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Comment utiliser la technologie génomique pour lutter contre les maladies des récoltes

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    Je me lève le matin pour deux raisons.
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    D’abord, les familles des fermiers
    ont besoin de plus de nourriture.
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    C’est fou qu’en 2019 les fermiers
    qui nous nourrissent soient affamés.
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    Et ensuite, la science a besoin d’être
    plus diversifiée et inclusive.
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    Si on veut réussir les défis
    les plus difficiles sur la planète,
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    comme la sécurité alimentaire des
    millions de personnes les plus pauvres,
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    nous devons tous et toutes aider.
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    Je veux utiliser la technologie de pointe
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    avec les équipes les plus diversifiées
    et inclusives de la planète
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    pour aider les fermiers.
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    Je suis une bio-informaticienne.
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    Je sais — C’est quoi et comment ça peut
    aider à mettre fin à la famine ?
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    En gros, j’aime les ordinateurs
    et la biologie.
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    On les met ensemble et on a un métier.
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    (Rires)
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    Mon envie d’être biologiste
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    ne commence pas dès mon enfance.
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    La vérité est que je jouais
    au basket à l’université.
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    Mon programme d’aide financière
    exigeait que j’aie un emploi étudiant.
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    Alors un jour,
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    j’ai marché vers le bâtiment
    le plus proche de mon dortoir
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    et il se trouve que
    c’était le bâtiment de biologie.
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    J’entre et je regarde le tableau
    des offres d’emploi.
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    Oui, c’était avant l’Internet.
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    Là, je vois une annonce
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    pour un travail à l’herbier.
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    Je me dépêche de noter le numéro,
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    car ça disait « horaires flexibles »
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    et j’avais besoin de ça
    pour continuer le basket.
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    J’ai couru à la bibliothèque pour savoir
    ce qu’était un herbier.
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    (Rires)
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    Et figurez-vous
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    qu’un herbier, c’est là où l’on entrepose
    des plantes mortes.
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    J’ai été chanceuse, j’ai eu le poste.
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    Ainsi, mon premier travail en sciences
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    était de coller des plantes mortes
    sur du papier à longueur de journée.
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    (Rires)
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    C’était si prestigieux.
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    C’est comme ça que je suis devenue
    bio-informaticienne.
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    Pendant ce temps,
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    la génomique et l’informatique
    avaient fait leur chemin.
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    J’ai fait ma maîtrise
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    en jumelant biologie et informatique.
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    Pendant ce temps,
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    j’étais au lab national de Los Alamos
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    travaillant pour le groupe de biophysique.
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    Là, j’ai vu pour la première fois
    un superordinateur,
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    j’étais époustouflée.
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    Toute la puissance du calcul intensif,
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    c'est-à-dire des milliers d’ordis dopés
    aux stéroïdes et connectés,
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    a servi à comprendre la complexité
    de l’influenza et l’hépatite C.
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    C’est à ce moment-là
    que j’ai compris le potentiel
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    d’utiliser la biologie et les ordis
    pour aider le monde.
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    Je voulais en faire ma carrière.
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    Donc, depuis 1999,
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    j’ai passé la plupart
    de mon parcours scientifique
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    dans des laboratoires très modernes
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    entourée d’équipement sophistiqué.
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    Plusieurs me demandent
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    comment et pourquoi je travaille
    pour des fermiers africains.
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    Eh bien, grâce à mes compétences
    informatiques,
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    en 2013, une équipe de scientifiques
    de l’Afrique de l’Est
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    m’a demandé de les joindre
    pour sauver le manioc.
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    Le manioc nourrit 800 millions de
    personnes avec ses feuilles et racines.
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    De même que 500 millions
    en Afrique de l’Est.
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    C’est presque un milliard de personnes
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    qui comptent sur cette plante pour manger.
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    Si une fermière a suffisamment de manioc,
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    elle peut nourrir toute sa famille
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    et en vendre pour utiliser l’argent
    pour les frais de scolarité,
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    les frais médicaux, et économiser.
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    Mais le manioc est en danger en Afrique.
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    Les mouches blanches et les virus
    s’attaquent aux plants.
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    Les mouches blanches
    sont de petits insectes
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    qui se nourrissent des feuilles
    de plus de 600 plantes.
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    C’est une calamité.
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    Il y a maintes espèces,
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    qui deviennent résistantes aux pesticides
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    et propagent des centaines
    de virus aux plantes
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    comme le virus de la mosaïque
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    et celui de la striure brune.
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    Tout ça tue la plante.
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    Et sans manioc,
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    il n’y a ni nourriture, ni argent
    pour des millions de personnes.
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    Il a suffi d'un seul voyage en Tanzanie
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    pour comprendre que ces femmes
    avaient besoin d’aide.
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    Ces incroyables fermières,
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    la plupart des femmes,
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    travaillent dur.
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    Il n’y a pas assez de nourriture
    pour leur famille,
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    c’est une véritable crise.
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    Ce qui arrive,
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    c’est qu’on plante du manioc
    pendant la saison des pluies.
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    Neuf mois plus tard,
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    il n’y a plus rien à cause des insectes
    et des pathogènes.
  • 4:51 - 4:53
    Je me suis dit :
  • 4:53 - 4:56
    comment ça se fait
    que les fermiers soient affamés ?
  • 4:57 - 5:01
    Donc, j’ai passé du temps sur le terrain
    avec les fermiers et les scientifiques
  • 5:01 - 5:03
    pour voir si je pouvais aider.
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    La situation m’a frappée.
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    Les mouches avaient détruit les feuilles -
    une source de protéines -
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    et les virus avaient détruit les racines -
    source d’amidon.
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    À la fin de la saison de culture,
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    un fermier perd un an de revenu
    et de nourriture
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    et la famille passe une longue saison
    sans manger.
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    On peut empêcher tout ça.
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    Si le fermier savait
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    quelle variété de manioc planter,
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    une qui soit résistante à ces virus
    et pathogènes,
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    il aurait plus de nourriture.
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    On a tout ce qu’il faut,
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    mais le savoir-faire et les ressources
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    sont mal distribuées dans le monde.
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    Ce que je veux dire, c’est que
  • 5:51 - 5:53
    les vieilles technologies génomiques
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    qui ont permis de comprendre la complexité
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    de ces insectes et de ces pathogènes --
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    ces technologies sont inutilisables
    en Afrique subsaharienne :
  • 6:03 - 6:05
    elles coûtent des millions de dollars,
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    ont besoin d’être toujours alimentées
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    et nécessite une main-d’œuvre spécialisée.
  • 6:10 - 6:13
    Ces machines sont peu nombreuses
    et loin l’une de l’autre,
  • 6:13 - 6:17
    alors les scientifiques
    n’ont d’autre choix
  • 6:17 - 6:20
    que d’envoyer les échantillons
    à l’étranger.
  • 6:20 - 6:21
    Et quand ça fait ça,
  • 6:22 - 6:24
    les échantillons se détériorent,
    ça coûte de l’argent
  • 6:24 - 6:27
    et retourner les résultats avec
    une mauvaise connexion Internet
  • 6:27 - 6:29
    est presque impossible.
  • 6:29 - 6:33
    Alors, ça peut prendre jusqu’à six mois
    avant d’obtenir les résultats.
  • 6:33 - 6:35
    Et souvent c’est déjà trop tard.
  • 6:35 - 6:37
    La récolte est déjà passée.
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    Ce qui crée davantage
    de pauvreté et de famine.
  • 6:41 - 6:43
    On pouvait arranger tout ça.
  • 6:44 - 6:45
    En 2017,
  • 6:45 - 6:50
    on a entendu parler
    de ce séquenceur d’ADN portable
  • 6:50 - 6:53
    nommé Oxford Nanopore MinION.
  • 6:53 - 6:57
    Il était utilisé en Afrique de l’Ouest
    pour combattre l’Ebola.
  • 6:57 - 6:58
    On s'est dit :
  • 6:58 - 7:02
    pourquoi ne pas l’utiliser
    en Afrique de l’Est aussi ?
  • 7:02 - 7:06
    On s’est arrangé pour faire ça.
  • 7:07 - 7:09
    À ce moment-là,
    la technologie était récente
  • 7:09 - 7:12
    et plusieurs doutaient
    qu’on puisse réussir.
  • 7:13 - 7:14
    Quand on planifiait ceci,
  • 7:14 - 7:18
    un de nos « collaborateurs »
    au Royaume-Uni
  • 7:18 - 7:22
    nous a dit que ça ne fonctionnerait
    jamais en Afrique de l’Est,
  • 7:22 - 7:23
    encore moins dans une ferme.
  • 7:24 - 7:26
    On a relevé le défi.
  • 7:26 - 7:32
    La personne a même parié deux
    bouteilles du meilleur champagne
  • 7:32 - 7:35
    qu’on ne réussirait jamais.
  • 7:37 - 7:38
    Une question :
  • 7:38 - 7:40
    Tu les envoies quand ?
  • 7:40 - 7:42
    (Rires)
  • 7:42 - 7:46
    (Applaudissements)
  • 7:46 - 7:49
    « Tu les envoies quand »
    parce qu’on a réussi.
  • 7:49 - 7:52
    On a amené le labo moléculaire
  • 7:52 - 7:56
    aux fermiers en Tanzanie,
    au Kenya et en Ouganda
  • 7:56 - 7:58
    et on l’a appelé le « Lab Arbre ».
  • 7:59 - 8:00
    Alors, qu’a-t-on fait ?
  • 8:00 - 8:03
    Avant tout, on s’est donné un nom --
  • 8:03 - 8:05
    le Projet d’Action contre le
    Virus du manioc.
  • 8:05 - 8:06
    On a fait un site Web,
  • 8:06 - 8:10
    on a du soutien des communautés
    en génomique et informatique,
  • 8:10 - 8:12
    et on est allé chez les fermiers.
  • 8:12 - 8:15
    Tout ce dont notre Lab a besoin,
  • 8:15 - 8:18
    l’équipe, ici, s’en occupe.
  • 8:18 - 8:22
    Tout le nécessaire en biomol
    et en informatique
  • 8:22 - 8:25
    pour diagnostiquer les plantes
    malades, est là.
  • 8:25 - 8:28
    En fait, tout est sur cette scène aussi.
  • 8:29 - 8:33
    En ayant les données proches du problème,
  • 8:33 - 8:34
    et proche de la fermière,
  • 8:34 - 8:38
    on pouvait rapidement lui dire
    ce qui n’allait pas.
  • 8:38 - 8:40
    Et pas seulement ça --
  • 8:40 - 8:41
    on lui donnait une solution.
  • 8:41 - 8:43
    La solution, c’est
  • 8:43 - 8:45
    de brûler le terrain et semer des plants
  • 8:46 - 8:49
    résistants aux pathogènes qu’elle avait.
  • 8:50 - 8:54
    La première chose qu’on faisait
    était une extraction d’ADN.
  • 8:54 - 8:57
    Et on utilisait cette machine-là.
  • 8:57 - 9:00
    C’est une PDQeX,
  • 9:00 - 9:04
    ça veut dire « Plus Diligent Que ton Ex »
  • 9:04 - 9:06
    (Rires)
  • 9:06 - 9:07
    Je sais.
  • 9:08 - 9:10
    Mon ami Joe est pas mal cool.
  • 9:11 - 9:15
    Un de plus grands défis
    quand on extrait de l’ADN
  • 9:15 - 9:18
    c’est l’équipement qui coûte cher
  • 9:18 - 9:20
    et ça prend des heures.
  • 9:20 - 9:21
    Mais avec cette machine
  • 9:21 - 9:24
    on peut le faire en 20 minutes,
  • 9:24 - 9:25
    pour une fraction du prix.
  • 9:25 - 9:28
    Et c’est alimenté
    par une batterie de moto.
  • 9:29 - 9:34
    Avec ça, on prépare l’extraction d’ADN
    pour la mettre dans une génothèque,
  • 9:34 - 9:36
    prête à être chargée
  • 9:36 - 9:40
    dans ce séquenceur portable,
  • 9:40 - 9:42
    qui est ici.
  • 9:42 - 9:45
    Après, on le connecte
    à ce mini superordinateur,
  • 9:45 - 9:47
    appelé MinIT.
  • 9:48 - 9:52
    Et tous les deux sont connectés
    à une batterie portative.
  • 9:53 - 9:54
    On élimine ainsi la nécessité
  • 9:54 - 9:57
    d’une source d’alimentation et d’Internet,
  • 9:57 - 10:01
    deux facteurs limitants
    pour une famille de fermiers.
  • 10:02 - 10:05
    L’analyse de données devient
    aussi un problème.
  • 10:05 - 10:09
    Et c’est là que moi, bio-informaticienne,
    j’interviens.
  • 10:09 - 10:12
    Tout mon temps
    à coller des plantes mortes,
  • 10:12 - 10:13
    à mesurer des trucs,
  • 10:13 - 10:15
    à travailler sur l’ordi
  • 10:15 - 10:19
    est devenu utile
    dans le monde réel, en temps réel.
  • 10:19 - 10:22
    Je faisais des bases de données
    personnalisées
  • 10:22 - 10:27
    et on donnait des résultats
    aux fermiers en trois heures
  • 10:27 - 10:29
    au lieu de six mois.
  • 10:30 - 10:37
    (Applaudissements)
  • 10:38 - 10:41
    Les fermiers étaient fous de joie.
  • 10:42 - 10:45
    Comment sait-on qu’on est
    en train de changer la donne ?
  • 10:45 - 10:47
    Neuf mois après notre passage,
  • 10:47 - 10:50
    Asha a passé de 0 tonne par hectare
  • 10:50 - 10:52
    à 40 tonnes par hectare.
  • 10:52 - 10:54
    Plus qu’assez pour nourrir sa famille
  • 10:54 - 10:56
    et elle en vendait aussi sur le marché.
  • 10:56 - 10:59
    En ce moment, Asha construit
    une maison pour sa famille.
  • 11:00 - 11:01
    Oui, vraiment super.
  • 11:01 - 11:06
    (Applaudissements)
  • 11:06 - 11:08
    Comment faire grandir « Lab Arbre » ?
  • 11:08 - 11:09
    En fait,
  • 11:09 - 11:11
    les fermières africaines
    sont déjà organisées.
  • 11:11 - 11:13
    Ces femmes travaillent en groupe.
  • 11:13 - 11:18
    En aidant Asha, on a aidé 3 000 personnes
    de son village.
  • 11:18 - 11:21
    C’est possible parce qu’elle a partagé
    les résultats et la solution.
  • 11:22 - 11:26
    Je me rappelle chaque fermière
    que j’ai vue ;
  • 11:27 - 11:30
    leurs peines et leurs joies
  • 11:30 - 11:32
    sont gravées dans ma tête.
  • 11:33 - 11:35
    Notre science est pour elles.
  • 11:36 - 11:41
    « Lab Arbre » est notre meilleure chance
    pour la sécurité alimentaire.
  • 11:41 - 11:43
    Je n’aurais jamais imaginé
  • 11:43 - 11:46
    que ma plus grande contribution
  • 11:46 - 11:49
    serait faite sur cette couverture
    en Afrique de l’Est
  • 11:49 - 11:52
    avec des gadgets de pointe.
  • 11:52 - 11:55
    Notre équipe rêvait
  • 11:55 - 11:59
    de pouvoir donner des résultats
    en trois heures au lieu de six mois
  • 11:59 - 12:01
    et on l’a fait.
  • 12:01 - 12:05
    Parce que c’est ça le pouvoir de la
    diversité et l’inclusion en science.
  • 12:05 - 12:06
    Merci.
  • 12:06 - 12:09
    (Applaudissements)
  • 12:10 - 12:14
    (Acclamations)
Títol:
Comment utiliser la technologie génomique pour lutter contre les maladies des récoltes
Speaker:
Laura Boykin
Descripció:

À peu près 800 millions de personnes dans le monde dépendent du manioc pour survivre -- mais le manioc est la cible de plusieurs virus et pathogènes qu'on peut combattre selon Laura Boykin, bio-informaticienne et TED Fellow. Elle nous amène aux fermes d'Afrique de l'Est où elle travaille avec une équipe de scientifiques diversifiée et inclusive. Ils travaillent pour garder les cultures des fermiers en santé en utilisant un lab d'ADN portable et un mini superordinateur qui peut identifier des virus en quelques heures au lieu de mois.

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Video Language:
English
Team:
closed TED
Projecte:
TEDTalks
Duration:
12:27

French subtitles

Revisions