Richard Resnick : La révolution génomique est là

Dans cette présentation vulgarisatrice faite à TEDxBoston, Richard Resnick montre comment le séquençage génomique rapide et pas cher est sur le point de révolutionner la santé (et l'assurance et la politique).

Mesdames et Messieurs,

voici le génome humain.

(Applaudissements)

Le chromosome 1, en haut à gauche.

En bas à droite, les chromosomes sexuels.

Les femmes ont 2 exemplaires de ce grand chromosome X;

les hommes ont un X

et, bien sûr, un petit exemplaire du Y.

Désolé les gars, mais c'est juste une toute petite chose qui vous rend différents.

Si vous zoomez sur ce génome,

vous voyez, bien sûr, la structure en double hélice;

le code de la vie épelé avec ces 4 lettres biochimiques,

que nous appelons bases, donc :

A, C, G et T.

Combien y en-t-il dans le génome humain? 3 milliards.

Est-ce un nombre élevé?

Tout le monde peut avancer des nombres élevés.

Mais en fait, si je plaçais une base

sur chaque pixel de cet écran de 1280 sur 800,

il me faudrait 3000 écrans pour voir le génome dans sa totalité.

C'est donc plutôt élevé.

Sans doute à cause de cette taille,

certaines personnes – toutes, en fait, avec des chromosomes Y –

ont décidé de le séquencer.

(Rires)

Et 15 ans et à peu près 4 milliards de dollars plus tard,

le génome a été séquencé et publié.

En 2003, la version définitive a été publiée, et ils continuent à travailler là-dessus.

Tout ça effectué sur une machine qui ressemble à cela.

Cela coûte environ 1 dollar par base;

une méthode vraiment très lente.

Eh bien, les gars, je suis ici pour vous dire

que le monde a complètement changé

et que personne ici n'est au courant.

Maintenant, nous prenons un génome,

nous en faisons environ 50 copies,

nous les coupons en petits segments de 50 bases,

et nous les séquençons, en calcul parallèle de masse.

Nous mettons cela dans un logiciel,

nous le réassemblons et vous racontons son histoire.

Juste pour vous donner une idée de ce à quoi cela ressemble,

le Projet Génome Humain : 3 gigabases. OK.

Un passage sur une de ces machines :

200 gigabases par semaine.

Et de 200, ça va passer à 600 cet été,

et rien n'indique un ralentissement.

Le prix d'une base, le prix pour séquencer une base

est 100 millions de fois plus bas.

C'est comparable à un plein de voiture fait en 1998,

qui, en ayant attendu jusqu'en 2011,

permet de faire 2 allers-retours jusqu'à Jupiter.

(Rires)

La population mondiale,

le nombre de PC,

les archives de la documentation médicale,

la loi de Moore,

l'ancienne manière de séquencer, et voici toutes ces nouveautés.

On est sur une échelle logarithmique;

on ne voit pas souvent des courbes qui montent comme cela.

La capacité mondiale à séquencer des génomes humains

est d'environ 50 000 à 100 000 génomes cette année.

Et ceci, sur la base des machines actuelles.

On s'attend à ce que cela double, triple, voire quadruple

année après année dans un futur proche.

En fait, il existe un laboratoire en particulier

qui représente 20 % de toute cette capacité.

C'est l'Institut de génomique de Pékin.

Les Chinois sont largement en train de gagner cette course vers la nouvelle Lune, en réalité.

Qu'est-ce que cela signifie pour la médecine?

Prenons une femme de 37 ans.

Elle a un cancer du sein de phase 2 à récepteurs d’œstrogènes positifs.

On la traite par de la chirurgie, de la chimiothérapie et des rayons.

Elle rentre chez elle.

Deux ans après, elle revient avec un cancer de l’ovaire en phase 3C.

Malheureusement, on la traite à nouveau par la chirurgie et la chimiothérapie.

Elle revient 3 ans après, elle a 42 ans :

le cancer de l’ovaire a progressé, encore plus de chimiothérapie.

Six mois plus tard,

elle revient avec une leucémie myéloblastique aiguë.

Elle a des problèmes respiratoires et meurt 8 jours plus tard.

Premièrement, la manière de soigner cette femme, dans à peine 10 ans,

ressemblera à la saignée d'autrefois.

Et cela, grâce à des personnes comme mon collègue Rick Wilson

de l'Institut du génome à l'Université de Washington,

qui ont décidé d'étudier cette femme après son décès.

Il a séquencé, il a pris des cellules de peau, de peau saine,

de la moelle épinière cancéreuse,

et a séquencé les deux génomes complets

en quelques semaines, facilement.

Il a ensuite comparé ces deux génomes sur ordinateur,

et a trouvé, entre autres,

un effacement, un effacement de 2000 bases

sur 3 milliards

dans un gène spécifique appelé P53.

Si vous avez une mutation délétère sur ce gène,

vous avez 90 % de chance d'avoir un cancer.

Malheureusement, cela n'aide pas cette femme,

mais cela a des conséquences

significatives pour sa famille.

Je m'explique : s'ils ont la même mutation

s'ils font ce test génétique, s'ils le comprennent,

ils pourront faire des tests réguliers, identifier le cancer plus tôt

et peut-être vivre beaucoup plus longtemps.

Laissez-moi vous présenter les jumeaux Beery,

dont la paralysie cérébrale a été diagnostiquée quand ils avaient 2 ans.

Leur mère est une femme très courageuse

qui trouvait que les symptômes ne correspondaient pas,

et par des efforts héroïques et beaucoup de recherches sur Internet,

elle a pu convaincre la communauté médicale

qu'en fait, ils avaient autre chose.

Ils avaient une dystonie sensible à la L-Dopa.

On leur a donné de la L-Dopa,

leur état s'est amélioré,

mais pas totalement.

Il restait des problèmes graves.

Il se trouve que ce monsieur sur la photo est Joe Beery,

qui avait suffisamment de chance pour diriger

une société appelé Life Technologies.

C'était une des deux sociétés

qui réalisaient ces outils de séquencement du génome en masse.

Il a fait séquencer celui de ses enfants.

Il a trouvé une série de mutations sur un gène appelé SPR,

responsable, entre autres, de la production de sérotonine.

En plus de la L-Dopa, ils ont donné aux enfants un médicament précurseur de la sérotonine,

et ils sont désormais normaux.

Je vous le dis, cela ne serait jamais arrivé sans le séquencement complet du génome.

A l'époque – il y a quelques années – cela coûtait 100 000 $.

Aujourd'hui, c'est 10 000. L'an prochain, ce sera 1000.

Dans 2 ans à peu près, 100.

Voici la vitesse à laquelle cela évolue.

Voici le jeune Nick,

il aime Batman et il a des pistolets.

Un jour, Nick est arrivé à l'hôpital pour enfants

avec un ventre comme distendu par la famine.

Ce n'était pas qu'il ne mangeait pas,

c'était que, quand il mangeait, ses intestins s'ouvraient

et les fèces se répandaient dans son ventre.

Une centaine d'opérations plus tard,

il dit à sa mère : "Maman,

prie pour moi. J'ai tellement mal."

Son pédiatre avait une expérience en génétique clinique,

il n'avait aucune idée de ce qui se passait,

mais il proposa de séquencer le génome de l'enfant.

On trouva une seule et unique mutation

dans un gène responsable du contrôle de la mort cellulaire programmée.

La théorie était donc qu'il avait une sorte de réaction immunitaire

contre la nourriture principalement,

c'est une réaction naturelle, qui engendre une sorte d'apoptose.

Mais le gène qui régule cela est endommagé.

Ceci entraîne, entre autres, bien sûr,

un traitement pour une greffe de moelle osseuse, qu'il commence.

Après neuf mois d'un traitement épuisant,

il peut manger des steaks avec de la sauce piquante.

(Rires)

La perspective d'utiliser la génétique

comme un diagnostic universel

est désormais d'actualité.

C'est déjà là.

Cela signifie pour chacun de nous

que, tous ici, nous pourrions vivre 5, 10 ou 20 ans de plus,

juste grâce à cela.

C'est une histoire fantastique,

sauf si on pense à l'empreinte de l'humanité sur la terre

et à notre capacité à maintenir la production de nourriture.

Il se trouve

que la même technologie

est également utilisée pour créer des espèces

de maïs, de blé, de soja et d’autres

hautement résistantes à la sécheresse, aux inondations,

aux insectes et aux pesticides.

Écoutez, si on continue à croître en nombre,

on devra continuer à faire pousser et à manger des OGM,

c'est la seule position que je vais tenir aujourd'hui.

A moins qu'il y ait quelqu'un dans la salle

qui soit volontaire pour arrêter de manger?

Non, personne.

Voici une machine à écrire,

essentielle au bureau pendant des décennies.

En fait, la machine à écrire a été remplacée par ça.

Puis, des versions plus larges des traitements de texte sont apparues.

Mais finalement, c'était une révolution par-dessus une révolution.

C'est Bob Metcalfe en inventant l'Ethernet

et la connexion à tous ces ordinateurs

qui a fondamentalement tout changé.

Tout d'un coup, on a eu Netscape, puis Yahoo

puis, en fait, toute la bulle Internet.

(Rires)

Pas de quoi s'inquiéter,

on a été rapidement sauvé par l'iPod, Facebook

et, en fait, les Angry Birds.

(Rires)

Voici où l'on est aujourd'hui.

Voici la révolution génomique aujourd'hui. Voici où l'on en est.

J'aimerais que vous réfléchissiez à ceci :

Qu'est-ce que cela signifierait

si ces points ne représentaient pas les bases de votre génome,

mais les connexions à des génomes sur toute la planète?

Je voulais récemment souscrire une assurance-vie.

On m'a demandé de répondre :

A. Je n'ai jamais fait de test génétique. B. J'en ai fait un, le voilà.

et C. J'en ai fait un, mais je ne le montre pas.

Heureusement, j'ai pu répondre A,

je le dis honnêtement au cas où mon agent d'assurance serait en train d'écouter.

Mais que se serait-il passé si j'avais répondu C?

Les applications commerciales de la génomique vont fleurir.

Voulez-vous savoir si vous êtes génétiquement compatible

avec votre copine? Sûrement.

Le séquencement ADN sur votre iPhone? Il y a une application.

(Rires)

Un massage génomique personnalisé?

Il existe déjà un laboratoire

qui teste l'allèle 334 du gène AVPR1,

le gène de l'adultère.

Quiconque ici présent avec sa moitié,

peut se tourner vers elle, lui frotter la bouche,

envoyer le coton-tige au laboratoire et être sûr.

(Rires)

Voudriez-vous vraiment élire un président

dont le génome décèle une cardiomyopathie?

Pensez-y, nous sommes en 2016

et la candidate en tête publie

pas seulement ses réductions d'impôts depuis 4 ans,

mais aussi son génome personnel.

Il a l'air vraiment super.

Et elle défie ses compétiteurs de faire la même chose.

Que pensez-vous qu'il adviendra?

Pensez-vous que cela aurait aidé John McCain?

(Rires)

Combien ici dans la salle

ont le même nom que moi, Resnick? Levez la main.

Quelqu'un? Personne.

Normalement, il y en a un ou deux.

Le père de mon père était d'une fratrie de 10.

Ils se détestaient tous les uns les autres.

Ils sont tous partis dans une direction opposée.

Il est fort possible

que je sois lié à chaque Resnick que je rencontre, mais je ne sais pas.

Imaginez que mon génome soit identifié, dans un logiciel,

avec celui d'un cousin germain,

et que le logiciel soit capable de les comparer

et de faire l'association.

Simple à imaginer. Ma société a le logiciel pour le faire aujourd'hui.

Imaginez encore :

le logiciel est capable de demander aux deux leur consentement,

"Voudriez-vous rencontrer votre cousin germain?"

Si nous disions tous les deux oui,

paf! Bienvenue sur Viadeo Chromosome.

(Rires)

C'est sans doute super, non?

Vous aurez de plus grandes réunions de famille, etc.

Mais peut-être aussi une mauvaise chose.

Combien de pères dans la salle? Levez la main.

Les experts pensent que 1 à 3 % d'entre vous

ne sont pas le père de leur enfant.

(Rires)

Écoutez

(Rires)

Ces génomes, ces 23 chromosomes,

ils ne représentent en rien la qualité de nos relations

ou la nature de notre société, pas encore du moins.

Comme toute technologie,

c'est vraiment à l'humanité

de s'en servir pour l'amélioration de l'espèce, ou pas.

Je vous prie tous de vous réveiller, de vous en mêler,

et d'influencer la révolution génomique qui est en train de se passer.

Merci.

(Applaudissements)