو کینسر کا مطالعہ کر رہے ہیں،
اور پھر کمپیوٹیشنل لوگ ہیں،
اور اس لیے ہم ایک ٹول چاہتے تھے جو واقعی دونوں گروہوں کے لیے موزوں ہو،
اور پھر اسی وقت
بس ہم انہیں ایک ساتھ کیسے کام کروا سکتے ہیں۔
(جینی ژانگ) میرے کام میں ڈرائی لیب شامل ہے،
کمپیوٹیشنل سائیڈ کے علاوہ گیلی لیب،
جس کا مطلب ہے انسانی بافتوں کی پروسیسنگ،
تو میں دونوں طرف کام کرتی ہوں۔
تو ٹشو جم گیا ہے، میں اسے خشک برف پررکھ دیتی ھوں،
اور پھراپنے تھرمل دستانے پہن لیتی ھوں۔
اکثر اوقات ہم صرف ایک کمپیوٹر سائنسدان کی نظرسے ڈیٹا کو دیکھتے ہیں،
لیکن تم نہیں جانتے ڈیٹا تیار کیسے کیا گیا۔
اور میرے پاس یہ موقع ہے۔ ٹشو کو دیکھنے کے لیے،
اور جب ڈیٹا کا کوئی مطلب نہیں ہوتا،
پھر آپ نمونہ واپس دیکھتے ھیں.
اچھے معیار کا ڈیٹا تیار کرنے کے لیے ہر پہلو اہمیت رکھتا ہے۔
دونوں طرف کام کرنے کے بہت فائدے ہیں۔
(ایرک) میں اس شعبہ میں ۲۰ سال سے کام کر رہا ہونؤں۔
میں نے بیماری کے بارے میں مزید جان لیا ہے۔ جس میں مجھے خاص طور پر دلچسپی ہے،
جو دماغی کینسر ہے،
صرف اس ویژولائزیشن ٹول کے ساتھ
میں نے پچھلے کئی سالوں میں سب کچھ سیکھا ہے۔
کیونکہ میں صرف جلتی ہوئی اسٹریٹ لائٹ کو نہی دیکھ رہا۔
اگر آپ تمام ڈی این اے کو دیکھیں،
یہ اصل میں کمرے کی سارے بتتیاں کھولنے جیسا ہے،
اپ سب کچھ دیکھتے ہو، اور آپ یہ سب ایک ساتھ دیکھتے ہیں،
اور آپ چیزیں دیکھ سکتے ہیں۔ جو آپ جانتے ہیں کہ موجود ہیں،
لیکن پھر یہ سب دوسری چیزیں ہیں۔ جسے آپ ڈھونڈنا بھی نہیں جانتے تھے۔
لیکن یہ آپ کے سامنے موجود ہے۔
(صحرا) تو، ہم اونکوسکیپ کا اوپن سورس ہونا چاہتے تھے،
کیونکہ ہمارا مقصد
اور ہمارا مقصد شروع سے ہی واقعی تعاون کے بارے میں رہا ہے۔
اس سال ہمیں یہ خیال آیا کیونکہ کسی نے ہم سے رابطہ کیا۔
جس کے والد کو پھیپھڑوں کا کینسر تھا،
لیکن اس کے پاس واقعی مدد کرنے کا کوئی طریقہ نہیں تھا۔ پروگرامنگ کے علاوہ،
اور اس نے واقعی ہمیں یہ خیال دیا
کہ وہاں سے باہر کوڈر واقعی ہماری مدد کر سکتا ہے۔
اور اس طرح، ہم نے سوچا کہ یہ ہوگا گٹ ہب پر ڈالنے کے لئے ایک عظیم چیز،
اور ہم نے محسوس کیا کہ ہم اب بھی کر سکتے ہیں۔ لوگوں کو کریڈٹ دیں
اور ان کا نام استعمال کریں۔ اور واقعی ان کا جشن منائیں
اس لڑائی میں ہماری مدد کرنے کے لیے کینسر کے خلاف.
(لیزا) آپ کو ماہر ہونے کی ضرورت نہیں ہے۔ حیاتیات یا کمپیوٹیشنل بیالوجی میں۔
ہم لوگوں کو اجازت دینا چاہتے ہیں۔ اپنے شعبے میں ماہر ہونا،
اور اس طرح، ہم نے بنایا ہے یہ تمام "مدد مطلوب" کام
ان چیزوں پر جن کے ہم ماہر نہیں ہیں، کہ آپ ماہر ہوسکتے ہیں،
اور ہم اپنا GitHub ذخیرہ چاہتے ہیں۔
ایک ایسی جگہ ہو جہاں لوگ آ سکیں
اور اپنے علم میں حصہ ڈالیں،
ان کا اپنا سافٹ ویئر اور ان کی اپنی کوششیں.
(جینی) میں ابھی تک جانتی ہوں۔ میں کتنا سیکھ رہا ہوں۔
گٹ ہب کمیونٹی سے۔
میں چیک کر رہا ہوں۔ ذخیرے کی ایک بہت
صرف یہ دیکھ رہے ہیں کہ وہ کس طرح کوڈ کرتے ہیں۔
ہم حریف کے طور پر کام نہیں کر سکتے کینسر کی تحقیق میں اب،
کیونکہ لوگ مر جاتے ہیں
لہذا ہمیں واقعی مل کر کام کرنے کی ضرورت ہے۔ کینسر کے مختلف مراکز کے ساتھ،
مختلف شعبوں کے ساتھ،
مختلف مہارت کے لوگوں کے ساتھ۔
(ایرک) یہ ایک بہت ہی دلچسپ وقت ہے۔ اگر یہ اوزار واقعی لائے جا سکتے ہیں۔
کسی بھی بوڑھے شخص کی سطح تک یہ کر سکتے ہیں، اور آپ جانتے ہیں،
یہ واقعی سائنس کو کھولتا ہے اور کینسر کی تحقیق سب کے لیے،
جو واقعی بہت دلچسپ ہے.
(صحرا) میں نہیں جانتا، میرا مطلب ہے، کینسر کمپیوٹر پر حل ہو جائے گا۔
ہم چاہتے ہیں کہ لوگ ہمارے ساتھ شامل ہوں۔ ایک آلہ بنانے میں
جس سے واقعی ہم سب فائدہ اٹھا سکتے ہیں۔
♪ ( ایسی موسیقی جو اپکے اندر کی امید جگائے) ♪
Theo tôi mình thì những người mà sẽ chữa được ung thư
sẽ là những người có kĩ năng tin học.
Nếu con người đều có kĩ năng lập trình thì họ đều có thể vào cuộc và tham gia vào vấn đề này.
Và đây là điều chúng tôi muốn, tất cả mọi người đều tham gia.
Chúng tôi thực sự nghĩ rằng giải pháp để chữa bệnh ung thư
thật sự là sẽ do tất cả chúng ta.
♪(nhạc nền)♪
(Eric Holland) Trung tâm Nghiên cứu Ung thư Fred Hutchinson
là một trung tâm nghiên cứu ở Seattle chuyên trong lĩnh vực tìm hiểu căn bệnh ung thư,
và đưa ra những phương án cứu chữa mới,
và tại đó ta có thể sử dụng chúng cho những bệnh nhân với những căn bệnh không thể chữa được.
(Lisa McFerrin) Mục tiêu của chúng tôi là vừa nghiên cứu ung thư về mặt sinh học,
và cũng vừa điều trị cho bệnh nhân,
vậy chúng tôi là một phần của một tổ chức bao gồm các bệnh viện,
nhưng nó cũng bao gồm cả một số lượng lớn các nghiên cứu viên.
(Eric) Về phương diện lịch sử, khi mà con người đang cố quyết định xem
loại ung thư này là loại gì,
họ sẽ xem xét nó dưới kính hiển vi,
và họ đặt tên chúng theo hình dạng bên ngoài của chúng.
Tuy nhiên gần đây, chúng ta đã có khả năng sắp xếp được lượng ADN khổng lồ
và vì thế,
bỗng nhiên chúng ta lại có được lượng dữ liệu điện tử nhiều hơn rất nhiều
đến mức chúng mô tả toàn bộ được 1 khối u 1 cách dễ dàng
hơn là chỉ đơn giản như dưới kính hiển vi,
thế nhưng đây vừa là 1 điều tốt vừa là 1 điều xấu.
Việc này cho thấy 1 vấn đề rằng
lượng dữ liệu cho mỗi người là vô cùng lớn.
Và tất cả những thông tin đó phải được biên soạn với nhau
trong 1 cơ sở dữ liệu khổng lồ nào đó,
và rồi chúng phải được xử lý và làm cho ta có thể hình dung được,
và vì điều này mà chúng tôi đã có thể hợp sức thành 1 nhóm với nhau
để cùng giải quyết vấn đề này,
và chúng tôi đã tạo ra được 1 số những công cụ này,
mà chúng tôi khá hài lòng với chúng.
(Desert Horse-Grant) Onoscape là 1 mạng lưới ứng dụng mở
nơi mà chúng tôi thu thập dữ liệu từ bệnh nhân ung thư
và chúng tôi dễ dàng làm nó có thể hình dung được
cho các bác sĩ và nhà khoa học hiểu được
vấn đề gì đang xảy ra với căn bệnh của bệnh nhân
Những ngành nghiên cứu hiện nay có các nhà sinh học về ung thư,
là những người đang nghiên cứu về ung thư,
và rồi có cả các chuyên gia về tin học,
và vì thế chúng ta cần 1 công cụ mà có thể "nói chuyện" được với cả 2 nhóm này,
và rồi đồng thời
bằng cách nào đó ta có thể khiến họ làm việc cùng nhau được.
(Jenny Zhang) Công việc của tôi gồm những việc trong phòng thực nghiệm tính toán,
tin học và cả thực nghiệm trực tiếp với hoá chất,
tức là xử lý về mô của con người,
vậy tôi làm việc ở cả 2 lĩnh vực.
Phần mô này khi đóng băng, tôi sẽ đặt nó lên mặt nước đá khô,
và sau đó đặt nó vào găng tay giữ nhiệt của tôi.
Nhiều khi ta chỉ nhìn vào dữ liệu như 1 nhà khoa học tin học,
nhưng ta lại không biết làm thế nào mà dữ liệu được tạo ra.
Và tôi lại có cơ hội này được nghiên cứu phần mô này,
và khi dữ liệu không có ý nghĩa gì cả,
thì ta lại quay lại nghiên cứu mẫu mô.
Mỗi khía cạnh đều quan trọng để có thể tạo ra dữ liệu có chất lượng tốt.
Có thể làm việc ở cả 2 bên là việc có rất nhiều lợi thế.
(Eric) Tôi đã làm việc trong ngành này 20 năm rồi.
Tôi đã nghiên cứu được nhiều hơn về căn bệnh mà tôi đặc biệt quan tâm tới,
mà đó là ung thư não,
chỉ với thứ công cụ hiển thị rất đơn giản này
để tôi học được tất cả những kiến thức trong nhiều năm qua,
bởi vì bạn biết đấy, tôi chẳng cần thiết phải
nhìn vào điều mà đèn đường đang chiếu sáng.
Nếu như bạn nhìn vào tất cả các chuỗi ADN,
nó sẽ như là bạn đang bật hết cả đèn trong phòng lên,
bạn nhìn thấy mọi thứ, và nhìn thấy hết cùng 1 lúc,
và bạn có thể nhìn thấy những điều bạn biết là chúng tồn tại,
nhưng rồi lại có cả những điều khác nữa mà bạn thậm chí chưa từng tìm chúng
chúng lại xuất hiện ngay trước mắt bạn.
(Desert) Chúng tôi muốn Oncoscape là 1 nguồn mở,
bởi vì mục tiêu của chúng tôi,
và mục đích ngay từ ban đầu thật sự chính là về việc hợp tác.
Năm nay chúng tôi có được ý tưởng này là bởi có người đã liên lạc với chúng tôi,
bố anh ta bị bệnh ung thư phổi,
nhưng anh ấy thực sự không còn cách nào để giúp bố ngoại trừ việc lập trình,
và điều này đã đưa ra cho chúng tôi ý tưởng này,
rằng các lập trình viên thực sự có thể giúp chúng tôi.
Và vì vậy, chúng tôi nghĩ rằng đây là 1 điều rất tuyệt để đưa lên GitHub,
và chúng tôi cảm thấy chúng tôi có thể vẫn công nhận công trạng của mọi người
và sử dụng tên của chính họ và thật sự chúc mừng họ
cho việc đã giúp chúng tôi trong cuộc đấu tranh chống ung thư này.
(Lisa) Bạn không cần phải là 1 chuyên gia trong sinh học hay tin sinh học.
Chúng tôi để cho mọi người là chuyên gia trong lĩnh vực của riêng họ,
và vì vậy, chúng tôi vừa tạo ra những công việc "cần trợ giúp"
trong những việc mà chúng tôi không phải là chuyên gia, nhưng chính bạn lại có thể,
và chúng tôi muốn cộng đồng GitHub của chúng ta
trở thành nơi mà mọi người có thể tới
và đóng góp kiến thức của họ,
phần mềm của họ và cả những nỗ lực của họ.
(Jenny) Tôi biết được nhiều hơn hẳn những gì tôi đang học
từ cộng đồng GitHub.
Tôi đã kiểm tra kho trữ liệu rất nhiều lần
chỉ để xem họ viết mã lập trình như thế nào.
Chúng ta không thể làm việc như những đối thủ trong việc nghiên cứu ung thư nữa,
bởi vì mọi người đều sẽ chết,
thế nên ta rất cần làm việc cùng nhau với các trung tâm ung thư khách nhau,
trên các lĩnh vực,
với mọi người trên tất cả các chuyên môn.
(Eric) Đây sẽ là khoảng thời gian khá thú vị nếu những công cụ này
có thể được đưa tới tầm mà bất kì người già nào cũng có thể làm được, và bạn biết đấy,
điều này thật sự mở ra cho tất cả mọi người về khoa học và nghiên cứu ung thư,
mà điều này thực sự là rất thú vị.
(Desert) Tôi cũng không biết, ý tôi là, ung thư sẽ có thể "giải quyết" được trên máy tính.
Chúng tôi muốn tất cả mọi người cùng tham gia tạo nên 1 công cụ
mà tất cả chúng ta đều thật sự có lợi từ nó.
♪(nhạc nền)♪
我认为 能够发明治愈癌症的方法的人
必然是那些能熟练运用电脑技术的人
程序员完全可以和医疗人员一起 探索治疗癌症的方法
而这就是我们希望看到的 我们希望每个人都能参与进来
我们真心地认为 治愈癌症的方法
来自我们每个人
(Eric Holland) 福瑞德·哈金森癌症研究中心
是一个位于西雅图 致力于研究癌症
并提出各种新型疗法的研究中心
我们会将这些疗法用于那些绝症患者身上
(Lisa McFerrin) 我们的目标不仅仅是研究癌症生物学
还有治愈癌症患者
因此我们加入了一个包括了医院的联盟
该联盟同时也有大量的研究人员
(Eric) 过去 当人们
试图判断肿瘤类型的时候
他们会通过显微镜去观察
然后根据肿瘤的外观来给其命名
但是 近年来 我们已经能够对DNA进行测序
因此 突然间
我们得到了比过去多得多的数据
这些数据相对于单纯的显微镜观察
能够对肿瘤进行更加完备的描述
但这有利也有弊
它造成了一个问题 也就是说
人们得到的数据非常之多
这些信息必定得在一些庞大的数据库中
被编译在一起
然后才能进行可视化处理
因此 我们组建了一个团队去解决这个问题
并且我们很高兴看到
我们已经构建了一些针对该问题的工具
(Desert Horse-Grant) Oncoscape 是一个开放源码的网络应用
在这个应用当中 我们上传了一些癌症患者的信息
并且将其可视化
来给医生和科学家去理解
在患者患病的过程中 他们身上到底发生了什么
如今 在这个领域 已经有癌症生物学家了
因此我们有专门研究癌症的人员
我们还有计算机技术人员
因此我们希望能有一个双方都能理解的工具
并且 同时
能让他们互相协作
(Jenny Zhang) 我的工作内容包括 干试验
即利用计算机进行理化模拟 以及湿实验
也就是处理人体组织
所以两个方面的工作我都有参与
当人体组织冷冻后 我就把它们放入干冰中
然后换上我的保温手套
大部分时候 我们只是像个计算机科学家一样在看数据
但是你并不知道这些数据是怎么产生的
除此之外 我还能观察组织
当数据无法使用的时候
你就要回过头来看观察样品
为了产生高质量的数据 每一个方面都很重要
能够同时参与两方面的工作 事实上是一个非常大的优势
(Eric) 我已经在这个领域研究了二十年
我对于疾病的了解 比我真正感兴趣的方面——脑部肿瘤
还要更多
从这个可视化工具
到我多年来所学习到的
我不仅仅看什么路灯在亮
当你看全部DNA时，
就像是打开了照亮整个房间的灯
你能看清一切
你可以看到已知的东西
还能看到一些意料之外的东西
展示在你面前
我们想要将Oncoscape开源
因为我们的目标
从一开始就关乎合作
今年我们有了开源的想法，因为有人联系了我们
他的父亲患有肺癌
但是他除了编程，并没有能帮得上忙的地方
他给我们提供了灵感
外界人员也可以帮助我们
并且，我们想要将这个优秀的项目放在Github上
并且使用他们的名字和增加他们的荣誉值
为了他们帮助我们抗击癌症
你不必成为生物或计算生物的专家
我们想要人们成为自己领域的专家
因此我们创造了那些 ”需要帮助“ 的任务
在这个任务中，我们并不是专家，而你是
我们想让我们的GitHub库
成为人们可以来浏览
并且奉献出自己的知识
软件和努力的地方
迄今为止，我已经在Github社区里学了不少东西
我看了很多库
学习他们如何编程
我们不能像竞争者一样在癌症研究领域工作
因为人们在死去
我们非常需要和不同的癌症中心
不同的领域
及各行各业的专家合作
这些工具若是能够真正地走向大众，
将会是无比令人激动的
开源真正地将科学和癌症研究开放给了每一个人
这非常令人激动
我并没有想到癌症会被计算机攻克
我们想让人们来参与我们
去制作这个能使每个人都收益的项目
贡献你的代码
我想能夠治癒癌症的人
應該也有足夠的電腦技巧
如果人們可以寫程式 他們就可以直接進入到這個部分
這就是我們希望的 我們希望每個人都可以投入
我們真的希望人們可以幫癌症解密
讓它遠離我們的生活
♪ (音樂) ♪
弗烈德‧哈琴森癌症研究中心
位於西雅圖的研究中心 專精於了解癌症
他們很快就會取得研究成果
可以實際應用在得了不治之的症病人身上
我們的目標是研究癌症生物學
但同時可以治療病人
所以我們是一個包括醫院
和大量研究人員的財團
歷史上，當人們試著了解
什麼類型的癌症
他們會在顯微鏡下尋找
因為事物的樣子 他們會將之命名
但最近我們有能力來將DNA定序
所以，突然間
就有了更多的數據資料
描述腫瘤的方式
比顯微鏡提供的更好
但這是兩面刃
那些數據資料也造成了一個問題
對於任何一個人來說都是巨大的
所有的這些信息必須匯編成一體
保存在一些大型的數據庫當中
然後應用它們和使其直觀化
所以我們需要一個團隊
來解決這個問題
我們已經建立了一些工具
是我們喜聞樂見的
Oncoscape是一個開源的網絡應用
在那裡我們得到一個癌症病人的信息
我們使它直觀化
使其便於醫生的科學家理解
病人的疾病演變過程
目前這個領域,有癌症生物學家
正在學習癌症的人
*和計算人員
我們需要一個工具能夠同時運用到這兩種人群
與此同時
是我們如何使他們合作起來
我的工作包括干实验室
計算方面和濕實驗室
這意味著給人體組織進行處理
所以我的工作包含兩個層面
這個組織被冷凍了,我現在把它放在干冰上
換上我的保溫手套
很多時候我們只是作為電腦科學家來觀察數據
但是你們不知道這些數據是如何生成的
我有這個機會來觀察組織
當這些數據不合理時
你需要再次查看標本
每一個方面對於高質量的數據生成都至關重要
能夠同時在這兩個層面工作有很大的優勢
我已經在這個領域工作了20年
我對我特別感興趣的疾病
腦癌有了更多的了解
通過使用這個可視化工具
使我在過去的許多年中學到了很多
因為我並不是只觀察
路上的街燈,你知道的,雖然這很有啟發性
如果你觀察所有的DNA
你實際上,就像是把整個房間的等打開
你一次性看完了所有
你看到了你認為存在著的東西
除了這些的其他事物你甚至不知道需要去觀察
它們就在你的眼前
所以,我們希望Oncoscape是具有開源性的
因為我們的目標
我們最初的目標就是協作
今年我們得到這個主意是因為有人和我們聯繫
這個人的父親患有肝癌
但是他對此沒有任何辦法,除了編程
這也提供了我們一個主意
那就是程序員真的能夠幫助到我們
因此我們認為有必要使其在Github運作
這也讓我們感到我們仍然可以信任他人
使用他們的名字,感謝他們
為我們在對抗癌症所提供的幫助
你不需要精通生物學或是計算生物學
我們想讓人們在他們自己的領域成為專家
我們創建了這些“尋求幫助”的任務
這些我們不擅長但你可能擅長的任務
我們希望GitHub資料庫
是一個人人都能參與的平台
貢獻他們的知識
他們的軟件和他們的努力
到目前為止我學到了很多
在GitHub社區
我過查了看很多的資料庫
看他們是如何編碼
我們不能再像對待競爭對手那樣在癌症研究中工作
因為人們會死去
我們需要在不同的癌症中心工作
在不同的領域工作
和不同的專家工作
這是一個激動人心的時刻如果能夠將這些工具
提升到任何一個老人都可以使用的水平
它確實為所有的人打開了科學和癌症研究的大門
事實上這是最激動人心的
我不知道癌症是否能夠靠電腦技術解決
我們希望人們來加入我們來製造一個工具
來讓我們所有的人從中受益
♪ (音樂) ♪