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← Unlocking DNA: The Center for Comparative Genomics

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Showing Revision 2 created 04/13/2018 by Natacha Port's.

  1. ♪ (música) ♪
  2. Provavelmente, a parte mais atraente para mim foi responder
  3. essas perguntas de longa data que eu tenho desde que eu era criança.
  4. A biologia evolucionária nos ajuda a entender a natureza ao nosso redor.
  5. Em primeiro lugar, estou interessado em questões evolutivas.
  6. Eu estou muito interessado na biodiversidade que nós vemos na Terra.
  7. Tudo, desde a identificação das espécies até questões profundas, evolucionárias
  8. podem ser endereçadas com DNA,
  9. e o CCG fornece todos os recursos necessários.
  10. Então, se alguém está coletando pássaros ou répteis ou algo assim,
  11. eles o trazem para o lab e extraem o DNA.
  12. Eles purificam o DNA e separam todo o material celular do DNA
  13. e então, você tem puro DNA.
  14. No momento em que se tem DNA puro, pode se fazer todo o tipo de coisa com ele.
  15. Você pode sequenciar aquele gene para diferentes organismos
  16. e então comparar entre eles e construir um histórico evolutivo
  17. ou uma "árvore genealógica" para genes e espécies.
  18. A principal plataforma para sequenciamento dos últimos 30 anos
  19. é o sequenciamento Sanger.
  20. Com esse método, nós olhamos uma seção do genoma por vez.
  21. Com a próxima geração de métodos de sequenciamento
  22. os dados que podemos obter são massivamente aumentados
  23. porque podemos fazer muito do sequenciamento em paralelo.
  24. Nós temos a máquina de sequenciamento MiSeq aqui
  25. e podemos produzir 25 milhões de sequências em uma leitura.
  26. Mais recentemente existe uma terceira geração de sequenciamento.
  27. Aqui nós temos a máquina MiniOn Nanopore Oxford.
  28. Por meio da leitura desses sinais elétricos, nós podemos ler o DNA.
  29. Isso cabe no meu bolso. É incrível.
  30. (risos)
  31. Matt Van Dam está atualmente trabalhando com gorgulhos usando essa tecnologia
  32. para tentar entender o histórico evolutivo de gorgulhos.
  33. Gorgulhos são uma família particular de besouros.
  34. Um dos problemas na montagem do genoma
  35. é que você tem esses pequenos pedaços de informação.
  36. E então, ás vezes, colocar eles juntos
  37. do jeito certo é extremamente complicado.
  38. A Nanopore faz muito bem para essas leituras longas.
  39. Um grupo de nós aqui na academia está sequenciando
  40. o genome complete de Pygmy Angelfish.
  41. e isso inclui todos os cromossomos,
  42. todas as mitocôndrias e tudo mais.
  43. É um trabalho bem animado.
  44. A Lauren está tentando olhar quais genes estão ativos ou ligados
  45. e quais tipos de combinações podem ser produzidas
  46. pelos diferentes genes sendo ligados ou silenciados.
  47. Uma das coisas mais malucas é que nós só caracterizamos
  48. algo como 1% do veneno de escorpião.
  49. Um único escorpião individual deve ter
  50. 150 tipos únicos de veneno na sua glândula.
  51. E assim ela tem genes para criar todos esses diferentes tipos de veneno,
  52. e todos esses venenos são altamente específicos.
  53. Existe pesquisas ativas sobre o uso de veneno de escorpião para tratar câncer
  54. para tratar artrite e tratar esclerose múltipla.
  55. Então, ela está usando algo chamado RNA-Seq ou transcriptoma,
  56. e o que você faz é sequenciar todas as proteínas,
  57. Esse é meio que um jeito de pular todo o sequenciamento do genoma
  58. e você pode só focar no RNA, que é o que produz as proteínas.
  59. O Projeto Cavalo Marinho é algo que eu
  60. estou envolvido durante vários anos.
  61. Nós estamos tentando entender esse grupo muito complexo.
  62. Eles aparentemente evoluiram muito rapidamente e criaram muitas formas diferentes,
  63. então temos cavalos marinhos, peixe-cachimbo, dragões marinhos,
  64. todos esses peixes de aparência selvagem, e ninguém realmente sabe a relação
  65. porque eles evoluíram e radiaram muito rapidamente
  66. e em um curto período de tempo.
  67. Nós estamos usando uma nova tecnologia chamada elementos ultra-conservados,
  68. que são partes do genoma que são imutáveis
  69. através de centenas de milhões de anos para reconstruir esses ramos.
  70. Nossa exibição tem vários anfíbios, então quando nós os trazemos aqui,
  71. temos que ter certeza de que não estamos espalhando
  72. fungo quitrídio para o resto dos nossos anfíbios.
  73. Se nós espalhamos isso para o restante dos anfíbios,
  74. todos eles provavelmente morreriam.
  75. Nós essencialmente criamos essas sondas, que são pedaços de dna
  76. que coincidem com esses marcadores únicos para o fungo quitrídio.
  77. Se a sonda coincidir, sabemos que tem esse fungo.
  78. Se não houver coincidências, então podemos ter certeza
  79. que não há infecções por fungos.
  80. Eu acho que o papel do CCG é ajudar cada cientista a responder suas perguntas e há muito poucas perguntas
  81. a responder suas perguntas e há poucas perguntas
  82. que você pode abordar sem dados genéticos.
  83. Temos todas essas informações acumuladas há décadas
  84. por cientistas e naturalistas e eles as estão depositando
  85. em nossa coleção com dados ecológicos muito bons
  86. associados a ele.
  87. É muito importante que também possamos desbloquear esse conhecimento.
  88. ♪ (música) ♪