Showing Revision 12 created 03/12/2020 by Sanda L.

1. Títol:
   Kako koristimo DNA tehnologiju da pomognemo poljoprivrednicima u borbi protiv bolesti usjeva
2. Descripció:

   Gotovo 800 milijuna ljudi širom svijeta ovisi o kasavi za opstanak - ali ovaj kritični izvor hrane napadaju virusi, koji se mogu potpuno spriječiti, kaže računalna biologinja i starija TED suradnica Laura Boykin. Vodi nas na farme u istočnoj Africi gdje radi s raznolikim timom znanstvenika kako bi pomogli poljoprivrednicima održati svoje usjeve zdravima, koristeći prijenosni DNA laboratorij i mini superračunalo, koje može identificirati viruse u satima, umjesto u mjesecima.

3. Speaker:
   Laura Boykin
4. 991 0:01 - 0:03
   Ustajem iz kreveta radi dva razloga.
5. 3341 0:03 - 0:07
   Prvi, mali obiteljski poljoprivrednici
   trebaju više hrane.
6. 7738 0:08 - 0:13
   Suludo je da su u 2019. poljoprivrednici,
   koji nas hrane, gladni.
7. 13353 0:13 - 0:18
   I drugi, znanost mora biti
   raznolikija i sveobuhvatnija.
8. 18679 0:19 - 0:22
   Ako ćemo rješavati
   najteže izazove na planeti,
9. 22125 0:22 - 0:26
   kao nesigurnost oko hrane za milijune
   koji žive u ekstremnom siromaštvu,
10. 26482 0:26 - 0:28
    bit ćemo potrebni svi.
11. 28680 0:29 - 0:31
    Želim iskoristiti najnoviju tehnologiju

    ¶

12. 31284 0:31 - 0:35
    s najraznolikijim
    i sveobuhvatnim timovima na planetu
13. 34601 0:35 - 0:37
    kako bismo pomogli poljoprivrednicima
    da imaju više hrane.
14. 37545 0:38 - 0:39
    Ja sam računalna biologinja.
15. 39450 0:39 - 0:43
    Znam - što je to
    i kako će to zaustaviti glad?
16. 42878 0:43 - 0:46
    U osnovi, volim računala i biologiju
17. 46148 0:46 - 0:49
    i nekako, stavljajući to zajedno, je posao.
18. 48616 0:49 - 0:50
    (Smijeh)

    ¶

19. 49723 0:50 - 0:51
    Nemam priču

    ¶

20. 51267 0:51 - 0:55
    o tome kako sam htjela biti biolog
    od malih nogu.
21. 54577 0:55 - 0:58
    Istina je, igrala sam
    košarku na fakultetu.
22. 58585 0:59 - 1:04
    I dio mog paketa financijske pomoći
    bio je da sam trebala studentski posao.
23. 64300 1:04 - 1:06
    Tako jednog slučajnog dana,
24. 65864 1:06 - 1:09
    odšetala sam do zgrade najbliže
    mojoj studentskoj sobi.
25. 69231 1:09 - 1:12
    I tako se dogodilo da je to bila
    zgrada biologije.

    ¶

26. 72347 1:12 - 1:15
    Ušla sam unutra i pogledala
    oglasnu ploču za poslove.

    ¶

27. 75493 1:15 - 1:18
    Da, to je prije interneta.
28. 78430 1:18 - 1:20
    I vidjela sam tri puta pet karticu
29. 80461 1:20 - 1:24
    koja oglašava posao za rad u herbariju.
30. 84601 1:25 - 1:27
    I brzo sam zapisala broj,
31. 86602 1:27 - 1:29
    jer je pisalo "fleksibilno radno vrijeme,"
32. 88665 1:29 - 1:32
    i to mi je trebalo da uskladim
    s mojim rasporedom košarke.
33. 92204 1:32 - 1:37
    Otrčala sam u knjižnicu
    da istražim što je herbarij.
34. 96815 1:37 - 1:39
    (Smijeh)

    ¶

35. 99046 1:39 - 1:40
    I ispada

    ¶

36. 100379 1:40 - 1:44
    da u herbarij pohranjuju
    mrtve, osušene biljke.
37. 105379 1:45 - 1:47
    Imala sam sreće dobiti posao.
38. 107117 1:47 - 1:50
    Dakle, moj prvi znanstveni posao
39. 110347 1:50 - 1:56
    bio je lijepljenje mrtvih biljaka
    na papir satima.
40. 115706 1:56 - 1:59
    (Smijeh)

    ¶

41. 119008 1:59 - 2:00
    Tako je glamurozno.

    ¶

42. 120182 2:00 - 2:03
    Tako sam postala računalna biologinja.
43. 124323 2:04 - 2:06
    Tijekom tog vremena,
44. 125530 2:06 - 2:08
    genomika i računalstvo su napredovali.
45. 128276 2:08 - 2:11
    I nastavila sam raditi svoj magisterij
46. 130704 2:11 - 2:14
    kombinirajući biologiju i računala.
47. 133629 2:14 - 2:15
    Tijekom tog vremena,

    ¶

48. 134808 2:15 - 2:17
    radila sam u Los Alamos
    Nacionalnom laboratoriju
49. 136995 2:17 - 2:19
    u grupi teorijske biologije i biofizike.
50. 139776 2:20 - 2:24
    I tamo sam imala
    svoj prvi susret sa superračunalom,
51. 143530 2:24 - 2:25
    i ostala sam bez teksta.
52. 145840 2:26 - 2:28
    Sa snagom superračunalstva,
53. 147903 2:28 - 2:32
    što su u osnovi tisuće
    spojenih osobnih računala na steroidima,
54. 152141 2:32 - 2:38
    bili smo u mogućnosti otkriti
    složenosti influence i hepatitisa C.
55. 158134 2:38 - 2:40
    I bilo je tijekom tog vremena
    da sam otkrila moć
56. 160489 2:40 - 2:45
    kombinirane upotrebe računala
    i biologije, za čovječanstvo.
57. 164633 2:45 - 2:47
    I htjela sam da to bude put moje karijere.
58. 168030 2:48 - 2:50
    Dakle, od 1999. godine
59. 169831 2:50 - 2:53
    većinu svoje znanstvene karijere
    sam provela
60. 172553 2:53 - 2:54
    u tehnološki vrhunskim laboratorijima,
61. 174506 2:55 - 2:57
    okružena veoma skupom opremom.
62. 177712 2:58 - 2:59
    Tako me mnogi pitaju

    ¶

63. 179379 2:59 - 3:03
    kako i zašto radim
    za poljoprivrednike u Africi.
64. 183804 3:04 - 3:06
    Pa, radi mojih računalskih sposobnosti,
65. 186126 3:06 - 3:11
    2013. godine, tim
    istočnoafričkih znanstvenika
66. 190693 3:11 - 3:15
    zamolio me da se pridružim timu
    u stanju spašavanja kasave.
67. 195766 3:16 - 3:23
    Kasava je biljka čiji listovi i korijenje
    hrane 800 milijuna ljudi globalno.
68. 203639 3:24 - 3:27
    I 500 milijuna u istočnoj Africi.
69. 206994 3:27 - 3:29
    Dakle, to je skoro milijarda ljudi
70. 209025 3:29 - 3:32
    koji se oslanjanju na tu biljku
    za dnevne kalorije.
71. 212581 3:33 - 3:36
    Ako mala obiteljska poljoprivrednica
    ima dosta kasave,
72. 216450 3:36 - 3:39
    ona može prehraniti svoju obitelj
73. 218618 3:39 - 3:43
    i može je prodati na tržnici
    za važne stvari poput školarina,
74. 222688 3:43 - 3:45
    liječničke troškove i ušteđevinu.
75. 225752 3:46 - 3:49
    Ali kasava je pod napadom u Africi.

    ¶

76. 229665 3:50 - 3:54
    Bijele muhe i virusi su porazni za kasavu.
77. 234593 3:55 - 3:57
    Bijele muhe su sitni insekti
78. 236823 3:57 - 4:00
    koji se hrane
    lišćem više od 600 biljaka.
79. 239665 4:00 - 4:01
    Loša su vijest.
80. 241490 4:01 - 4:03
    Postoji mnogo vrsta;
81. 242673 4:03 - 4:05
    postanu otporne na pesticide
82. 244966 4:05 - 4:09
    i prenose stotine biljnih virusa
83. 249244 4:09 - 4:12
    koji uzrokuju na kasavi bolest smeđe pruge
84. 251792 4:12 - 4:14
    i mozaičnu bolest.
85. 254085 4:14 - 4:16
    Ovo potpuno ubija biljku.
86. 257038 4:17 - 4:19
    Ako nema kasave,
87. 258879 4:19 - 4:23
    nema hrane ili prihoda za milijune ljudi.
88. 264141 4:24 - 4:27
    Trebao mi je jedan put u Tanzaniju

    ¶

89. 266641 4:27 - 4:29
    da shvatim da ove žene trebaju pomoć.
90. 269403 4:29 - 4:34
    Ovi nevjerojatni, jaki,
    mali obiteljski poljoprivrednici,
91. 273680 4:34 - 4:35
    većinom žene,
92. 274972 4:35 - 4:36
    rade teško.
93. 276744 4:37 - 4:39
    Nemaju dovoljno hrane
    da prehrane svoje obitelji
94. 279204 4:39 - 4:41
    i to je prava kriza.
95. 281530 4:42 - 4:43
    Što se događa je
96. 283053 4:43 - 4:46
    izađu i sade polja kasave kada dođe kiša.
97. 286069 4:46 - 4:48
    Devet mjeseci poslije,
98. 287799 4:48 - 4:51
    nema ničega, zbog ovih
    štetočina i patogena.
99. 290903 4:51 - 4:53
    I pomislih,
100. 293085 4:53 - 4:56
     kako pobogu mogu
     poljoprivrednici biti gladni?
101. 296815 4:57 - 4:59
     Tako sam odlučila provesti
     neko vrijeme na tlu

     ¶

102. 299135 4:59 - 5:01
     s poljoprivrednicima i znanstvenicima
103. 300893 5:01 - 5:04
     da vidim imam li bilokakve vještine
     koje bi mogle pomoći.
104. 304427 5:04 - 5:07
     Situacija na tlu je bila šokantna.
105. 307307 5:07 - 5:12
     Bijele muhe su uništile listove
     koji se jedu radi proteina,
106. 311601 5:12 - 5:15
     i virusi su uništili korijenje
     koje se jede radi škroba.
107. 315592 5:16 - 5:18
     Proći će čitava sezona rasta
108. 318061 5:18 - 5:22
     i poljoprivrednici će izgubiti
     cijelu godinu prihoda i hrane,
109. 322195 5:22 - 5:25
     a obitelj će patiti od duge sezone gladi.
110. 325942 5:26 - 5:28
     Ovo se može potpuno spriječiti.
111. 328022 5:28 - 5:29
     Ako bi poljoprivrednica znala
112. 329464 5:29 - 5:32
     koju vrstu kasave posaditi na svom polju,
113. 332506 5:33 - 5:37
     koja je otporna na te viruse i patogene,
114. 336831 5:37 - 5:39
     imali bi više hrane.
115. 338760 5:39 - 5:42
     Imamo svu tehnologiju
     koja nam je potrebna,

     ¶

116. 341619 5:42 - 5:45
     ali znanje i resursi
117. 344847 5:45 - 5:48
     nisu jednoliko raspoređeni širom svijeta.
118. 348712 5:49 - 5:51
     Dakle, ono što konkretno mislim je,
119. 351298 5:51 - 5:53
     starije genomske tehnologije
120. 353174 5:53 - 5:56
     koje su bile tražene otkriti složenosti
121. 356061 5:56 - 5:59
     u ovim štetočinama i patogenima -
122. 359147 5:59 - 6:02
     ove tehnologije nisu bile napravljene
     za podsaharsku Afriku.
123. 363058 6:03 - 6:05
     One koštaju više od milijun dolara;
124. 365423 6:05 - 6:07
     zahtijevaju stalno napajanje
125. 367335 6:07 - 6:09
     i specijalizirani ljudski kapacitet.
126. 369970 6:10 - 6:13
     Ovi uređaji su rijetki na kontinentu,
127. 372855 6:13 - 6:17
     što ostavlja mnoge znanstvenike
     da se bore na frontovima bez izbora
128. 377500 6:18 - 6:19
     nego da šalju uzorke u inozemstvo.
129. 379523 6:20 - 6:21
     I kada pošaljete uzorke u inozemstvo,
130. 381507 6:22 - 6:24
     uzorci se razgrade, košta puno novca
131. 384157 6:24 - 6:27
     i pokušavati vratiti podatke
     preko slabog interneta
132. 387348 6:27 - 6:29
     je gotovo nemoguće.
133. 389142 6:29 - 6:33
     Pa ponekad treba šest mjeseci kako bi
     rezultati došli do poljoprivrednika.
134. 393465 6:33 - 6:35
     A do tada je prekasno.
135. 395243 6:35 - 6:37
     Usjev je već propao,
136. 396854 6:37 - 6:40
     što rezultira daljnjim siromaštvom
     i više gladi.
137. 401306 6:41 - 6:43
     Znali smo da to možemo popraviti.

     ¶

138. 403989 6:44 - 6:45
     2017. godine
139. 405417 6:45 - 6:50
     čuli smo za ovaj ručni,
     prijenosni DNA sekvenator
140. 410227 6:50 - 6:53
     zvan Oxford Nanopore MinION.
141. 412760 6:53 - 6:57
     Ovo se bilo koristilo
     u zapadnoj Africi u borbi protiv ebole.
142. 416937 6:57 - 6:58
     Pa smo pomislili:
143. 418438 6:58 - 7:02
     zašto to ne možemo koristiti da pomognemo
     poljoprivrednicima u istočnoj Africi?
144. 422598 7:03 - 7:06
     Dakle, što smo učinili,
     odlučili smo se na to.
145. 426609 7:07 - 7:09
     U to vrijeme,
     tehnologija je bila vrlo nova
146. 429331 7:09 - 7:12
     i mnogi su sumnjali
     da možemo ovo ponoviti na farmi.
147. 432879 7:13 - 7:14
     Kad smo se odlučili za to,
148. 434220 7:14 - 7:18
     jedan od naših "suradnika" u UK
149. 438125 7:18 - 7:22
     rekao nam je da nam to nikada
     neće funkcionirati u istočnoj Africi,
150. 441776 7:22 - 7:23
     a kamoli na farmi.
151. 443863 7:24 - 7:26
     Pa smo prihvatili izazov.
152. 445934 7:26 - 7:30
     Ta osoba je čak otišla toliko daleko
     da se kladila s nama
153. 449751 7:30 - 7:35
     u dvije najbolje boce šampanjca
     da nam to nikada neće proraditi.
154. 456871 7:37 - 7:38
     Dvije riječi:
155. 458474 7:38 - 7:40
     plati nam.
156. 459649 7:40 - 7:42
     (Smijeh)

     ¶

157. 461847 7:42 - 7:46
     (Pljesak)

     ¶

158. 465719 7:46 - 7:49
     Plati nam, jer smo to i učinili.

     ¶

159. 468960 7:49 - 7:52
     Cijeli visokotehnološki
     molekularni laboratorij smo odnijeli
160. 472269 7:52 - 7:56
     poljoprivrednicima
     Tanzanije, Kenije i Ugande,
161. 475942 7:56 - 7:58
     nazvali smo ga Stablo laboratorijem.
162. 478942 7:59 - 8:00
     Dakle, što smo napravili?
163. 480157 8:00 - 8:03
     Dakle, kao prvo,
     dali smo sebi timsko ime --
164. 482760 8:03 - 8:05
     zove se Akcijski Projekt Virusa Kasave.
165. 484958 8:05 - 8:06
     Napravili smo web stranicu,
166. 486339 8:06 - 8:10
     skupili smo podršku genomike
     i računalnih zajednica,
167. 489974 8:10 - 8:12
     i otišli smo k poljoprivrednicima.
168. 492411 8:12 - 8:15
     Sve što trebamo za naš Stablo laboratorij
169. 495244 8:15 - 8:18
     održava tim ovdje.
170. 497677 8:18 - 8:22
     Svi molekularni i računalski
     zahtjevi potrebni
171. 501748 8:22 - 8:25
     za dijagnosticiranje
     oboljelih biljaka su tamo.
172. 505431 8:25 - 8:28
     I zapravo je sve
     i na ovoj pozornici ovdje.
173. 509161 8:29 - 8:33
     Skužili smo da ako podatke
     približimo problemu

     ¶

174. 512771 8:33 - 8:34
     i bliže poljoprivrednici,
175. 514414 8:34 - 8:38
     brže joj možemo reći
     što nije bilo u redu s njenom biljkom.

     ¶

176. 518139 8:38 - 8:40
     I ne samo joj reći što nije bilo u redu --
177. 520036 8:40 - 8:41
     dati joj riješenje.
178. 521482 8:41 - 8:43
     I riješenje je
179. 522831 8:43 - 8:45
     spaliti polje i posaditi sorte
180. 525478 8:45 - 8:49
     koje su otporne na štetočine
     i patogene koje ima u svom polju.
181. 529942 8:50 - 8:54
     Dakle, prvo što smo učinili,
     morali smo ekstrahirati DNA.
182. 534170 8:54 - 8:57
     I koristili smo ovaj uređaj ovdje.
183. 537050 8:57 - 9:00
     Zove se PVBeX,
184. 540273 9:00 - 9:04
     što znači
     "Poprilično Vraški Brza Ekstrakcija."
185. 544188 9:04 - 9:06
     (Smijeh)

     ¶

186. 546260 9:06 - 9:07
     Znam.

     ¶

187. 547768 9:08 - 9:10
     Moj prijatelj Joe je stvarno super.
188. 551394 9:11 - 9:15
     Jedan od najvećih izazova
     u izvođenju ekstrakcije DNA
189. 554778 9:15 - 9:18
     je što zahtijeva vrlo skupu opremu
190. 558117 9:18 - 9:20
     i traje satima.
191. 559545 9:20 - 9:21
     Ali ovim uređajem
192. 561061 9:21 - 9:24
     uspjeli smo to izvesti u 20 minuta,
193. 563839 9:24 - 9:25
     uz puno manji trošak.
194. 565109 9:25 - 9:28
     I pokreće ga baterija za motocikle.
195. 569164 9:29 - 9:34
     Odatle, uzmemo DNA ekstrakciju
     i pripremimo je u knjižnicu,

     ¶

196. 574331 9:34 - 9:36
     spremajući je za učitavanje
197. 576134 9:36 - 9:40
     na ovaj prijenosni, ručni sekvencer genoma
198. 580450 9:40 - 9:41
     koji je ovdje,
199. 581481 9:41 - 9:45
     i onda uključimo ovo u mini superračunalo,
200. 585387 9:45 - 9:47
     koji se zove MinIT.
201. 587728 9:48 - 9:52
     I obje ove stvari su priključene
     na prijenosni baterijski sustav.
202. 592569 9:53 - 9:54
     Tako da smo uspjeli ukloniti
203. 594466 9:54 - 9:57
     potrebe za glavnom strujom i internetom,
204. 596895 9:57 - 10:01
     koji su dva vrlo ograničavajuća faktora
     na maloj obiteljskoj farmi.
205. 601807 10:02 - 10:05
     Brza analiza podataka
     također može biti problem.
206. 605033 10:05 - 10:09
     Ali tu je korisno to
     što sam računalska biologinja.
207. 609382 10:09 - 10:12
     Sve to lijepljenje mrtvih biljaka,
208. 611636 10:12 - 10:13
     sva ta mjerenja,
209. 613220 10:13 - 10:15
     svo to računalstvo
210. 615236 10:15 - 10:19
     napokon je korisno
     u stvarnom svijetu, u stvarnom vremenu.
211. 619411 10:19 - 10:22
     Uspjela sam napraviti
     prilagođene baze podataka
212. 622488 10:22 - 10:27
     i uspjeli smo dati rezultate
     poljoprivrednicima u tri sata
213. 627107 10:27 - 10:29
     u usporedbi sa šest mjeseci.
214. 629694 10:30 - 10:37
     (Pljesak)

     ¶

215. 638085 10:38 - 10:41
     Poljoprivrednici su bili presretni.

     ¶

216. 641799 10:42 - 10:45
     Pa kako znamo da imamo utjecaja?
217. 644595 10:45 - 10:47
     Devet mjeseci nakon našeg
     Stablo laboratorija,
218. 646793 10:47 - 10:50
     Asha je od imajući nula tona po hektaru
219. 649897 10:50 - 10:52
     došla do 40 tona po hektaru.
220. 651905 10:52 - 10:54
     Imala je dosta da prehrani svoju obitelj
221. 653842 10:54 - 10:56
     i prodavala ju je na tržnici,
222. 656466 10:56 - 10:59
     a sad gradi kuću za svoju obitelj.
223. 660212 11:00 - 11:01
     Da, tako super.
224. 661395 11:01 - 11:06
     (Pljesak)

     ¶

225. 665673 11:06 - 11:08
     Pa kako procjenjujemo Stablo laboratorij?

     ¶

226. 667940 11:08 - 11:09
     Stvar je,
227. 669280 11:09 - 11:11
     poljoprivrednice su već
     procijenjene u Africi.
228. 671481 11:11 - 11:13
     Ove žene rade u zemljoradničkim skupinama
229. 673304 11:13 - 11:18
     pa pomažući Ashi zapravo je
     pomognuto 3,000 ljudi u njenom selu,
230. 677534 11:18 - 11:21
     jer je podijelila rezultate i rješenje.
231. 681673 11:22 - 11:26
     Sjećam se svake poljoprivrednice
     koju sam upoznala.

     ¶

232. 686665 11:27 - 11:33
     Njihova bol i njihova radost
     urezane su u moja sjećanja.
233. 692958 11:33 - 11:35
     Naša znanost je za njih.
234. 695611 11:36 - 11:38
     Stablo laboratorij je
     naš najbolji pokušaj
235. 698280 11:38 - 11:41
     da im pomognemo
     da budu osigurani hranom.
236. 701180 11:41 - 11:42
     Nikada nisam sanjala
237. 702446 11:42 - 11:46
     da je najbolja znanost koju ću
     ikada napraviti u svom životu
238. 705914 11:46 - 11:49
     biti na pokrivaču u istočnoj Africi,
239. 709481 11:49 - 11:52
     uz visokotehnološki napredne
     genomske uređaje.
240. 712312 11:52 - 11:55
     Ali naš tim je sanjao
241. 714788 11:55 - 11:59
     da možemo poljoprivrednicama dati
     odgovore u tri sata, a ne u šest mjeseci,
242. 719082 11:59 - 12:01
     i tada smo to učinili.
243. 720542 12:01 - 12:05
     Jer to je moć raznolikosti
     i uključivanja u znanost.
244. 725156 12:05 - 12:06
     Hvala vam.

     ¶

245. 726331 12:06 - 12:09
     (Pljesak)

     ¶

246. 729506 12:10 - 12:14
     (Klicanje)

     ¶