Showing Revision 133 created 11/24/2019 by Ade Indarta.

1. Títol:
   Bagaimana kami menggunakan teknologi DNA untuk membantu petani memerangi penyakit tanaman
2. Descripció:

   Menurut ahli biologi komputasi dan TED Fellow, Laura Boykin, hampir 800 juta orang di seluruh dunia bergantung kepada singkong untuk kelangsungan hidup mereka. Namun, sumber pangan yang penting ini diserang oleh virus yang sebenarnya dapat dicegah. Laura membawa kami ke lahan pertanian di Afrika Timur, tempat dia bekerja dengan tim ilmuwan yang beragam. Di sana dia membantu petani merawat tanaman mereka agar tetap sehat, dengan dukungan laboratorium DNA portabel dan superkomputer mini yang dapat mengidentifikasi virus hanya dalam hitungan jam, tidak sampai berbulan-bulan.

3. Speaker:
   Laura Boykin
4. 991 0:01 - 0:03
   Ada 2 alasan yang membuat saya bangkit.
5. 3427 0:03 - 0:07
   Pertama, keluarga petani skala
   kecil membutuhkan lebih banyak pangan.
6. 7915 0:08 - 0:13
   Tragisnya pada 2019 petani kelaparan,
   padahal mereka yang memberi kita makan.
7. 13353 0:13 - 0:18
   Kedua, ilmu pengetahuan harus
   lebih beragam dan terbuka.
8. 18679 0:19 - 0:22
   Jika kita ingin mengatasi
   tantangan tersulit di planet bumi,
9. 22125 0:22 - 0:26
   seperti kerawanan pangan pada jutaan orang
   yang hidup di bawah garis kemiskinan,
10. 26482 0:26 - 0:29
    hal ini akan melibatkan peran kita semua.
11. 28680 0:29 - 0:31
    Saya ingin menggunakan teknologi terbaru,

    ¶

12. 31284 0:31 - 0:35
    bekerja sama dengan tim paling beragam
    dan paling terbuka di dunia
13. 34601 0:35 - 0:37
    untuk meningkatkan persediaan
    pangan petani.
14. 37545 0:38 - 0:39
    Saya adalah ahli biologi komputasi.
15. 39450 0:39 - 0:43
    Saya mempelajari bencana
    kelaparan dan cara mengatasinya.
16. 42878 0:43 - 0:46
    Pada dasarnya, saya menyukai
    ilmu komputer dan biologi
17. 46148 0:46 - 0:49
    dan menggabungkan kedua
    bidang itu sebagai pekerjaan
18. 48616 0:49 - 0:50
    (Tertawa)

    ¶

19. 49723 0:50 - 0:51
    Saya tidak pernah bercita-cita

    ¶

20. 51267 0:51 - 0:55
    menjadi seorang ahli biologi
    waktu berusia muda.
21. 54577 0:55 - 0:58
    Pada saat itu, saya senang
    bermain bola basket di kampus.
22. 58583 0:59 - 1:04
    Untuk mencukupi paket bantuan
    keuangan, saya harus bekerja paruh waktu.
23. 64300 1:04 - 1:06
    Jadi pada suatu hari,
24. 65864 1:06 - 1:09
    saya berkeliling ke gedung yang
    terdekat dengan asrama
25. 69085 1:09 - 1:12
    dan secara kebetulan
    saya sampai di gedung biologi.
26. 72347 1:12 - 1:15
    Saya masuk ke dalam dan melihat
    papan lowongan kerja.
27. 75493 1:15 - 1:18
    Ya, waktu itu adalah zaman
    pra-internet.
28. 78430 1:18 - 1:20
    Saya melihat papan
    berukuran 3 x 5
29. 80461 1:20 - 1:24
    yang mengiklankan sebuah
    lowongan kerja di laboratorium herbarium.
30. 84601 1:25 - 1:27
    Saya segera mencatat lowongan itu,
31. 86626 1:27 - 1:28
    karena jam kerjanya yang fleksibel,
32. 88355 1:28 - 1:32
    dan bisa saya lakukan
    di sela-sela jadwal bola basket.
33. 92204 1:32 - 1:37
    Saya berlari ke perpustakaan
    untuk mencari informasi tentang herbarium.
34. 96815 1:37 - 1:39
    (Tertawa)

    ¶

35. 99046 1:39 - 1:40
    Ternyata

    ¶

36. 100379 1:40 - 1:44
    herbarium adalah tempat
    menyimpan tanaman yang kering dan mati.
37. 105379 1:45 - 1:47
    Saya berhasil mendapat pekerjaan
    itu.
38. 107117 1:47 - 1:50
    Jadi pekerjaan ilmiah pertama saya
39. 110347 1:50 - 1:56
    adalah mengelem tanaman mati
    di atas kertas sepanjang hari.
40. 115706 1:56 - 1:59
    (Tertawa)

    ¶

41. 119008 1:59 - 2:00
    Ini sungguh menarik.

    ¶

42. 120182 2:00 - 2:04
    Inilah cerita awal saya menjadi
    seorang ahli biologi komputasi.
43. 124323 2:04 - 2:06
    Pada waktu itu,
44. 125530 2:06 - 2:08
    genom dan komputasi sudah dikenal luas.
45. 128276 2:08 - 2:11
    Lalu saya melanjutkan ke
    jenjang pascasarjana,
46. 130704 2:11 - 2:14
    menggabungkan ilmu biologi
    dan komputer.
47. 133823 2:14 - 2:15
    Pada saat itu,

    ¶

48. 134902 2:15 - 2:17
    saya bekerja di Lab Nasional Los Alamos,
49. 136841 2:17 - 2:20
    di kelompok teori
    biologi dan biofisika
50. 139776 2:20 - 2:24
    dan di sanalah saya pertama kali
    mengenal superkomputer,
51. 143530 2:24 - 2:25
    yang membuat saya kagum.
52. 145840 2:26 - 2:28
    Dengan kecepatan hitung superkomputer,
53. 147903 2:28 - 2:32
    yang intinya adalah ribuan komputer
    pribadi yang tersambung dengan steroid,
54. 152150 2:32 - 2:38
    kami berhasil menemukan
    kerumitan penyakit flu dan hepatitis C.
55. 158134 2:38 - 2:40
    Saat itu saya melihat keunggulan
56. 160489 2:40 - 2:45
    penggunaan kombinasi komputer
    dan biologi untuk kemanusiaan
57. 164633 2:45 - 2:47
    dan memilih bidang ini sebagai
    jalan karier saya.
58. 168030 2:48 - 2:50
    Jadi, sejak tahun 1999,
59. 169807 2:50 - 2:53
    saya menghabiskan sebagian
    besar waktu sebagai ilmuwan
60. 172553 2:53 - 2:54
    di laboratorium berteknologi mutakhir,
61. 174506 2:55 - 2:57
    yang dilengkapi dengan alat-alat
    sangat mahal.
62. 177712 2:58 - 2:59
    Banyak orang ingin mengetahui

    ¶

63. 179379 2:59 - 3:03
    cara dan alasan saya bekerja
    untuk para petani di Afrika.
64. 183804 3:04 - 3:06
    Jadi, karena keahlian komputer
    yang saya miliki,
65. 186130 3:06 - 3:11
    pada tahun 2013, tim peneliti
    Afrika Timur
66. 190693 3:11 - 3:15
    meminta saya bergabung di dalam
    tim untuk menyelamatkan tanaman singkong.
67. 195406 3:15 - 3:21
    Daun dan umbi singkong dimakan
    oleh 800 juta orang di seluruh dunia
68. 200619 3:21 - 3:24
    [800 juta orang bergantung pada singkong
    untuk kalori harian mereka]
69. 203952 3:24 - 3:27
    dan 500 juta orang di Afrika Timur.
70. 206994 3:27 - 3:29
    Jadi, hampir 1 juta manusia
71. 209025 3:29 - 3:32
    bergantung pada tanaman ini
    untuk memenuhi kalori sehari-hari.
72. 212581 3:33 - 3:36
    Jika keluarga petani skala kecil
    memiliki cukup banyak tanaman singkong,
73. 216450 3:36 - 3:39
    mereka dapat memberi makan keluarga
    
74. 218618 3:39 - 3:43
    dan menjualnya ke pasar untuk membayar
    pos penting seperti biaya sekolah,
75. 222688 3:43 - 3:45
    biaya kesehatan dan tabungan.
76. 225752 3:46 - 3:49
    Namun, tanaman singkong
    di Afrika terserang hama.

    ¶

77. 229665 3:50 - 3:54
    Kutu putih (kebul) dan virus
    menyerang tanaman singkong.
78. 234593 3:55 - 3:57
    Kutu putih adalah serangga kecil
79. 236823 3:57 - 4:00
    yang memakan daun lebih
    dari 600 jenis tanaman.
80. 239625 4:00 - 4:01
    Keberadaan mereka adalah
    berita buruk.
81. 241490 4:01 - 4:03
    Memiliki banyak spesies;
82. 242673 4:03 - 4:05
    kutu putih resistan terhadap
    pestisida;
83. 244966 4:05 - 4:08
    dan menularkan ratusan
    virus tanaman
84. 249254 4:09 - 4:12
    yang mengakibatkan penyakit bercak coklat
85. 251792 4:12 - 4:14
    dan penyakit mozaik pada tanaman singkong.
86. 254085 4:14 - 4:17
    Penyakit ini benar-benar mematikan.
87. 257038 4:17 - 4:19
    Jika tidak ada singkong,
88. 258879 4:19 - 4:23
    tidak akan ada makanan dan
    penghasilan untuk jutaan manusia.
89. 264001 4:24 - 4:27
    Saya melakukan perjalanan ke Tanzania

    ¶

90. 266581 4:27 - 4:29
    karena saya sadar para wanita
    di sana memerlukan bantuan.
91. 269403 4:29 - 4:33
    Keluarga para petani skala kecil
    yang tangguh dan luar biasa ini,
92. 273350 4:33 - 4:35
    mayoritas petani perempuan,
93. 274972 4:35 - 4:37
    menjalani hidup dengan tangguh.
94. 276744 4:37 - 4:39
    Mereka tidak bisa memenuhi
    kebutuhan pangan keluarga
95. 279204 4:39 - 4:41
    dan ini adalah krisis nyata.
96. 281530 4:42 - 4:43
    Kenyataan yang terjadi adalah
97. 283053 4:43 - 4:46
    mereka pergi ke lahan dan
    menanam singkong di musim hujan.
98. 286069 4:46 - 4:48
    Sembilan bulan kemudian,
99. 287759 4:48 - 4:51
    tidak ada yang dapat dipanen,
    karena serangan hama dan patogen.
100. 290903 4:51 - 4:53
     Saya berpikir,
101. 293085 4:53 - 4:56
     mengapa petani bisa menderita kelaparan?
102. 295885 4:56 - 4:59
     Jadi saya putuskan untuk
     menghabiskan waktu di lapangan

     ¶

103. 299159 4:59 - 5:01
     bersama para petani dan peneliti
104. 300863 5:01 - 5:04
     untuk membantu mereka dengan
     keahlian yang saya miliki.
105. 304427 5:04 - 5:07
     Situasi di lapangan sungguh mengejutkan.
106. 307307 5:07 - 5:12
     Kutu putih merusak bagian daun
     yang mengandung protein,
107. 311601 5:12 - 5:15
     dan virus merusak bagian umbi
     yang mengandung pati singkong.
108. 315592 5:16 - 5:18
     Ketika musim tanam berakhir,
109. 318061 5:18 - 5:22
     para petani kehilangan
     pendapatan dan makanan sepanjang tahun,
110. 322195 5:22 - 5:25
     dan keluarga akan menderita
     bencana kelaparan yang panjang.
111. 325942 5:26 - 5:28
     Hal ini sesungguhnya dapat dicegah.
112. 328046 5:28 - 5:29
     Jika petani mengetahui
113. 329394 5:29 - 5:32
     varietas singkong yang cocok
     ditanam di lahan,
114. 332482 5:32 - 5:35
     yang tahan terhadap serangan
     virus dan patogen tersebut,
115. 335521 5:36 - 5:39
     mereka akan memiliki lebih
     banyak cadangan makanan.
116. 338760 5:39 - 5:42
     Kita mempunyai semua teknologi
     yang dibutuhkan,

     ¶

117. 341619 5:42 - 5:45
     tetapi pengetahuan dan sumber daya
118. 344847 5:45 - 5:48
     belum tersebar secara merata ke
     seluruh dunia.
119. 348712 5:49 - 5:51
     Jadi maksud saya adalah
120. 351298 5:51 - 5:53
     teknologi genom terdahulu
121. 353174 5:53 - 5:56
     yang dibutuhkan untuk
     meneliti kerumitan
122. 356061 5:56 - 5:59
     hama dan patogen ini
123. 359147 5:59 - 6:02
     tidak cocok untuk Afrika sub-Sahara.
124. 363058 6:03 - 6:05
     Teknologi itu berharga jutaan dollar;
125. 364973 6:05 - 6:07
     membutuhkan tenaga listrik yang stabil
     
126. 367335 6:07 - 6:09
     dan sumber daya manusia yang cakap.
127. 369970 6:10 - 6:13
     Mesin ini masih sangat langka,
128. 372855 6:13 - 6:17
     sehingga banyak ilmuwan harus
     bertarung di garis terdepan tanpa pilihan,
129. 377500 6:18 - 6:19
     hanya mengirimkan sampel ke luar negeri.
130. 379523 6:20 - 6:21
     Ketika sampel dikirim ke luar negeri,
131. 381507 6:22 - 6:24
     sampel akan rusak sehingga
     menimbulkan banyak biaya.
132. 384157 6:24 - 6:27
     Pengembalian data menggunakan
     jaringan internet yang lambat
133. 387348 6:27 - 6:29
     tidak mungkin dilakukan.
134. 388782 6:29 - 6:33
     Terkadang diperlukan waktu
     6 bulan untuk mengirimkan hasil ke petani.
135. 392665 6:33 - 6:35
     Ketika itu terjadi, semua sudah terlambat.
136. 395243 6:35 - 6:37
     Tanaman singkong telah mati,
137. 396854 6:37 - 6:40
     akibatnya kemiskinan dan
     kelaparan semakin memburuk.
138. 401306 6:41 - 6:43
     Kami yakin bisa mengatasi hal ini.

     ¶

139. 403989 6:44 - 6:45
     Di tahun 2017,
140. 405417 6:45 - 6:50
     kami mendengar tentang peranti
     genggam portabel pengurut (sekuens) DNA
141. 410227 6:50 - 6:53
     yaitu "Oxford Nanopore MinION".
142. 412760 6:53 - 6:57
     Peranti ini sudah digunakan di
     Afrika Barat untuk memerangi Ebola.
143. 416937 6:57 - 6:58
     Kami berpikir:
144. 418458 6:58 - 7:02
     Mengapa tidak menggunakannya
     untuk petani di Afrika Timur?
145. 421768 7:02 - 7:06
     Jadi, kami memutuskan untuk
     menggunakan peranti itu.
146. 426609 7:07 - 7:09
     Pada waktu itu, teknologi tersebut
     masih baru
147. 429301 7:09 - 7:13
     dan banyak yang meragukan kemampuan
     kami menggunakan peranti ini di lahan.
148. 432879 7:13 - 7:14
     Ketika memulai proyek ini,
149. 434220 7:14 - 7:18
     salah satu peneliti dari Inggris
150. 438075 7:18 - 7:22
     meragukan kemampuan kami mengatasi
     masalah di Afrika Timur dengan peranti ini
151. 441776 7:22 - 7:23
     apalagi di lahan pertanian.
152. 443863 7:24 - 7:26
     Kami menerima tantangan ini.
153. 445934 7:26 - 7:32
     Peneliti tersebut bahkan bertaruh dengan
     kami, dengan dua botol sampanye terbaik,
154. 452411 7:32 - 7:35
     bahwa kami tidak akan berhasil.
155. 456871 7:37 - 7:38
     Dua kata:
156. 458474 7:38 - 7:40
     terbayar lunas.
157. 459649 7:40 - 7:42
     (Tertawa)

     ¶

158. 461847 7:42 - 7:46
     (Tepuk Tangan)

     ¶

159. 466023 7:46 - 7:49
     Terbayar lunas, karena kami berhasil.

     ¶

160. 468720 7:49 - 7:52
     Kami menyediakan laboratorium molekuler
     portabel dengan teknologi mutakhir
161. 472269 7:52 - 7:56
     untuk para petani di Tanzania,
     Kenya dan Uganda,
162. 475942 7:56 - 7:59
     yang kami beri nama "Tree Lab".
163. 478942 7:59 - 8:00
     Apa yang kami lakukan?
164. 480157 8:00 - 8:02
     Pertama, kami memberi nama tim -
165. 482390 8:02 - 8:05
     yaitu "Cassava Virus Action Project".
166. 484958 8:05 - 8:06
     Kami membuat situs web,
167. 486339 8:06 - 8:10
     mencari dukungan dari komunitas
     genom dan komputasi,
168. 489974 8:10 - 8:12
     dan mulai mendatangi para petani.
     
169. 492411 8:12 - 8:15
     Segala sesuatu yang kami
     butuhkan untuk "Tree Lab"
170. 495244 8:15 - 8:18
     dibawa oleh tim.
171. 497677 8:18 - 8:22
     Semua kebutuhan molekuler dan
     komputasi yang diperlukan
172. 501748 8:22 - 8:25
     untuk mendiagnosa tanaman sakit
     juga dibawa oleh mereka.
173. 505431 8:25 - 8:28
     Semuanya ada di dalam
     laboratorium portabel ini.
174. 509161 8:29 - 8:33
     Jika kami bisa mengambil data langsung
     dari lokasi tempat terjadinya masalah

     ¶

175. 512772 8:33 - 8:34
     dan lebih dekat dengan petani,
176. 514414 8:34 - 8:38
     semakin cepat kami menemukan
     masalah yang terjadi pada tanaman mereka.
177. 518169 8:38 - 8:40
     Kami bukan hanya memberitahukan masalah

     ¶

178. 520026 8:40 - 8:41
     tetapi juga memberikan solusi.
179. 521482 8:41 - 8:43
     Solusinya adalah,
180. 522831 8:43 - 8:45
     membakar lahan dan menanam varietas
181. 525478 8:45 - 8:49
     yang tahan terhadap serangan
     hama dan patogen yang ada di lahan.
182. 529482 8:49 - 8:54
     Jadi langkah pertama adalah
     melakukan ekstraksi DNA,
183. 534170 8:54 - 8:57
     menggunakan mesin yang tampak di layar.
184. 537050 8:57 - 9:00
     Mesin ini disebut PDQeX,
185. 540273 9:00 - 9:04
     kepanjangan dari "Pretty Damn
     Quick Extraction (Ekstraksi Super Kilat)."
186. 544188 9:04 - 9:06
     (Tertawa)

     ¶

187. 546260 9:06 - 9:07
     Menarik bukan?

     ¶

188. 547768 9:08 - 9:10
     Teman saya, Joe, memang luar biasa.
189. 551394 9:11 - 9:15
     Salah satu tantangan terbesar
     dalam melakukan ekstraksi DNA
190. 554778 9:15 - 9:18
     adalah kebutuhan peralatan yang
     sangat mahal
191. 558117 9:18 - 9:20
     dan perlu waktu berjam-jam.
192. 559545 9:20 - 9:21
     Tetapi dengan mesin ini,
193. 561061 9:21 - 9:24
     kami hanya butuh waktu 20 menit,

     ¶

194. 563839 9:24 - 9:25
     dengan biaya yang rendah
195. 565109 9:25 - 9:28
     dan mesin ini hanya menggunakan
     aki motor.
196. 568764 9:29 - 9:34
     Kemudian, kami mengambil
     ekstraksi DNA, menyiapkan pustaka genomik,

     ¶

197. 574041 9:34 - 9:36
     menyiapkan ekstraksi untuk dimasukkan
198. 576134 9:36 - 9:40
     ke dalam peranti genggam
     portabel pengurut (sekuens) genom,
199. 580450 9:40 - 9:42
     seperti tampak di sini,
200. 581625 9:42 - 9:45
     kemudian kita sambung dengan
     sebuah superkomputer mini,
201. 585387 9:45 - 9:47
     yang disebut "MinIT".
202. 587728 9:48 - 9:52
     Kedua alat dihubungkan dengan
     perangkat pengisi daya portabel,
203. 592569 9:53 - 9:54
     sehingga kami berhasil mengurangi
204. 594466 9:54 - 9:57
     kebutuhan listrik utama dan internet,
205. 596895 9:57 - 10:01
     yang merupakan 2 faktor
     penghambat di lahan petani skala kecil.
206. 601807 10:02 - 10:05
     Menganalisis data secara cepat
     juga sulit dilakukan.
207. 605033 10:05 - 10:09
     Namun, kasus ini menunjukkan
     pentingnya seorang ahli biologi komputasi.
208. 609382 10:09 - 10:12
     Semua kegiatan penempelan
     tanaman mati
209. 611636 10:12 - 10:13
     dan pengukuran,
210. 613220 10:13 - 10:15
     serta keahlian komputasi
211. 615236 10:15 - 10:19
     pada akhirnya bermanfaat di dunia
     nyata dan waktu nyata.
212. 619411 10:19 - 10:22
     Saya berhasil membuat pangkalan
     data tersuai
213. 622488 10:22 - 10:27
     dan memberikan hasilnya ke
     petani hanya dalam waktu 3 jam,
214. 626587 10:27 - 10:30
     tidak sampai 6 bulan.
215. 629694 10:30 - 10:37
     (Tepuk tangan )

     ¶

216. 638085 10:38 - 10:41
     Para petani sangat gembira.

     ¶

217. 640749 10:41 - 10:44
     Apakah kontribusi yang kami
     berikan benar-benar membantu?
218. 643915 10:44 - 10:46
     Sembilan bulan setelah
     kegiatan di "Tree Lab",
219. 646473 10:46 - 10:50
     petani bernama Asha berhasil meningkatkan
     hasil panen dari 0 ton per hektar
220. 650197 10:50 - 10:52
     menjadi 40 ton per hektar.
221. 651929 10:52 - 10:54
     Dia mampu memberi makan keluarganya
222. 653752 10:54 - 10:56
     dan berhasil menjual hasil panen ke pasar.
223. 656466 10:56 - 10:59
     Saat ini, dia sedang membangun
     rumah bagi keluarganya.
224. 660212 11:00 - 11:01
     Ya, sungguh luar biasa.
225. 661395 11:01 - 11:05
     (Tepuk tangan)

     ¶

226. 665433 11:05 - 11:08
     Bagaimana kami mengukur
     keberhasilan "Tree Lab"?

     ¶

227. 667940 11:08 - 11:09
     Tolok ukurnya adalah,
228. 669344 11:09 - 11:11
     para petani di Afrika.
229. 671451 11:11 - 11:14
     Para wanita ini bekerja dalam
     kelompok tani.
230. 673580 11:14 - 11:18
     Menolong Asha berarti
     membantu 3000 orang di desanya,
231. 677534 11:18 - 11:21
     karena dia membagikan hasil
     panen beserta cara mengatasi masalah.
232. 681673 11:22 - 11:26
     Saya masih ingat setiap petani
     yang pernah saya temui.

     ¶

233. 686665 11:27 - 11:30
     Kesedihan dan kegembiraan mereka
234. 690252 11:30 - 11:32
     terukir dalam ingatan saya.
235. 692958 11:33 - 11:35
     Ilmu pengetahuan kami berguna
     untuk mereka.
236. 695711 11:36 - 11:41
     "Tree Lab" adalah usaha terbaik kami
     untuk memenuhi ketahanan pangan petani.
237. 701180 11:41 - 11:43
     Saya tidak pernah bermimpi
238. 702880 11:43 - 11:46
     berhasil memberikan kontribusi
     ilmu pengetahuan terbaik
239. 706024 11:46 - 11:49
     di wilayah Afrika Timur,
240. 709351 11:49 - 11:52
     didukung oleh peranti genom
     dengan teknologi termutakhir.
241. 712312 11:52 - 11:55
     Namun, tim kami bermimpi
242. 714788 11:55 - 11:59
     dapat memberikan solusi bagi petani
     hanya dalam waktu 3 jam, bukan 6 bulan,
243. 718942 11:59 - 12:01
     dan kami berhasil melakukannya.
244. 720542 12:01 - 12:05
     Itulah manfaat keberagaman dan
     keterbukaan dalam ilmu pengetahuan.
245. 725156 12:05 - 12:06
     Terima kasih.

     ¶

246. 726331 12:06 - 12:09
     (Tepuk tangan)

     ¶

247. 729506 12:10 - 12:14
     (Tepuk tangan)

     ¶