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Títol:
Unlocking DNA: The Center for Comparative Genomics
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Descripció:
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(música)
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Es Probable que lo que más me atrajo
fuera responder
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esas preguntas que me hacía desde chico.
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La biología evolutiva nos ayuda a entender
la naturaleza que nos rodea.
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Más que nada, estoy interesada
en las cuestiones evolutivas.
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Me interesa la biodiversidad
que vemos en la Tierra.
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Desde la identificación de especies
hasta preguntas evolutivas complicadas,
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todo se puede abordar desde el ADN
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y el CCG brinda los recursos necesarios.
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Así, si alguien está recolectando aves,
reptiles o lo que sea,
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lo trae al laboratorio y extrae el ADN.
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Purifica el ADN y lo separa del resto
de los componentes celulares,
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así obtenemos ADN puro.
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Obtenido el ADN puro, se puede hacer
todo tipo de cuestiones.
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Se puede secuenciar ese gen
para distintos organismos
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y luego comparar unos con otros
para armar una historia evolutiva
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o un "árbol familiar" para genes
y especies.
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La plataforma principal para secuenciar,
desde hace 30 años,
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es la secuenciación de Sanger.
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Con este método, observamos una sección
del genoma por vez.
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Con los métodos de secuenciación
de segunda generación
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la cantidad de datos obtenidos
aumenta notablemente
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porque mucho del trabajo de secuenciación
puede hacerse en paralelo
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Con el aparato de secuenciación MiSeq
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podemos producir 25 millones de secuencias
de una sola leída.
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Actualmente, existe una secuenciación
de tercera generación.
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Aquí tenemos un secuenciador MinION
de Oxford Nanopore.
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Al leer esas señales eléctricas,
podemos leer el ADN.
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Cabe en el bolsillo. Es genial.
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(risa)
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Matt Van Dam, quien trabaja con gorgojos,
utiliza esta tecnología
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para tratar de entender su historia evolutiva.
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Los gorgojos son una familia particular
de escarabajos.
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Un problema del ensamble de genomas
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es que se tienen pedacitos de información.
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Y que a veces,
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juntarlos de forma correcta
es extremadamente complicado.
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El Nanopore funciona bastante bien
con las lecturas más largas.
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Algunos de nosotros, acá en la Academia,
estamos secuenciando
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el genoma completo del pez ángel marino
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y eso incluye todos los cromosomas,
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la mitocondria entera y todo.
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Es un trabajo muy fascinante.
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Lauren trata de ver
qué genes están activos o encendidos
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y qué tipo de combinaciones
pueden producirse
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cuando estos genes se encienden o apagan.
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Lo más loco es que solo caracterizamos
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el 1% de los venenos de escorpión.
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Un único escorpión puede tener
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150 tipos de veneno en su glándula venenosa.
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Por lo tanto, tiene genes
para crear todos esos venenos
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y estos venenos son muy específicos.
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Se está investigando el uso de veneno
de escorpión para tratar el cáncer,
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la artritis, la esclerosis múltiple.
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Está usando algo llamado
RNA-Seq o transcriptómica
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y lo que se hace
es secuenciar todas las proteínas,
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es una forma de saltear
la secuenciación genómica
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y poder concentrarnos solo en el ARN,
que es lo que produce las proteínas.
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El proyecto hipocampo
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es algo en lo que trabajo hace años.
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Hemos tratado de entender
a este grupo complejo.
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Al parecer, evolucionaron muy rápidamente
y crearon varias formas,
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por eso tenemos hipocampos, peces pipa,
dragones de mar
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y todos estos peces de aspecto salvaje
y nadie sabe bien qué relación tienen,
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porque evolucionaron
y se dispersaron muy rápido
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y en un período de tiempo corto.
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Estamos usando una tecnología nueva
llamada elementos ultraconservados
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y estas son partes del genoma
que no han cambiado
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durante los cientos de millones de años,
para poder reconstruir esas ramas.
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Nuestras muestras tienen muchos anfibios,
por eso cuando los traemos,
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debemos asegurarnos de no desperdigar
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hongo quítrido al resto de los anfibios.
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Si lo pusiéramos
con el resto de las muestras,
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seguramente todos morirían.
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Básicamente, creamos unas sondas,
que son partes de ADN
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que coinciden con marcadores únicos
del hongo quítrido.
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Si la sonda coincide, tiene ese hongo.
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Si no coincide, estamos casi seguros
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de que no hay infección de hongos.
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Creo que el rol del CCG
es ayudar a que cada científico
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responda sus preguntas
y hay muy pocas preguntas
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que se pueden abordar sin datos genéticos.
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Tenemos tanta información
que se fue acumulando durante décadas,
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gracias a científicos y naturalistas
que la depositan
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en nuestra colección que incluye
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datos ecológicos asociados a ella.
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Es muy importante
que podamos descifrar ese conocimiento.
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(música)